Pesquisa aprofundada e confiável sobre Bio/Med
Cenários Aplicáveis: Realizar uma rodada de recuperação de literatura científica biológica/biomédica e fornecer aos usuários resultados detalhados e confiáveis. 1. Após o usuário iniciar uma busca, o sistema divide a pergunta e as palavras-chave. 2. Recuperar a literatura utilizando fontes de dados públicas e reproduzíveis. 3. Remover duplicatas, estratificar, classificar e ordenar os resultados da busca. 4. Utilizar citações clicáveis no texto da resposta. 5. Listar as informações completas da literatura ao final do documento e marcar o campo de referência (IF) com rotas de busca públicas; caso a verificação com alta confiança não seja possível, deve ser marcada como "a ser verificada" ou "não detectada".
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Essa habilidade serve como um guia confiável para a pesquisa biomédica, garantindo informações de pesquisa altamente precisas e verificáveis por meio de buscas estruturadas, triagem de literatura em múltiplos estágios e verificações rigorosas do fator de impacto (FI).
Instruções
O cerne deste processo é: primeiro, usar múltiplas consultas para realizar uma triagem inicial reproduzível no PubMed/NCBI E-utilities, depois usar o PMID para desduplicação e classificação da evidência do resumo; apenas um pequeno número de documentos-chave entra na revisão de texto completo do PMC/BioC; as citações no texto devem ser clicáveis; as informações bibliográficas completas devem ser listadas no final do artigo; o Fator de Impacto (FI) só pode ser verificado de forma conservadora por meio de fontes publicamente acessíveis e não se pode presumir que esteja presente no JCR ou em bancos de dados locais, não pode ser adivinhado e correspondências de baixa confiança não podem ser tratadas como resultados definitivos.
1. Pré-processamento após o usuário iniciar uma pesquisa
1.1 Primeiro, analise a pergunta do usuário.
Após receber a pergunta do usuário, a pergunta em linguagem natural é primeiramente decomposta em elementos estruturados.
Deve ser identificado:
• Temas de pesquisa: genes, proteínas, medicamentos, canais, tipos de células, tecidos, doenças e modelos.
• Sistemas biológicos: humanos, camundongos, ratos, peixes-zebra, organoides, retina, regiões cerebrais, linhagens celulares, etc.
• Tipos de relacionamento: expressão, regulação, função, mecanismo, fenótipo, morte, sobrevivência, tratamento, toxicidade, desenvolvimento, degeneração, etc.
• Requisitos de evidência: se são necessárias evidências diretas, evidências mecanísticas, evidências de texto completo, gráficos, parâmetros de dosagem e métodos experimentais.
• Período: ilimitado, últimos 5 anos, último ano, desenvolvimentos recentes e literatura clássica.
• Tipos de saída: resposta curta, literatura representativa, resumo da revisão, sugestões de planejamento experimental, tabela de evidências, diagrama de mecanismo.
Exemplo:
Problema do usuário:
"Por favor, ajude-me a encontrar literatura relacionada à morte de organoides da retina."
Decomposição estruturada (exemplo):
• Modelos principais: organoide retiniano, organoide da retina, organoide retiniano derivado de hPSC, organoide da taça óptica.
• Fenótipo: morte celular, apoptose, degeneração, perda de sobrevivência, estresse, necrose.
• Células relacionadas: fotorreceptor, cone, bastonete, célula ganglionar da retina, glia de Müller.
• Mecanismos potenciais: estresse oxidativo, estresse do retículo endoplasmático, disfunção mitocondrial, hipóxia, inflamação, ferroptose, necroptose.
• Objetivos de evidência: Priorizar estudos originais que observem diretamente a morte celular/apoptose/degeneração em organoides retinianos humanos ou animais; em seguida, buscar literatura sobre mecanismos indiretos.
1.2 Princípios de Segmentação por Palavras-chave (Exemplo)
Não escreva apenas uma consulta de pesquisa. Prepare pelo menos três categorias de termos para cada conceito.
Categoria 1: Palavras precisas.
• organoide retiniano
• organoide da retina
• organoide de retina humana
• organoide retinal derivado de hPSC
• Organoide retiniano derivado de células iPS
A segunda categoria: sinônimos e hiperônimos.
• organoide da taça óptica
• Cultura de retina 3D
• retina derivada de células-tronco
• diferenciação retiniana
• modelo de tecido retiniano
A terceira categoria: termos de mecanismo e fenótipo.
• apoptose
• morte celular
• degeneração
• sobrevivência
• estresse
• estresse oxidativo
• Estresse no pronto-socorro
• disfunção mitocondrial
• hipóxia
• necroptose
• ferroptose
Se o usuário especificar o tipo de célula, adicione:
• fotorreceptor
• cone
• haste
• célula ganglionar da retina
• Müller glia
• célula bipolar
• célula amacrina
Se o usuário especificar a espécie ou a origem, adicione:
• humano
• rato
• rato
• peixe-zebra
• hESC
• iPSC
• célula-tronco pluripotente
1.3 Geração de consultas de pesquisa hierárquicas
Gere pelo menos 3 a 6 consultas. Cada consulta corresponde a um objetivo de pesquisa.
Primeira camada: Recuperação direta de evidências.
Utilizado para encontrar literatura que corresponda diretamente ao modelo e ao fenótipo alvo.
```text
("organoide retiniano" OU "organoide da retina" OU "organoide retiniano humano") E (apoptose OU "morte celular" OU degeneração)
```
Segunda camada: Recuperação de modelo estendido.
Utilizado para identificar trabalhos acadêmicos em que o autor não usou o termo preciso "organoide retiniano", mas que, na verdade, é relevante.
```text
("organoide de taça óptica" OU "cultura de retina 3D" OU "retina derivada de células-tronco") E (sobrevivência OU apoptose OU estresse)
```
Terceira camada: Busca específica por mecanismo.
Utilizado para verificar vias ou mecanismos específicos.
```text
("organoide retiniano" OU "organoide da retina") E ("estresse oxidativo" OU "estresse do retículo endoplasmático" OU hipóxia OU mitocôndrias)
```
Quarta camada: Busca específica por tipo de célula.
```text
("organoide retiniano" OU "organoide da retina") E (fotorreceptor OU cone OU bastonete OU "célula ganglionar da retina") E (morte OU apoptose OU degeneração)
```
Quinta camada: Recuperação do modelo da doença.
```text
("organoide retiniano" OU "organoide da retina") E (doença OU degeneração OU distrofia OU retinite OU glaucoma)
```
Sexta camada: Revisão/pesquisa de antecedentes.
```text
("organoide retiniano" OU "organoide da retina") E (revisão OU protocolo OU modelo)
```
Pesquisa
2. Quais métodos e sites foram usados para a pesquisa?
2.1 Preferencial: PubMed / NCBI E-utilities
O PubMed é a ferramenta preferencial para busca de literatura biomédica. Não utilize a extração de dados das páginas do PubMed como padrão. Em vez disso, use a API E-utilities do NCBI.
2.1.1 ESearch: Recuperando PMID usando uma consulta
interface:
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi
```
parâmetro:
```text
db=pubmed
termo=
retmode=json
retmax=20
ordenar=relevância
```
Você também pode ordenar por horário:
```text
ordenar=pub+data
```
Exemplo:
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance
```
Leia a partir do retorno:
```text
esearchresult.idlist
```
Esta é a lista de PMIDs.
2.1.2 Resumo: Obtenção de Metadados da Literatura
interface:
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi
```
parâmetro:
```text
db=pubmed
id=PMID1,PMID2,PMID3
retmode=json
```
Campos extraídos:
• PMID
• título
• nome completo do periódico
• abreviatura da fonte/periódico
• data de publicação
• autores
• DOI e PMCID nos IDs dos artigos
• volume, número, páginas
2.1.3 EFetch: Recuperando Resumo e Detalhes XML
interface:
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi
```
parâmetro:
```text
db=pubmed
id=PMID1,PMID2
retmode=xml
rettype=abstract
```
Campos extraídos:
• Título do artigo
• Texto abstrato
• Título do periódico
• Abreviação ISO
• ISSN / eISSN
• Data de publicação
• DOI
• PMCID
• Termos MeSH
2.1.4 Estratégia de Recuperação em Lote
Processo recomendado:
1. Chame o ESearch para cada consulta.
2. Para cada consulta, selecione os primeiros 5 a 20 resultados.
3. Mesclar todos os PMIDs.
4. Use o PMID para remover duplicados.
5. Utilize ESummary / EFetch para recuperar metadados e dados abstratos em lotes.
6. Na fase inicial de triagem, leia apenas os metadados e o resumo; não comece lendo o texto completo.
────────────────
2.2 Segunda Fase: Revisão Completa dos Documentos PMC/BioC
O texto completo será incluído apenas nos seguintes casos:
• Os usuários solicitam a leitura atenta do texto completo.
• O resumo é insuficiente para determinar o mecanismo.
• Requer tabelas, métodos experimentais, concentrações, dosagens, IC50, EC50, Kd e Ki.
• Um pequeno número de PMIDs importantes foi identificado e requer revisão caso a caso.
2.2.1 PMID para PMCID
interface:
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=
```
Se o PMCID for retornado, significa que o PMC pode ter o texto completo aberto.
2.2.2 Priorizar JSON do BioC
interface:
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json/
```
Vantagens: Altamente estruturado, adequado para extrair parágrafos do texto principal.
2.2.3 Experimente o PMC XML quando o BioC não estiver disponível
interface:
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/
```
Ignorar ao extrair o texto principal:
• referências
• bibliografia
• Agradecimentos
• contribuições do autor
• interesses concorrentes
A revisão do texto completo deve incluir um critério de interrupção:
• Cada documento é digitalizado apenas uma vez.
• Por padrão, apenas os parágrafos relacionados à pergunta são extraídos.
• Se o campo de destino não corresponder, marque-o como "Nenhuma evidência direta encontrada".
• Evite coletar palavras-chave repetidamente.
────────────────
2.3 bioRxiv / medRxiv
Utilizado para complementar as pré-publicações mais recentes.
Você pode usar a API oficial:
```text
https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/AAAA-MM-DD/AAAA-MM-DD
https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/AAAA-MM-DD/AAAA-MM-DD
```
Você também pode usar uma pesquisa regular como complemento:
```text
site:biorxiv.org apoptose de organoides da retina
site:medrxiv.org degeneração de organoides da retina
```
Os pré-prints devem ser etiquetados:
```text
Este é um artigo em versão preliminar e ainda não foi revisado por pares.
```
────────────────
2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall
Utilizado para completar o DOI, abrir o endereço do texto completo e informações da publicação.
Referência cruzada:
```text
https://api.crossref.org/works?query.title=