หัวใจสำคัญของกระบวนการนี้คือ: ขั้นแรก ใช้การค้นหาหลายครั้งเพื่อทำการคัดกรองเบื้องต้นที่ทำซ้ำได้ใน PubMed/NCBI E-utilities จากนั้นใช้ PMID สำหรับการกำจัดข้อมูลซ้ำซ้อนและการจัดระดับหลักฐานบทคัดย่อ มีเพียงเอกสารสำคัญจำนวนเล็กน้อยเท่านั้นที่จะเข้าสู่การตรวจสอบฉบับเต็มใน PMC/BioC การอ้างอิงในเนื้อหาต้องสามารถคลิกได้ ข้อมูลบรรณานุกรมที่ครบถ้วนต้องแสดงไว้ท้ายบทความ ค่า IF สามารถตรวจสอบได้อย่างระมัดระวังผ่านแหล่งข้อมูลที่เข้าถึงได้โดยสาธารณะเท่านั้น และไม่สามารถสันนิษฐานได้ว่ามีอยู่ใน JCR หรือฐานข้อมูลท้องถิ่น ไม่สามารถคาดเดาได้ และการจับคู่ที่มีความน่าเชื่อถือต่ำไม่สามารถถือเป็นผลลัพธ์ที่แน่นอนได้

1. การประมวลผลเบื้องต้นหลังจากผู้ใช้เริ่มการค้นหา

1.1 ขั้นแรก วิเคราะห์คำถามของผู้ใช้

หลังจากได้รับคำถามจากผู้ใช้ คำถามที่เป็นภาษาธรรมชาติจะถูกแยกย่อยออกเป็นองค์ประกอบที่มีโครงสร้างก่อน

ต้องระบุตัวตน:

• หัวข้อวิจัย: ยีน โปรตีน ยา ช่องสัญญาณ ชนิดเซลล์ เนื้อเยื่อ โรค และแบบจำลอง

• ระบบชีวภาพ: มนุษย์ หนู หนูแรต ปลาซีบราฟิช ออร์แกนอยด์ จอประสาทตา บริเวณสมอง เซลล์ไลน์ ฯลฯ

• ประเภทของความสัมพันธ์: การแสดงออก, การควบคุม, หน้าที่, กลไก, ลักษณะทางฟีโนไทป์, การตาย, การอยู่รอด, การรักษา, ความเป็นพิษ, การพัฒนา, การเสื่อมสภาพ เป็นต้น

• ข้อกำหนดด้านหลักฐาน: จำเป็นต้องมีหลักฐานโดยตรง หลักฐานเชิงกลไก หลักฐานฉบับเต็ม แผนภูมิ พารามิเตอร์ปริมาณยา และวิธีการทดลองหรือไม่

• ช่วงเวลา: ไม่จำกัดเวลา, 5 ปีที่ผ่านมา, 1 ปีที่ผ่านมา, ความคืบหน้าล่าสุด และวรรณกรรมคลาสสิก

• รูปแบบผลลัพธ์: คำตอบสั้น ๆ, เอกสารอ้างอิงที่เป็นตัวแทน, บทสรุปการทบทวน, ข้อเสนอแนะในการออกแบบการทดลอง, ตารางแสดงหลักฐาน, แผนภาพกลไก

ตัวอย่าง:

ปัญหาของผู้ใช้:

"กรุณาช่วยค้นหาเอกสารที่เกี่ยวข้องกับการตายของออร์แกนอยด์จอประสาทตาให้ด้วยครับ/ค่ะ"

การแยกส่วนโครงสร้าง (ตัวอย่าง):

• โมเดลหลัก: ออร์แกนอยด์จอประสาทตา, ออร์แกนอยด์จอประสาทตาที่ได้จากเซลล์ต้นกำเนิดของมนุษย์ (hPSC), ออร์แกนอยด์ถ้วยตา

• ลักษณะที่ปรากฏ: การตายของเซลล์, อะพอพโทซิส, การเสื่อมสภาพ, การสูญเสียการอยู่รอด, ความเครียด, เนโครซิส

• เซลล์ที่เกี่ยวข้อง: เซลล์รับแสง, เซลล์รูปกรวย, เซลล์รูปแท่ง, เซลล์ปมประสาทจอประสาทตา, เซลล์กลียาของมุลเลอร์

• กลไกที่เป็นไปได้: ภาวะเครียดออกซิเดชัน, ภาวะเครียดใน ER, ความผิดปกติของไมโทคอนเดรีย, ภาวะขาดออกซิเจน, การอักเสบ, เฟอร์โรพโทซิส, เนโครพโทซิส

• วัตถุประสงค์ของการรวบรวมหลักฐาน: ให้ความสำคัญกับงานวิจัยต้นฉบับที่สังเกตการตายของเซลล์/อะพอพโทซิส/การเสื่อมสภาพในออร์แกนอยด์จอประสาทตาของมนุษย์หรือสัตว์โดยตรง จากนั้นจึงค้นหาเอกสารเกี่ยวกับกลไกทางอ้อม

1.2 หลักการแบ่งกลุ่มคำหลัก (ตัวอย่าง)

อย่าเขียนแค่คำค้นหาเดียว เตรียมคำค้นหาอย่างน้อยสามหมวดหมู่สำหรับแต่ละแนวคิด

หมวดที่ 1: คำที่แม่นยำ

• ออร์แกนอยด์จอประสาทตา

• ออร์แกนอยด์เรตินา

• ออร์แกนอยด์จอประสาทตาของมนุษย์

• ออร์แกนอยด์จอประสาทตาที่ได้มาจาก hPSC

• ออร์แกนอยด์จอประสาทตาที่ได้จาก iPSC

หมวดที่สอง: คำพ้องความหมายและคำที่มีความหมายกว้างกว่า

• ออร์แกนอยด์ถ้วยตา

• การเพาะเลี้ยงจอประสาทตาแบบ 3 มิติ

• จอประสาทตาที่ได้จากสเต็มเซลล์

• การแยกแยะจอประสาทตา

• แบบจำลองเนื้อเยื่อจอประสาทตา

หมวดที่สาม: กลไกและคำศัพท์ทางลักษณะปรากฏ

• อะพอพโทซิส

• การตายของเซลล์

• การเสื่อมสภาพ

• การอยู่รอด

• ความเครียด

• ภาวะเครียดออกซิเดชัน

• ภาวะเครียดของ ER

• ความผิดปกติของไมโตคอนเดรีย

• ภาวะขาดออกซิเจน

• เนโครพโทซิส

• เฟอร์โรพโทซิส

หากผู้ใช้ระบุประเภทเซลล์ ให้เพิ่ม:

• ตัวรับแสง

• กรวย

• แท่ง

• เซลล์แกงลีออนเรตินา

• มุลเลอร์ กลีอา

• เซลล์ไบโพลาร์

• เซลล์อะมาครีน

หากผู้ใช้ระบุชนิดหรือแหล่งกำเนิด ให้เพิ่มข้อความต่อไปนี้:

• มนุษย์

• หนู

• หนู

• ปลาซีบราฟิช

• เซลล์ต้นกำเนิดตัวอ่อนมนุษย์ (hESC)

• iPSC

• เซลล์ต้นกำเนิดที่มีศักยภาพในการเปลี่ยนแปลงเป็นเซลล์ชนิดต่างๆ

1.3 การสร้างคำค้นหาแบบลำดับชั้น

สร้างคำค้นหาอย่างน้อย 3-6 คำ โดยแต่ละคำค้นหาจะสอดคล้องกับวัตถุประสงค์การค้นหา

ชั้นแรก: การดึงข้อมูลหลักฐานโดยตรง

ใช้ในการค้นหาเอกสารที่ตรงกับแบบจำลองเป้าหมายและลักษณะฟีโนไทป์เป้าหมายโดยตรง

```ข้อความ

("retinal organoid" หรือ "retina organoid" หรือ "human retinal organoid") และ (apoptosis หรือ "cell death" หรือ degeneration)

```

ชั้นที่สอง: การดึงข้อมูลโมเดลแบบขยาย

ใช้เพื่อรวบรวมงานวิจัยที่ผู้เขียนไม่ได้ใช้คำว่า "retinal organoid" อย่างตรงตัว แต่คำนี้มีความเกี่ยวข้องอย่างแท้จริง

```ข้อความ

("ออร์แกนอยด์ถ้วยตา" หรือ "การเพาะเลี้ยงเรตินาแบบ 3 มิติ" หรือ "เรตินาที่ได้จากเซลล์ต้นกำเนิด") และ (การอยู่รอด หรือ การตายของเซลล์ หรือ ความเครียด)

```

ชั้นที่สาม: การค้นหาเฉพาะกลไก

ใช้เพื่อตรวจสอบเส้นทางหรือกลไกเฉพาะต่างๆ

```ข้อความ

("retinal organoid" หรือ "retina organoid") และ ("oxidative stress" หรือ "ER stress" หรือ hypoxia หรือ mitochondria)

```

ชั้นที่สี่: การค้นหาตามประเภทเซลล์

```ข้อความ

("ออร์แกนอยด์เรตินา" หรือ "ออร์แกนอยด์เรตินา") และ (เซลล์รับแสง หรือ เซลล์รูปกรวย หรือ เซลล์รูปแท่ง หรือ "เซลล์แกงลีออนเรตินา") และ (การตาย หรือ อะพอพโทซิส หรือ การเสื่อมสภาพ)

```

ชั้นที่ห้า: การดึงข้อมูลแบบจำลองโรค

```ข้อความ

("อวัยวะเทียมจอประสาทตา" หรือ "อวัยวะเทียมจอประสาทตา") และ (โรค หรือ ความเสื่อม หรือ โรคกล้ามเนื้อเสื่อม หรือ โรคจอประสาทตาอักเสบ หรือ โรคต้อหิน)

```

ชั้นที่หก: การตรวจสอบ/การค้นหาข้อมูลเบื้องหลัง

```ข้อความ

("retinal organoid" หรือ "retina organoid") และ (review หรือ protocol หรือ model)

```

2. ใช้วิธีการและเว็บไซต์ใดบ้างในการค้นหาข้อมูล?

2.1 แหล่งข้อมูลที่แนะนำ: PubMed / NCBI E-utilities

PubMed เป็นเครื่องมือที่นิยมใช้สำหรับการค้นหาเอกสารทางชีวการแพทย์ อย่าใช้การคัดลอกข้อมูลจากหน้า PubMed โดยตรง ให้ใช้ API ของ NCBI E-utilities แทน

2.1.1 ESearch: การดึงข้อมูล PMID โดยใช้คำค้นหา

อินเทอร์เฟซ:

```ข้อความ

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

พารามิเตอร์:

```ข้อความ

db=pubmed

คำศัพท์ = <คำค้นหา>

retmode=json

retmax=20

เรียงลำดับตามความเกี่ยวข้อง

```

คุณสามารถเรียงลำดับตามเวลาได้เช่นกัน:

```ข้อความ

เรียงลำดับ = วันที่ตีพิมพ์

```

ตัวอย่าง:

```ข้อความ

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

อ่านจากเอกสารการส่งคืน:

```ข้อความ

รายการรหัสผลการวิจัย

```

นี่คือรายการ PMID

2.1.2 สรุป: การขอรับข้อมูลเมตาของเอกสารทางวิชาการ

อินเทอร์เฟซ:

```ข้อความ

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

พารามิเตอร์:

```ข้อความ

db=pubmed

id=PMID1,PMID2,PMID3

retmode=json

```

ข้อมูลที่ดึงมา:

• พีเอ็มไอดี

• ชื่อ

• ชื่อวารสารฉบับเต็ม

• ตัวย่อของแหล่งที่มา/วารสาร

• วันที่เผยแพร่

• ผู้เขียน

• DOI และ PMCID ใน articleids

• เล่ม, ฉบับ, หน้า

2.1.3 EFetch: การดึงข้อมูลสรุปและรายละเอียด XML

อินเทอร์เฟซ:

```ข้อความ

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

พารามิเตอร์:

```ข้อความ

db=pubmed

id=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=abstract

```

ข้อมูลที่ดึงมา:

• ชื่อบทความ

• บทคัดย่อ

• ชื่อวารสาร

• ตัวย่อ ISO

• ISSN / eISSN

• วันที่เผยแพร่

• DOI

• พีเอ็มซีไอดี

• คำศัพท์ MeSH

2.1.4 กลยุทธ์การเรียกค้นข้อมูลแบบกลุ่ม

ขั้นตอนที่แนะนำ:

1. เรียกใช้ ESearch สำหรับแต่ละคำค้นหา

2. สำหรับแต่ละคำค้นหา ให้เลือกผลลัพธ์ 5-20 รายการแรก

3. รวม PMID ทั้งหมดเข้าด้วยกัน

4. ใช้ PMID เพื่อลบข้อมูลที่ซ้ำกัน

5. ใช้ ESummary / EFetch เพื่อดึงข้อมูลเมตาและข้อมูลสรุปเป็นชุดๆ

6. ในขั้นตอนการคัดกรองเบื้องต้น ให้อ่านเฉพาะข้อมูลเมตาและบทคัดย่อเท่านั้น อย่าเพิ่งเริ่มอ่านเนื้อหาฉบับเต็ม

───────────────

2.2 ขั้นตอนที่สอง: การตรวจสอบเอกสาร PMC/BioC อย่างละเอียด

ข้อความฉบับเต็มจะปรากฏเฉพาะในกรณีต่อไปนี้:

• ผู้ใช้ขอให้อ่านข้อความทั้งหมดอย่างละเอียด

• บทคัดย่อไม่เพียงพอที่จะระบุกลไกได้

• ต้องใช้แผนภูมิ วิธีการทดลอง ความเข้มข้น ปริมาณยา IC50 EC50 Kd และ Ki

• มีการระบุ PMID ที่สำคัญจำนวนเล็กน้อย ซึ่งจำเป็นต้องได้รับการตรวจสอบเป็นรายกรณี

2.2.1 การแปลง PMID เป็น PMCID

อินเทอร์เฟซ:

```ข้อความ

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

หากพบ PMCID แสดงว่า PMC อาจเปิดให้เข้าถึงข้อความฉบับเต็มได้

2.2.2 จัดลำดับความสำคัญของ BioC JSON

อินเทอร์เฟซ:

```ข้อความ

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

ข้อดี: มีโครงสร้างที่ดี เหมาะสำหรับการดึงข้อความหลักออกมาเป็นย่อหน้าๆ

2.2.3 ลองใช้ PMC XML เมื่อ BioC ไม่พร้อมใช้งาน

อินเทอร์เฟซ:

```ข้อความ

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

ข้ามขั้นตอนนี้เมื่อทำการแยกข้อความหลัก:

• เอกสารอ้างอิง

• บรรณานุกรม

• คำขอบคุณ

• การมีส่วนร่วมของผู้เขียน

• ผลประโยชน์ทับซ้อน

การตรวจสอบข้อความฉบับเต็มต้องมีเกณฑ์การหยุด:

• เอกสารแต่ละฉบับจะถูกสแกนเพียงครั้งเดียวเท่านั้น

• โดยค่าเริ่มต้น ระบบจะดึงเฉพาะย่อหน้าที่เกี่ยวข้องกับคำถามเท่านั้น

• หากไม่พบข้อมูลที่ตรงกันในช่องเป้าหมาย ให้ระบุว่า "ไม่พบหลักฐานโดยตรง"

• หลีกเลี่ยงการดึงข้อมูลคำหลักซ้ำๆ

───────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

ใช้เพื่อเสริมข้อมูลในเอกสารฉบับร่างล่าสุด

คุณสามารถใช้ API อย่างเป็นทางการได้:

```ข้อความ

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

```

คุณสามารถใช้การค้นหาแบบปกติเป็นส่วนเสริมได้เช่นกัน:

```ข้อความ

site:biorxiv.org การตายของเซลล์ออร์แกนอยด์จอประสาทตา

site:medrxiv.org การเสื่อมสภาพของออร์แกนอยด์จอประสาทตา

```

เอกสารฉบับร่างต้องติดป้ายกำกับ:

```ข้อความ

นี่เป็นฉบับร่างและยังไม่ได้รับการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิ

```

───────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

ใช้เพื่อกรอกข้อมูล DOI ให้ครบถ้วน, ที่อยู่สำหรับเข้าถึงเอกสารฉบับเต็ม และข้อมูลการตีพิมพ์

ครอสเรฟ:

```ข้อความ

https://api.crossref.org/works?query.title=