Claude Code 102 para investigadores académicos

Esta es la segunda parte de una serie de tutoriales que estoy haciendo sobre Claude Code para investigadores académicos.

Este tutorial se basa en el primer tutorial, Claude Code 101, que se volvió viral con más de 4 millones de visitas. Puedes leerlo a continuación:

Estoy escribiendo estos tutoriales en un lenguaje sencillo y accesible. No necesitas ninguna habilidad técnica para entender estos tutoriales o usar Claude Code. Si puedes escribir oraciones en inglés, puedes usar Claude Code.

Resumen rápido de Claude Code 101

En el primer tutorial, aprendiste cómo abrir una sola carpeta, agregar tus PDFs y darle a Claude Code un archivo CLAUDE.md, que contiene instrucciones para Claude Code. Ese tipo de configuración funciona para un proyecto más corto o cuando estás empezando conociendo Claude Code.

Pero como investigadores académicos, nuestros proyectos se extienden por meses e incluso años, acumulando cientos de cientos de artículos y varios borradores borradores.

En este tutorial, aprenderemos cómo estructurar un proyecto académico más largo con la ayuda de Claude Code.

Parte 1: Cómo Estructurar un Proyecto Largo

Supongamos que estamos trabajando en un proyecto como una tesis, una monografía o un artículo de investigación. Si organizas un proyecto así en una sola carpeta con solo un archivo CLAUDE.md, Claude terminará dándote el mismo tipo de resultados. No podrá darte resultados precisos y personalizados adecuados para tu trabajo.

Piénsalo de esta manera: si quieres que tu asistente de investigación (humano) redacte una sección de tu artículo, limpie un conjunto de datos o anote un artículo, le darás un conjunto diferente de instrucciones para cada una de estas tarea.

Podemos usar este mismo esquema de organización en Claude Code creando subcarpetas.

1.1 Subcarpetas para una Mejor Organización

Digamos que estás trabajando en una tesis para la cual tienes una carpeta principal llamada "Mi Tesis". Dentro de la carpeta principal, crea subcarpetas:

Literatura para PDFs y notas sobre la erudición publicada
Capítulos para borradores de tus capítulos
Datos para conjuntos de datos
Notas para notas de reuniones e ideas
Correspondencia para correos electrónicos con tu asesor, intercambios con coautores, informes de revisores

Este tipo de organización ayudará tanto a ti como a Claude Code. Si tienes que trabajar en un borrador de un capítulo, puedes ir directamente a la carpeta Capítulos.

Lo mismo ocurre con Claude Code. Si le haces una pregunta sobre, por ejemplo, un cierto punto de datos, sabrá que debe buscarlo en la carpeta Datos.

1.2 Archivos CLAUDE.md para Subcarpetas

En el tutorial 101, escribimos un archivo CLAUDE.md, que es un conjunto de instrucciones que Claude Code lee cada vez que inicia una sesión.

En tu t.

En tu tesis principal, escribe un archivo CLAUDE.md que le informe a Claude Code sobre ti y tu proyecto en términos generales. Llamaremos a este archivo CLAUDE.md "global".

Eso no significa que debas ser vago. Sé preciso pero dale el panorama general. Ya tendremos tiempo para la especificidad más tarde. Trata este CLAUDE.md como la constitución de tu proyecto.

Dentro de cada subcarpeta, coloca otro archivo CLAUDE.md que se aplique solo a esa subcarpeta en particular. Llamaremos a estos archivos CLAUDE.md "locales". El propósito de los archivos CLAUDE.md locales en las subcarpetas es darle a Claude Code instrucciones específicas específicas a Claude Code sobre estas tareas sin inflar el archivo CLAUDE.md principal.

Por ejemplo, el archivo CLAUDE.md en tu subcarpeta Capítulos podría decir:

Si te pido que critiques mi borrador, sigue la estructura: argumento, evidencia, literatura, contraargumento. Usa siempre el estilo de citación MLA 9.ª edición a menos que especifique lo contrario.

Tu archivo CLAUDE.md para la subcarpeta Datos podría contener una instrucción como:

Trata todos los archivos CSV y hojas de Excel como datos sin procesar a menos que especifique lo contrario. Nunca sobrescribas ningún archivo sin procesar. Guarda las versiones limpias con _clean agregado al final de los nombres de archivo.

Y tu archivo CLAUDE.md para la carpeta Correspondencia podría decir:

Prioriza siempre los puntos que son comunes entre los informes de revisión y los intercambios con coautores.

1.3 Archivos CLAUDE.md Anidados

Cuando Claude Code trabaja en una subcarpeta, lee dos archivos CLAUDE.md: uno, que está en la subcarpeta y el otro, que está en la carpeta principal.

Estos archivos CLAUDE.md anidados le dan a Claude Code una idea clara de cuál es tu proyecto general y cómo responder a preguntas específicas con precisión.

1.4 Estilos de Salida para Archivos CLAUDE.md Locales

También deberías considerar agregar una breve instrucción sobre el estilo de salida en cada archivo CLAUDE.md local.

Por ejemplo, en la subcarpeta Literatura, puedes pedirle a Claude Code que te dé una tabla con columnas para argumento, evidencia, relevancia para tu proyecto cuando le pidas que resuma un artículo. De manera similar, en la subcarpeta Notas, puedes pedirle que responda con viñetas.

Siempre puedes volver atrás y revisar estas instrucciones.

1.5 Ejemplo/Ejercicio Práctico

Abre tu carpeta principal de tesis en Claude Code y escribe el siguiente prompt:

Lee los cinco artículos que agregué hoy a la subcarpeta Literatura y dime cuáles apoyan o refutan mis argumentos en "Capítulo 3 – Outline.md" en la subcarpeta Capítulos.

Claude Code leerá el archivo CLAUDE.md global y dos archivos CLAUDE.md locales en las subcarpetas de Literatura y Capítulos y te dirá qué artículo apoya o refuta tus argumentos.

1.6 Qué No Hacer

No dupliques instrucciones en los archivos CLAUDE.md global y locales. Es innecesario y hará que Claude Code procese más tokens.

Los archivos CLAUDE.md locales en las subcarpetas no deben contradecir las instrucciones del archivo CLAUDE.md global. Si hay una contradicción, Claude Code seguirá la instrucción más específica, pero terminarás confundido.

Parte 2: Modo Plan y Comandos de Barra Personalizados

Un proyecto académico académico largo como una tesis o un artículo de investigación implica ciertas tareas repetitivas. Por ejemplo, es posible que estés revisando artículos para la revisión de la literatura una y otra vez. Tendrás que escribir un esquema cada vez que comiences a redactar un capítulo. Si escribes borradores cero (también conocidos como escritura libre), necesitarás "limpiarlos" casi a diario.

Pero también hay tareas que son complejas y no repetitivas. Por ejemplo, responder a los comentarios de los revisores requiere un compromiso serio con su crítica seguido de la reescritura de tu manuscrito.

Claude Code puede ayudarte con ambos tipos de tareas. Para tareas complejas y únicas, Claude Code ofrece un Modo Plan y para tareas repetitivas, tiene Comandos de Barra Personalizados.

2.1 Modo Plan

Generalmente, cuando le das una tarea a Claude Code, se pone a trabajar de inmediato. Para tareas pequeñas y de bajo riesgo, funciona bien. Por ejemplo, le pides a Claude Code que renombre todos los PDFs en tu subcarpeta Literatura usando sus títulos y nombres de autores. Claude Code lo hace de inmediato.

Pero este enfoque no produce resultados deseables para tareas complejas. Supón que tienes tus notas sin procesar sobre treinta y cinco artículos de investigación y le pides a Claude Code que sintetice tus notas. Si Claude Code malinterpreta una instrucción por cualquier razón, te darás cuenta solo cuando haya completado la tarea.

El Modo Plan te da más control sobre Claude Code. En lugar de actuar de inmediato, escribe un plan paso a paso de lo que va a hacer. Lees el plan; si no estás de acuerdo con algo, le pides que modifique el plan en consecuencia.

Puedes encontrar el Modo Plan en el menú de permisos debajo de la barra de chat. También puedes abrirlo usando Ctrl + Shift + M. O simplemente puedes pedirle a Claude Code que te muestre el plan en el prompt antes de ejecutar nada.

2.2 Cuándo Usar el Modo Plan

El Modo Plan es más adecuado para tareas complejas que involucran tres o más pasos, una tarea que involucra más de una subcarpeta, o una tarea que produce una salida extensa. Los ejemplos pueden incluir: sintetizar tus notas, seleccionar estudios para una revisión sistemática, o limpiar un conjunto de datos y producir un libro de códigos.

No le pedirías a tu asistente de investigación (humano) que simplemente vaya y "redacte el capítulo tres" sin preguntarles sobre su plan. El Modo Plan en Claude Code funciona de la misma manera.

2.3 Comandos de Barra Personalizados

Un Comando de Barra es un atajo. Claude Code tiene varios Comandos de Barra incorporados. Abre tu Claude Code y escribe una barra inclinada, y te mostrará una lista de Comandos de Barra incorporados. Cuando escribes, por ejemplo, el Comando de Barra incorporado, /schedule, Claude Code creará una tarea programada que puede ejecutarse bajo demanda o automáticamente.

Un Comando de Barra no es más que un conjunto de instrucciones escritas en inglés sencillo que Claude Code sigue. Puedes pensar en él como un prompt extenso que no tienes que escribir cada vez que quieras usarlo para una tarea repetitiva.

Recuerda, en la Parte 5 del tutorial 101, aprendimos a crear una Skill tanto manual como automáticamente. Si creamos una Skill automáticamente, nos dará un Comando de Barra Personalizado.

Cuando creas un Comando de Barra Personalizado, Claude Code creará un archivo .md en la carpeta .claude/commands en tu computadora. Necesitas saber esta ruta para que si tienes que editar el archivo .md, sepas dónde encontrarlo.

2.4 Creando tu Primer Comando de Barra Personalizado

La forma más sencilla de crear un Comando de Barra Personalizado es pedirle a Claude Code que cree uno para ti. Por ejemplo, puedes abrir Claude Code y escribir lo siguiente:

Crea un Comando de Barra llamado /firstdraft que convierta mis notas sin procesar en mi carpeta Notas en párrafos coherentes y cohesivos sin palabras o frases redundantes.

Claude Code escribirá un conjunto de instrucciones en un archivo .md y lo colocará en la carpeta .claude/commands. Una vez que Claude Code termine de crear el Comando de Barra, reinicia la sesión y escribe una barra inclinada. Verás /firstdraft en el menú.

Puedes construir una biblioteca de Comandos de Barra Personalizados escritos específicamente para tu proyecto.

2.5 Qué No Hacer

No escribas Comandos de Barra para tareas que haces una vez cada seis meses. Esos Comandos saturarán tu Menú de Barra y probablemente quedarán obsoletos a medida que tu proyecto evolucione.

No agregues instrucciones extensas que involucren procesos de varios pasos en un archivo de Comando de Barra. Mantén un Comando de Barra para una tarea específica y repetitiva. Si tus instrucciones exceden las quince líneas, lo más probable es que necesites dos Comandos de Barra.

Para tareas más largas y complejas, no te saltes el Modo Plan.

Parte 3: Subagentes para Tareas de Investigación en Paralelo

Hasta ahora, solo hemos visto tareas que se pueden hacer en una sola sesión de Claude Code, ya sea en Modo Plan o con Comandos de Barra Personalizados. Tienes un asistente de IA con el panel principal.

Pero para un proyecto más largo como una tesis o un artículo de investigación, es posible que necesites múltiples asistentes de IA. Ahí es donde entran los subagentes.

3.1 Por Qué un Solo Asistente No es Suficiente

En proyectos más largos, nos encontramos con dos problemas al usar un agente de IA como Claude Code.

Si le pides a Claude Code que lea veinte PDFs en tu carpeta Literatura, cada página de cada artículo se convierte en parte de la conversación para Claude Code. Le haces varias preguntas y él te responde.

Ahora todo el texto de los artículos y tus conversaciones es parte de la memoria de Claude Code para esa sesión. Si le pides que redacte un esquema para el Capítulo 4 de tu tesis, sus respuestas se volverán lentas y carecerán de claridad debido a todo el contexto. Esto se llama "contaminación del contexto".

En segundo lugar, en una sola sesión, solo puedes asignar tareas a Claude Code de forma secuencial. Si quieres tres críticas diferentes de tu manuscrito (una de un teórico, una de un informacionista y una del Revisor 2), no puedes ejecutarlas secuencialmente en una sola sesión porque cada crítica influirá en la siguiente debido a la contaminación del contexto.

Necesitas tres sesiones independientes para una tarea como esta.

3.2 ¿Qué es un Subagente?

Piensa en un subagente como una versión especializada de Claude Code con sus propias instrucciones y, lo que es más importante, su propia ventana de contexto. La ventana de contexto es la memoria de trabajo de Claude Code para una sola conversación. Todo lo que Claude Code puede "ver" en un momento dado, desde tus archivos, tus prompts, sus propias respuestas a las instrucciones en CLAUDE.md se encuentra dentro de la ventana de contexto. Cuando haces una pregunta, Claude Code usa su ventana de contexto para responder.

Al igual que los Comandos de Barra Personalizados, un subagente también existe como un archivo .md. Pero a diferencia de un Comando de Barra, que no tiene ventana de contexto, un subagente tiene una.

Otra diferencia importante entre un Comando de Barra y un subagente es que, a diferencia de un Comando de Barra, un subagente no lee el archivo CLAUDE.md. Tiene sus propias instrucciones en un archivo .md y eso es todo.

Un subagente tendrá un rol muy específico, por ejemplo, un "Verificador de Citas" o "Revisor Crítico". Y cada agente tiene su propio contexto. Cuando delegas una tarea desde tu sesión principal a un subagente, su lectura y razonamiento permanecerán dentro del subagente. Solo obtendrás la respuesta final. De esta manera, puedes evitar que tu sesión principal sufra de contaminación del contexto.

3.3 Subagentes para Investigadores

Si bien el tipo exacto de subagentes que necesites dependerá de tu proyecto, a continuación se muestran algunos ejemplos generales.

Subagente Revisor de Literatura: lee cada nuevo PDF nuevo agregado a la carpeta Literatura y te da resúmenes estructurados con respecto a tu argumento.
Subagente Verificador de Citas: toma un borrador de capítulo y verifica cada fuente citada contra los artículos en la carpeta Literatura y señala las referencias faltantes.
Subagente Auditor de Metodología: para proyectos empíricos, verifica si tu sección de métodos es coherente con los datos y análisis.
Subagente Revisor 2: critica tus borradores como un revisor hostil.

3.4 Creando un Subagente

Al igual que con la creación de Comandos de Barra Personalizados, la forma más fácil de crear un subagente es pedirle a Claude Code que haga uno. Abre una sesión y escribe:

Crea un subagente llamado Verificador de Citas. Tomará un borrador de la carpeta Capítulos, enumerará cada cita en el texto, verificará cada una contra los artículos en la carpeta Literatura. Luego creará un archivo markdown con las referencias faltantes. El subagente nunca debe editar o cambiar el borrador.

Claude Code creará un archivo citation-checker.md y lo colocará en la carpeta Agents dentro de tu carpeta .claude.

Reinicia la sesión y tu subagente está listo para usar. Para desplegar un subagente, simplemente pídele a Claude Code que lo use. Por ejemplo, "Usa el Verificador de Citas en chapter_4.md en la carpeta Capítulos."

Si quieres, siempre puedes editar el archivo .md del subagente para adaptarlo a tus necesidades.

3.5 Ejemplo: Crítica en Paralelo

Supón que has terminado de redactar un capítulo y ahora quieres recibir comentarios antes de enviarlo a tu supervisor o colega. Abre una sesión y escribe:

En paralelo, haz que el Auditor de Metodología y el Revisor 2 lean y critiquen chapter_4 en la carpeta Capítulos y me den informes de revisión. Guarda los dos informes como chapter_4_critiques bajo el nombre del subagente en la misma carpeta.

Ambos subagentes usarán sus propios contextos respectivos para leer y evaluar tu borrador. Una vez que terminen, tendrás las dos críticas como dos archivos separados. Tu sesión principal nunca tuvo que agregar tu borrador, ni nada relacionado, en su ventana de contexto.

Ten en cuenta que esto puede tomar unos minutos dependiendo del modelo que estés utilizando.

3.6 Qué No Hacer

No crees un subagente para tareas menores.

No les des a tus subagentes responsabilidades superpuestas.

Nunca permitas que tu subagente edite tus borradores. Un subagente siempre debe producir sus informes como archivos separados.

Parte 4: Conectando Claude Code a Otras Aplicaciones

Hasta ahora, tu proyecto ha permanecido dentro de Claude Code sin integración con ninguna otra aplicación. Todo lo que Claude Code lee, edita, escribe existe dentro de tu carpeta de proyecto.

Pero los proyectos académicos como tesis y artículos de investigación involucran procesos organizativos y estructurales complejos que están dispersos en varias aplicaciones. Por ejemplo, tus citas están en Zotero, tus borradores en Google Drive y tus notas de reuniones en Zoom.

¿Cómo integramos estas aplicaciones con nuestro Claude Code?

En 2024, Anthropic introdujo un método llamado Model Context Protocol (MCP) que permite a los usuarios integrar aplicaciones como Zoom y Google Drive con Claude Code.

No necesitas preocuparte por qué es MCP y cómo funciona. Solo necesitas saber cómo conectar diferentes aplicaciones usando MCP.

4.1 Cómo Conectar una Aplicación con Claude Code

Abre tu Claude Code y en la esquina superior izquierda, verás una opción "Personalizar". Haz clic en ella y luego selecciona "Conecta tus aplicaciones" en la pantalla.

Esto te mostrará Conectores, una lista de aplicaciones aprobadas por Anthropic para usar en Claude Code. Busca aplicaciones como Zoom o Google Drive y haz clic en "Conectar" en la pantalla siguiente.

Se te pedirá que concedas permisos a Claude Code. Una vez que lo hagas, tu aplicación estará conectada con Claude Code.

4.2 Ejemplo Práctico

Conecta tu Zoom con Claude Code, abre una sesión y escribe:

Obtén la transcripción de las tres llamadas recientes que tuve con mi colega. Extrae todos los comentarios relacionados con el Capítulo 4 en Borradores. Guarda todos los comentarios extraídos en un nuevo archivo en la carpeta Correspondencia con la fecha de hoy.

4.3 Conectores y Subagentes

A medida que tu proyecto evoluciona, puedes usar una combinación de Conectores y subagentes para hacer tus procesos más eficientes.

Por ejemplo, puedes configurar un subagente llamado Revisor de Literatura que use las bases de datos PubMed o arxiv disponibles en la lista de Conectores.

4.4 Qué No Hacer

No instales demasiados Conectores. Sé selectivo e instala solo los relacionados con tu proyecto.

No conectes aplicaciones que puedan tener información confidencial que no quieras compartir con la IA. Por ejemplo, si tu Slack contiene mensajes con datos confidenciales no publicados, no lo conectes.

Parte 5: Hooks y Tareas Programadas

Una de las partes más importantes de cualquier proyecto de investigación es tener una copia de seguridad de todos tus archivos. No quieres tener una sola copia de tu tesis en una computadora que se estropea tres días antes de tu defensa.

5.1 ¿Qué es un Hook?

Los Hooks en Claude Code pueden automatizar el proceso de crear copias de seguridad automáticamente. Un Hook es un conjunto corto de instrucciones que se activa automáticamente cuando ocurre un evento específico en Claude Code. Una vez que configuras un Hook, no necesitarás acordarte de usarlo. Claude Code lo usará por sí solo.

5.2 Creando tu Primer Hook

La forma más fácil de crear un Hook es simplemente pedirle a Claude Code que cree uno. Abre una sesión de Claude Code y escribe:

Configura un hook de seguridad previo a la edición que copie un capítulo y guarde su versión actual antes de comenzar a editarlo.

Este Hook creará una versión de seguridad de cualquier capítulo que le pidas a Claude Code que edite.

Una vez que el Hook esté listo para usar, pídele a Claude Code lo siguiente:

Edita Chapter_4.md en Borradores a la luz de los comentarios en la transcripción de la transcripción de la reunión de Zoom de hoy.

Claude Code creará una copia de seguridad del archivo original, la colocará en una carpeta de respaldo y editará una copia del mismo en la carpeta Borradores.

5.3 ¿Qué son las Tareas Programadas

Los proyectos de escritura académica más largos implican tareas que deben realizarse a intervalos regulares. Por ejemplo, quieres ejecutar revisiones de literatura cada semana para mantenerte al día con las últimas publicaciones.

Puedes configurar Tareas Programadas al igual que los Hooks en Claude Code. Simplemente describe qué debería suceder y cuándo, y Claude Code escribirá una rutina para eso. Las Tareas Programadas usarán los Conectores y subagentes que discutimos en partes anteriores.

5.4 Casos de Uso para Tareas Programadas

Como investigador, te gustaría programar una copia de seguridad regular de tus borradores. Puedes pedirle a Claude Code que cree una tarea de Respaldo de Borradores que copie todo en la carpeta Borradores y lo guarde en una carpeta de respaldo con una marca de fecha.

5.5 Ejemplo

Abre una sesión de Claude Code y escribe:

Crea una Tarea Programada que se ejecute todos los lunes a las 9am. Debe usar el MCP de PubMed para obtener nuevos artículos sobre redes sociales y salud mental publicados en la última semana. Luego debe entregar los artículos al subagente de Revisión de Literatura para que los revise. Guarda la tabla de revisión en una subcarpeta llamada Escaneos Semanales en la carpeta Literatura.

5.6 Qué No Hacer

No configures Hooks o Tareas Programadas que impliquen la eliminación de ningún archivo.

No crees demasiados Hooks que tengas dificultad para recordarlos. O puedes mantener una lista de Hooks por separado para recordártelos.

No configures un Hook o una Tarea Programada para algo que no hayas hecho al menos cuatro veces manualmente.