Hace diez días recibí un correo de Anthropic. Mi proyecto fue seleccionado para su programa AI for Science, con 30,000 dólares en créditos de Claude. Gracias a todos los que forman parte del programa por apoyar esto 🫶
El proyecto es mi propio tumor 🥹
Tengo 35 años y cáncer de mama en etapa 4. Soy ingeniera de software y desde marzo he estado creando herramientas para entender mi cáncer. Hoy puedo escribir el nombre de un gen y verlo en miles de células de mi tumor.
Mi metástasis hepática, célula por célula. Cada punto es una célula y el color muestra qué cantidad de un gen (ESR1) tiene.
También necesito a alguien que pueda fabricarme una vacuna personalizada y un hospital que pueda aplicarla. Más sobre eso al final.
Cómo empezó todo
Durante mucho tiempo, los médicos dijeron que mi dolor era ciática. Seguía empeorando, así que al final pagué una resonancia magnética por mi cuenta. El resultado llegó por correo electrónico en enero de 2024 y lo leí sola. Estaba segura de que era un error.
En marzo de este año, mi cáncer avanzó y decidí aprender todo lo que pudiera sobre mi tumor.
Dónde estamos hoy
Tengo cáncer en el hígado y en los huesos. Mi tumor es de un tipo poco común. No existe una guía específica para un caso como el mío y cada respuesta tarda semanas.
Mi hígado en 3D, creado a partir de mi propia tomografía computarizada. Las manchas amarillas son lesiones. Algunas fueron detectadas por IA y un radiólogo aún no las ha confirmado.
El objetivo es una vacuna personalizada, hecha a partir de mi propio tumor, para que mi sistema inmunológico aprenda qué atacar.
Cuando empecé, ni siquiera sabía bien qué era un neoantígeno. Ahora puedo leer un informe de secuenciación y hablar con investigadores sin perderme tanto.
Cómo está construido
Lo desarrollo con Claude Code. Es un equipo de más de 30 agentes y cada uno tiene una sola tarea. Uno lee artículos científicos y busca ensayos clínicos en otros países. Otro solo verifica cada número contra su fuente original. Cuando una pregunta es difícil, dos o tres agentes responden por su cuenta y, si no coinciden, yo lo veo. Los informes y archivos llegan a mi teléfono por Telegram, y nada sale hasta que yo dé el visto bueno.
Mis médicos toman todas las decisiones médicas. Los agentes me ayudan a llegar a cada consulta con mejores preguntas, y los expertos las revisan. A veces las cambian bastante.
El protocolo de biopsia
Necesitaba una nueva biopsia, en Zúrich. Repetir una biopsia no es fácil. Si no se toma la muestra o no se guarda de la manera correcta, se pierde.
Así que escribí el protocolo con mi sistema: qué muestras tomar y cómo conservar cada una según lo que quisiéramos analizar después. Luego, el equipo del laboratorio de la Dra. Paloma Cejas en Dana-Farber, que iba a analizar las muestras, lo revisó y lo mejoró.
Mi tumor, célula por célula
Esto todavía me pone la piel de gallina.
El laboratorio de la Dra. Cejas secuenció mis metástasis de hígado y hueso célula por célula, con una tecnología llamada 10x Flex que funciona en tejido almacenado. Tengo los datos en mi laptop.
Aún no hay conclusiones. Lo estamos revisando despacio junto con el equipo.
Un mapa 3D de mi enfermedad
Tenía dos PET scans y muchísimos informes, pero no lograba ver el panorama completo.
Izquierda: todas las lesiones óseas de mis dos PET scans, coloreadas según el trazador. Derecha: una de mis vértebras en 3D, vista con cada PET y con la tomografía computarizada.
Entonces armé un mapa 3D de mis metástasis a partir de esos dos estudios. Lo usamos con mi equipo médico para decidir qué lesión biopsiar. Ellos tomaron la decisión. Ayudó mucho que todos estuviéramos viendo el mismo mapa.
Cuando mi catéter venoso implantado (port) dejó de funcionar, lo reconstruí en 3D a partir de tres tomografías tomadas con meses de diferencia, para ver si el catéter se había movido.
Mi port y su catéter en 3D, reconstruidos a partir de tres tomografías. El dispositivo morado es una ilustración.
Dos años de análisis de sangre en una sola pantalla
Cada análisis de sangre llega en un PDF. Después de unos meses tienes decenas y nadie los lee todos.
Los reuní en un solo panel: más de 1,800 valores de más de 70 extracciones de sangre desde diciembre de 2023. Un médico puede ver rápidamente cómo cambió cada valor con el tiempo.
Necesito un fabricante de vacunas y un hospital
El siguiente paso es comparar el exoma completo de mi tumor con mi ADN sano. Después de eso, la IA ya no puede ayudarme mucho.
Gracias a todos los que donaron o me escribieron. Si puedes fabricar la vacuna o aplicarla, o sabes quién puede hacerlo, escríbeme. Mis mensajes directos están abiertos y toda la información está en helpmiriam.com 💜
