Ceci est la deuxième partie d'une série de la série de tutoriels que je réalise sur Claude Code à propos de Claude Code à destination des chercheurs académiques.
Ce tutoriel s’appuie sur le premier, Claude Code 101, qui a connu un succès viral avec plus de 4 millions de vues. Vous pouvez le lire ci-dessous :
J’écris ces tutoriels dans un langage simple et accessible. Aucune compétence technique n’est nécessaire pour comprendre ces tutoriels ou utiliser Claude Code. Si vous savez écrire des phrases en anglais, vous pouvez utiliser Claude Code.
Petit récapitulatif de Claude Code 101
Dans le premier tutoriel, vous avez appris à ouvrir un dossier unique, ajouter vos PDF et donner à Claude Code un fichier CLAUDE.md contenant des instructions. Ce type de configuration fonctionne pour un projet court ou pour débuter avec Claude Code.
Mais en tant que chercheurs académiques, nos projets s’étendent sur des mois, voire des années, accumulant des centaines d’articles et plusieurs brouillons.
Dans ce tutoriel, nous allons apprendre à structurer un projet académique long à l’aide de Claude Code.
Partie 1 : Structurer un projet long
Supposons que nous travaillons sur un projet comme une thèse, une monographie ou un article de recherche. Si vous organisez un tel projet dans un seul dossier avec un seul fichier CLAUDE.md, Claude finira par vous donner des résultats similaires. Il ne pourra pas fournir des résultats précis et personnalisés adaptés à votre travail.
Pensez-y de cette façon : si vous demandez à votre assistant de rédiger une section de votre article, de nettoyer un jeu de données ou d’annoter un article, vous leur donnerez des instructions différentes pour chaque tâche.
Nous pouvons utiliser exactement ce schéma d’organisation dans Claude Code en créant des sous-dossiers.
1.1 Sous-dossiers pour une meilleure organisation
Disons que vous travaillez sur une thèse pour laquelle vous avez un dossier principal appelé « Ma thèse ». À l’intérieur, créez des sous-dossiers :
- Littérature pour les PDF et notes sur les publications savantes
- Chapitres pour les brouillons de vos chapitres
- Données pour les jeux de données
- Notes pour les notes de réunion et les idées
- Correspondance pour les e-mails du directeur, les échanges avec les co-auteurs, les rapports des relecteurs
Ce type d’organisation vous aidera, vous et Claude Code. Si vous devez travailler sur un brouillon de chapitre, vous pouvez aller directement dans le dossier Chapitres.
Il en va de même pour Claude Code. Si vous lui posez une question sur, par exemple sur un point de donnée, il saura qu’il faut chercher dans le dossier Données.
1.2 Fichiers CLAUDE.md pour les sous-dossiers
Dans le tutoriel 101, nous avons écrit un fichier CLAUDE.md, un ensemble d’instructions que Claude Code lit à chaque début de session.
Dans votre dossier principal de thèse, écrivez un fichier CLAUDE.md qui présente à Claude Code vous et votre projet de manière générale. Nous appellerons ce fichier « global » CLAUDE.md.
Cela ne signifie pas qu’il doit être vague. Soyez précis mais donnez la vision d’ensemble. Nous aurons le temps d’être spécifiques plus tard. Traitez ce CLAUDE.md comme la constitution de votre projet.
Dans chaque sous-dossier, placez un autre fichier CLAUDE.md qui ne s’applique qu’à ce sous-dossier. Nous les appellerons fichiers CLAUDE.md « locaux ». Leur objectif est de donner à Claude Code des instructions spécifiques à Claude Code pour ces tâches sans alourdir le fichier CLAUDE.md principal.
Par exemple, le fichier CLAUDE.md dans votre sous-dossier Chapitres pourrait dire :
Si je vous demande de critiquer mon brouillon, suivez la structure : argument, preuves, littérature, contre-argument. Utilisez toujours le style de citation MLA 9e édition sauf indication contraire.
Votre CLAUDE.md pour le sous-dossier Données peut contenir une instruction comme :
Traitez tous les fichiers CSV et les feuilles Excel comme des données brutes sauf indication contraire. Ne jamais écraser les fichiers bruts. Enregistrez les versions nettoyées avec _clean ajouté à la fin des noms de fichiers.
Et votre fichier CLAUDE.md pour le dossier Correspondance pourrait dire :
Priorisez toujours les points communs entre les rapports de relecture et les échanges avec les co-auteurs.
1.3 Fichiers CLAUDE.md imbriqués
Lorsque Claude Code travaille dans un sous-dossier, il lit deux fichiers CLAUDE.md : un dans le sous-dossier et l’autre dans le dossier principal.
Ces fichiers CLAUDE.md imbriqués donnent à Claude Code une vision claire de votre projet global et de la manière de répondre précisément aux questions.
1.4 Styles de sortie pour les fichiers CLAUDE.md locaux
Vous devriez également envisager d’ajouter une brève instruction sur le style de style de sortie dans chaque fichier CLAUDE.md local.
Par exemple, dans le sous-dossier Littérature, vous pouvez demander à Claude Code de vous donner un tableau avec des colonnes pour l’argument, les preuves, la pertinence pour votre projet lorsque vous lui demandez de résumer un article. De même, dans le sous-dossier Notes, vous pouvez lui demander de répondre en points de liste.
Vous pouvez toujours revenir et réviser ces instructions.
1.5 Exemple / Exercice pratique
Ouvrez votre dossier principal de thèse dans Claude Code et tapez l’invite suivante :
Lisez les cinq articles que j’ai ajoutés aujourd’hui dans le sous-dossier Littérature et dites-moi lesquels soutiennent ou réfutent mes arguments dans « Chapitre 3 – Plan.md » dans le sous-dossier Chapitres.
Claude Code lira le fichier CLAUDE.md global et les deux fichiers CLAUDE.md locaux dans les sous-dossiers Littérature et Chapitres, et vous dira quel article soutient ou réfute vos arguments.
1.6 Ce qu’il ne faut pas faire
Ne dupliquez pas les instructions dans les fichiers CLAUDE.md global et locaux. C’est inutile et cela amènera Claude Code à traiter plus de tokens.
Les fichiers CLAUDE.md locaux dans les sous-dossiers ne doivent pas contredire les instructions du fichier CLAUDE.md global. En cas de contradiction, Claude Code suivra l’instruction la plus spécifique, mais vous finirez par être confus.
Partie 2 : Mode Plan et commandes Slash personnalisées
Un projet académique long comme une thèse ou un article de recherche implique certaines tâches répétitives. Par exemple, vous pouvez passer en revue des articles pour la revue de littérature à maintes reprises. Vous devrez rédiger un plan chaque fois que vous commencez à rédiger un chapitre. Si vous écrivez des brouillons zéro (également appelés écriture libre), vous devrez les « nettoyer » presque quotidiennement » presque quotidiennement.
Mais il existe aussi des tâches complexes et non répétitives. Par exemple, répondre aux commentaires des relecteurs nécessite un engagement sérieux avec leurs critiques, suivi d’une réécriture de votre manuscrit.
Claude Code peut vous aider pour les deux types de tâches. Pour les tâches complexes et ponctuelles, Claude Code propose un Mode Plan, et pour les tâches répétitives, il dispose de commandes Slash personnalisées.
2.1 Mode Plan
Généralement, lorsque vous confiez une tâche à Claude Code, il se met immédiatement au travail. Pour les tâches petites et à faible enjeu, cela fonctionne bien. Par exemple, vous demandez à Claude Code de renommer tous les PDF de votre sous-dossier Littérature en utilisant leurs titres et noms d’auteurs. Claude Code le fait immédiatement.
Mais cette approche ne donne pas des résultats satisfaisants pour les tâches complexes. Supposons que vous avez des notes brutes sur trente-cinq articles de recherche, et vous demandez à Claude Code de les synthétiser. Si Claude Code comprend mal une instruction pour une raison quelconque, vous ne vous en rendrez compte qu’une fois la tâche terminée.
Le Mode Plan vous donne plus de contrôle sur Claude Code. Au lieu d’agir immédiatement, il rédige un plan étape par étape de ce qu’il va faire. Vous lisez le plan ; si vous n’êtes pas d’accord, vous lui demandez de le modifier en conséquence.
Vous trouverez le Mode Plan dans le menu des autorisations sous la barre de discussion. Vous pouvez également l’ouvrir avec Ctrl + Maj + M. Ou simplement demander à Claude Code de vous montrer le plan dans l’invite avant d’exécuter quoi que ce soit.
2.2 Quand utiliser le Mode Plan
Le Mode Plan est idéal pour les tâches complexes impliquant trois étapes ou plus, une tâche qui implique plus d’un sous-dossier, ou une tâche qui produit une sortie longue. Les exemples peuvent inclure la synthèse de vos notes, le criblage d’études pour une revue systématique, ou le nettoyage d’un jeu de données et la production d’un codebook.
Vous ne demanderiez pas à votre assistant de recherche (humain) d’aller simplement « rédiger le chapitre trois » sans lui demander son plan. Le Mode Plan dans Claude Code fonctionne de la même manière.
2.3 Commandes Slash personnalisées
Une commande Slash est un raccourci. Claude Code en possède plusieurs intégrées. Ouvrez Claude Code et tapez une barre oblique ; il vous montrera une liste des commandes Slash intégrées. Lorsque vous tapez, par exemple, la commande Slash intégrée /schedule, Claude Code créera une tâche planifiée qui peut être exécutée à la demande ou automatiquement.
Une commande Slash n’est rien d’autre qu’un ensemble d’instructions en anglais simple que Claude Code suit. Vous pouvez la considérer comme une invite longue que vous n’avez pas à taper chaque fois que vous souhaitez l’utiliser pour une tâche répétitive.
Rappelez-vous, dans la Partie 5 du tutoriel 101, nous avons appris à créer une compétence (Skill) manuellement et automatiquement. Si nous créons une compétence automatiquement, cela nous donnera une commande Slash personnalisée.
Lorsque vous créez une commande Slash personnalisée, Claude Code créera un fichier .md dans le dossier .claude/commands sur votre ordinateur. Vous devez connaître ce chemin pour pouvoir modifier le fichier .md si nécessaire.
2.4 Créer votre première commande Slash personnalisée
La façon la plus simple de créer une commande Slash personnalisée est de demander à Claude Code de en créer une. Par exemple, ouvrez Claude Code et tapez ce qui suit :
Créez une commande Slash appelée /premierbrouillon qui convertit mes notes brutes dans mon dossier Notes en paragraphes cohérents et sans mots ou phrases redondants.
Claude Code rédigera un ensemble d’instructions dans un fichier .md et le placera dans le dossier .claude/commands. Une fois la commande Slash créée, redémarrez la session et tapez une barre oblique. Vous verrez /premierbrouillon dans le menu.
Vous pouvez constituer une bibliothèque de commandes Slash personnalisées spécifiques à votre projet.
2.5 Ce qu’il ne faut pas faire
N’écrivez pas de commandes Slash pour des tâches que vous effectuez une fois tous les six mois. Ces commandes encombreront votre menu Slash et risquent de devenir obsolètes à mesure que votre projet évolue.
N’ajoutez pas d’instructions longues impliquant des processus en plusieurs étapes dans un fichier de commande Slash. Gardez une commande Slash pour une tâche répétitive spécifique. Si vos instructions dépassent quinze lignes, vous avez probablement besoin de deux commandes Slash.
Pour les tâches longues et complexes, ne sautez pas le Mode Plan.
Partie 3 : Sous-agents pour les tâches de recherche parallèles
Jusqu’à présent, nous n’avons examiné que les tâches pouvant être effectuées dans une seule session Claude Code, soit en Mode Plan, soit avec des commandes Slash personnalisées. Vous avez un assistant IA avec lequel vous travaillez dans le panneau principal.
Mais pour un projet plus long comme une thèse ou un article de recherche, vous pouvez avoir besoin de plusieurs assistants IA. C’est là que les sous-agents entrent en jeu.
3.1 Pourquoi un seul assistant ne suffit pas
Dans les projets longs, nous rencontrons deux problèmes lors de l’utilisation d’un agent IA comme Claude Code.
Si vous demandez à Claude Code de lire vingt PDF dans votre dossier Littérature, chaque page de votre, chaque page de chaque article fait partie de la conversation pour Claude Code. Vous lui posez plusieurs questions, et il vous répond.
Maintenant, tout le texte des articles et vos conversations font partie de la mémoire de Claude Code pour cette session. Si vous lui demandez ensuite de rédiger un plan pour le chapitre 4 de votre thèse, ses réponses deviendront lentes et manqueront de clarté à cause de tout ce contexte. C’est ce qu’on appelle « l’encombrement du contexte ».
Deuxièmement, dans une seule session, vous ne pouvez assigner des tâches à Claude Code que de manière séquentiellement. Si vous souhaitez trois critiques différentes de votre manuscrit (une d’un théoricien, une d’un spécialiste de l’information et une du relecteur 2), vous ne pouvez pas les exécuter séquentiellement dans une seule session, car chaque critique influencera la suivante en raison de l’encombrement du contexte.
Vous avez besoin de trois sessions indépendantes pour une telle tâche.
3.2 Qu’est-ce qu’un sous-agent ?
Considérez un sous-agent comme une version spécialisée de Claude Code avec ses propres instructions et, plus important encore, sa propre fenêtre de contexte. La fenêtre de contexte est la mémoire de travail de Claude Code pour une seule conversation. Tout ce que Claude Code peut « voir » à un moment donné, de vos fichiers à vos invites en passant par ses propres réponses et les instructions dans CLAUDE.md, se trouve dans la fenêtre de contexte. Lorsque vous posez une question, Claude Code utilise sa fenêtre de contexte pour répondre.
Comme les commandes Slash personnalisées, un sous-agent existe également sous forme de fichier .md. Mais contrairement à une commande Slash, qui n’a pas de fenêtre de contexte, un sous-agent en a une.
Une autre différence importante entre une commande Slash et un sous-agent est que, contrairement à une commande Slash, un sous-agent ne lit pas le fichier CLAUDE.md. Il a ses propres instructions dans un fichier .md, et c’est tout s’arrête là.
Un sous-agent aura un rôle très spécifique, par exemple « Vérificateur de citations » ou « Critique ». Et chaque agent a son propre contexte. Lorsque vous déléguez une tâche de votre session principale à un sous-agent, sa lecture et son raisonnement resteront à l’intérieur du sous-agent. Vous n’obtiendrez que la réponse finale. Ainsi, vous pouvez éviter l’encombrement du contexte dans votre session principale.
3.3 Sous-agents pour les chercheurs
Bien que le type exact des sous-agents dont vous avez besoin dépendra de votre projet, voici quelques exemples généraux.
- Sous-agent de revue de littérature : lit chaque nouveau PDF ajouté au dossier Littérature et vous donne des résumés structurés en lien avec votre argument.
- Sous-agent de citations : prend un brouillon de chapitre et vérifie chaque source citée par rapport aux articles du dossier Littérature et signale les références manquantes.
- Sous-agent d’audit méthodologique : pour les projets empiriques, vérifie si votre section méthodes est cohérente avec les données et les analyses.
- Sous-agent Relecteur 2 : critique vos brouillons comme un relecteur comme un relecteur hostile.
3.4 Créer un sous-agent
Comme pour la création de commandes Slash personnalisées, la façon la plus simple de créer un sous-agent est de demander à Claude Code d’en créer un. Ouvrez une session et tapez :
Créez un sous-agent appelé Vérificateur de citations. Il prendra un brouillon du dossier Chapitres, listera chaque citation dans le texte, vérifiera chacune par rapport aux articles du dossier Littérature. Ensuite, il créera un fichier markdown avec les références manquantes. Le sous-agent ne doit jamais modifier ou changer le brouillon.
Claude Code créera un fichier verification-citations.md et le placera dans le dossier Agents à l’intérieur de votre dossier .claude.
Redémarrez la session et votre sous-agent est prêt à être utilisé. Pour déployer un sous-agent, demandez simplement à Claude Code de l’utiliser. Par exemple : « Utilise le Vérificateur de citations sur chapitre_4.md dans le dossier Chapitres. »
Si vous le souhaitez, vous pouvez toujours modifier le fichier .md du sous-agent pour l’adapter à vos besoins.
3.5 Exemple : Critique parallèle
Supposons que vous ayez terminé la rédaction d’un chapitre et que vous souhaitiez obtenir des commentaires avant de l’envoyer à votre directeur ou à un collègue. Ouvrez une session et tapez :
En parallèle, demandez à l’Auditeur méthodologique et au Relecteur 2 de lire et critiquer chapitre_4 dans le dossier Chapitres et de me donner des rapports d’évaluation. Enregistrez les deux rapports sous le nommés chapitre_4_critiques sous le nom du sous-agent dans le même dossier.
Les deux sous-agents utiliseront leurs propres contextes respectifs pour lire et évaluer votre brouillon. Une fois terminé, vous aurez les deux critiques sous forme de deux fichiers séparés. Votre session principale n’a jamais eu à ajouter votre brouillon, ni quoi que ce soit d’autre, dans sa fenêtre de contexte.
Veuillez noter que cela peut prendre quelques minutes selon le modèle que vous utilisez.
3.6 Ce qu’il ne faut pas faire
Ne créez pas de sous-agent pour des tâches mineures.
Ne donnez pas à vos sous-agents des responsabilités qui se chevauchent.
Ne laissez jamais votre sous-agent modifier vos brouillons. Un sous-agent doit toujours produire ses rapports sous forme de fichiers séparés.
Partie 4 : Connecter Claude Code à d’autres applications
Jusqu’à présent, votre projet est resté dans Claude Code sans intégration avec d’autres applications. Tout ce que Claude Code lit, modifie, écrit existe dans votre dossier de projet.
Mais les projets académiques comme les thèses et les articles de recherche impliquent des processus d’organisation et de structure complexes répartis entre diverses applications. Par exemple, vos citations sont dans Zotero, vos brouillons dans Google Drive, et vos notes de réunion dans Zoom.
Comment intégrer ces applications avec Claude Code ?
En 2024, Anthropic a introduit une méthode appelée Model Context Protocol (MCP) qui permet aux utilisateurs d’intégrer des applications comme Zoom et Google Drive avec Claude Code.
Vous n’avez pas besoin de vous soucier de ce qu’est MCP et comment il fonctionne. Vous avez seulement besoin de savoir comment connecter différentes applications en utilisant MCP.
4.1 Comment connecter une application avec Claude Code
Ouvrez Claude Code et dans le coin supérieur gauche, vous verrez une option « Personnaliser ». Cliquez dessus, puis sélectionnez « Connecter vos applications » sur l’écran suivant.
Cela vous montrera les Connecteurs, une liste d’applications approuvées par Anthropic pour être utilisées dans Claude Code. Recherchez des applications comme Zoom ou Google Drive et cliquez sur « Connecter » sur l’écran suivant.
Il vous sera demandé d’accorder des autorisations à Claude Code. Une fois cela fait, votre application sera connectée à Claude Code.
4.2 Exemple pratique
Connectez votre Zoom à Claude Code, ouvrez une session et tapez :
Récupérez la transcription des trois derniers appels que j’ai eus avec mon collègue. Extrayez tous les commentaires relatifs au Chapitre 4 dans les brouillons. Enregistrez tous les commentaires extraits dans un nouveau fichier dans le dossier Correspondance avec la date d’aujourd’hui.
4.3 Connecteurs et sous-agents
À mesure que votre projet évolue, vous pouvez utiliser une combinaison de Connecteurs et de sous-agents pour rendre vos processus efficaces.
Par exemple, vous pouvez configurer un sous-agent appelé Réviseur de littérature qui utilise les bases de données PubMed ou arxiv disponibles dans la liste des Connecteurs.
4.4 Ce qu’il ne faut pas faire
N’installez pas trop de Connecteurs. Soyez sélectif et installez uniquement ceux qui sont liés à votre projet.
Ne connectez pas d’applications qui peuvent contenir des informations confidentielles que vous ne souhaitez pas partager avec l’IA. Par exemple, si votre Slack contient des messages avec des données confidentielles non publiées, ne le connectez pas.
Partie 5 : Hooks et tâches planifiées
L’une des parties les plus importantes de tout projet de recherche est d’avoir une sauvegarde de tous vos fichiers. Vous ne voulez pas avoir une seule copie de votre thèse sur un ordinateur qui plante trois jours avant votre soutenance.
5.1 Qu’est-ce qu’un Hook ?
Les Hooks dans Claude Code peuvent automatiser le processus de création de sauvegardes. Un Hook est un court ensemble d’instructions qui se déclenche automatiquement lorsqu’un événement spécifique se produit dans Claude Code. Une fois que vous avez configuré un Hook, vous n’aurez pas besoin de vous souvenir de l’utiliser. Claude Code l’utilisera de lui-même.
5.2 Créer votre premier Hook
La façon la plus simple de créer un Hook est de demander à Claude Code d’en créer un. Ouvrez une session Claude Code et tapez :
Configurez un hook de sécurité pré-édition qui copie un chapitre et enregistre sa version actuelle avant de commencer à le modifier.
Ce Hook créera une version de sauvegarde de tout chapitre que vous demandez à Claude Code de modifier.
Une fois le Hook prêt, demandez à Claude Code ce qui suit :
Modifiez le fichier Chapitre_4.md dans les brouillons à la lumière des commentaires de la transcription de la réunion Zoom d’aujourd’hui.
Claude Code créera une sauvegarde du fichier original, la placera dans un dossier de sauvegarde, et modifiera une copie modifiée dans le dossier Brouillons.
5.3 Que sont les tâches planifiées ?
Les projets d’écriture académique plus longs impliquent des tâches qui doivent être effectuées à intervalles réguliers. Par exemple, vous souhaitez effectuer des analyses de littérature chaque semaine pour rester informé des dernières publications.
Vous pouvez configurer des tâches planifiées comme les Hooks dans Claude Code. Décrivez simplement ce qui doit se produire et quand, et Claude Code rédigera une routine pour cela. Les tâches planifiées utiliseront les Connecteurs et les sous-agents que nous avons abordés dans les parties précédentes.
5.4 Cas d’utilisation des tâches planifiées
En tant que chercheur, vous souhaiteriez planifier une sauvegarde régulière de vos brouillons. Vous pouvez demander à Claude Code de créer une tâche de sauvegarde des brouillons qui copie tout ce qui se trouve dans le dossier Brouillons et l’enregistre dans un dossier de sauvegarde avec un horodatage.
5.5 Exemple
Ouvrez une session Claude Code et tapez :
Créez une tâche planifiée qui s’exécute tous les lundis matin à 9h. Elle doit utiliser le MCP PubMed pour récupérer les nouveaux articles sur les médias sociaux et la santé mentale publiés la semaine dernière. Elle doit ensuite transmettre les articles au sous-agent de revue de littérature pour les cribler. Enregistrez le tableau de criblage dans un sous-dossier appelé Analyses hebdomadaires dans le dossier Littérature.
5.6 Ce qu’il ne faut pas faire
Ne configurez pas de Hooks ou de tâches planifiées impliquant la suppression de fichiers.
Ne créez pas trop de Hooks au point d’avoir du mal à vous en souvenir. Ou bien tenez une liste séparée des Hooks pour vous en rappeler.
Ne configurez pas de Hook ou de tâche planifiée pour quelque chose que vous n’avez pas effectuée au moins quatre fois manuellement.
