Ce processus repose sur trois piliers : premièrement, l’utilisation de plusieurs requêtes pour effectuer un premier tri reproductible dans les utilitaires électroniques PubMed/NCBI ; deuxièmement, l’utilisation de PMID pour la déduplication et l’évaluation des preuves dans les résumés ; seul un petit nombre de documents clés sont soumis à l’examen du texte intégral dans PMC/BioC ; les citations dans le texte doivent être cliquables ; les informations bibliographiques complètes doivent figurer à la fin de l’article ; le facteur d’impact (FI) ne peut être vérifié qu’avec prudence à partir de sources accessibles au public et ne peut être présumé présent dans le JCR ou les bases de données locales, ni être deviné, et les correspondances de faible confiance ne peuvent être considérées comme des résultats définitifs.

1. Prétraitement après qu'un utilisateur a initié une recherche

1.1 Tout d'abord, analysez la question de l'utilisateur.

Après réception de la question d'un utilisateur, celle-ci, formulée en langage naturel, est d'abord décomposée en éléments structurés.

Doit être identifié :

• Sujets de recherche : gènes, protéines, médicaments, canaux, types cellulaires, tissus, maladies et modèles.

• Systèmes biologiques : humains, souris, rats, poissons-zèbres, organoïdes, rétine, régions du cerveau, lignées cellulaires, etc.

• Types de relations : expression, régulation, fonction, mécanisme, phénotype, mort, survie, traitement, toxicité, développement, dégénérescence, etc.

• Exigences en matière de preuves : Sont-elles requises des preuves directes, des preuves mécanistiques, des preuves en texte intégral, des graphiques, des paramètres de dosage et des méthodes expérimentales ?

• Période : illimitée, les 5 dernières années, la dernière année, les développements les plus récents et la littérature classique.

• Types de résultats : réponse courte, littérature représentative, résumé de l’analyse, suggestions de conception expérimentale, tableau des preuves, schéma du mécanisme.

Exemple:

Problème utilisateur :

« Veuillez m'aider à trouver de la documentation relative à la mort des organoïdes rétiniens. »

Décomposition structurée (exemple) :

• Modèles de base : organoïde rétinien, organoïde de rétine, organoïde rétinien dérivé de hPSC, organoïde de la cupule optique.

• Phénotype : mort cellulaire, apoptose, dégénérescence, perte de survie, stress, nécrose.

• Cellules apparentées : photorécepteur, cône, bâtonnet, cellule ganglionnaire rétinienne, glie de Müller.

• Mécanismes potentiels : stress oxydatif, stress du réticulum endoplasmique, dysfonctionnement mitochondrial, hypoxie, inflammation, ferroptose, nécroptose.

• Objectifs de recherche de preuves : Prioriser les études originales qui observent directement la mort cellulaire/l'apoptose/la dégénérescence dans les organoïdes rétiniens humains ou animaux ; puis rechercher des publications sur les mécanismes indirects.

1.2 Principes de segmentation par mots clés (Exemple)

Ne vous contentez pas d'une seule requête de recherche. Préparez au moins trois catégories de termes pour chaque concept.

Catégorie 1 : Mots précis.

• organoïde rétinien

• organoïde rétinien

• organoïde rétinien humain

• Organoïde rétinien dérivé de hPSC

• Organoïde rétinien dérivé de cellules iPSC

La deuxième catégorie : les synonymes et les hyperonymes.

• organoïde de la cupule optique

• Culture rétinienne 3D

• rétine dérivée de cellules souches

• Différenciation rétinienne

• Modèle de tissu rétinien

La troisième catégorie : termes liés au mécanisme et au phénotype.

• apoptose

• mort cellulaire

• dégénérescence

• survie

• stresser

• stress oxydatif

• Stress des ER

• dysfonctionnement mitochondrial

• hypoxie

• nécroptose

• ferroptose

Si l'utilisateur spécifie le type de cellule, ajoutez :

• photorécepteur

• cône

• tige

• cellule ganglionnaire rétinienne

• Müller glia

• cellule bipolaire

• cellule amacrine

Si l'utilisateur précise l'espèce ou l'origine, ajoutez :

• humain

• souris

• rat

• poisson-zèbre

• cellules souches embryonnaires humaines

• iPSC

• cellules souches pluripotentes

1.3 Génération de requêtes de recherche hiérarchiques

Générez au moins 3 à 6 requêtes. Chaque requête correspond à un objectif de recherche.

Première étape : Collecte directe des preuves.

Utilisé pour trouver la littérature qui correspond directement au modèle et au phénotype cibles.

```text

("organoïde rétinien" OU "organoïde de la rétine" OU "organoïde rétinien humain") ET (apoptose OU "mort cellulaire" OU dégénérescence)

```

Deuxième couche : Récupération de modèle étendue.

Utilisé pour recenser les publications où l'auteur n'utilise pas le terme précis « organoïde rétinien », mais où celui-ci est en réalité pertinent.

```text

(« organoïde de la coupe optique » OU « culture rétinienne 3D » OU « rétine dérivée de cellules souches ») ET (survie OU apoptose OU stress)

```

Troisième niveau : recherche spécifique au mécanisme.

Utilisé pour vérifier des voies ou des mécanismes spécifiques.

```text

(« organoïde rétinien » OU « organoïde de la rétine ») ET (« stress oxydatif » OU « stress du RE » OU hypoxie OU mitochondries)

```

Quatrième niveau : Recherche spécifique au type cellulaire.

```text

(« organoïde rétinien » OU « organoïde de la rétine ») ET (photorécepteur OU cône OU bâtonnet OU « cellule ganglionnaire rétinienne ») ET (mort OU apoptose OU dégénérescence)

```

Cinquième niveau : Récupération du modèle de maladie.

```text

(« organoïde rétinien » OU « organoïde de la rétine ») ET (maladie OU dégénérescence OU dystrophie OU rétinite OU glaucome)

```

Sixième niveau : Examen/Recherche de renseignements.

```text

("organoïde rétinien" OU "organoïde de la rétine") ET (revue OU protocole OU modèle)

```

2. Quelles méthodes et quels sites web ont été utilisés pour la recherche ?

2.1 Préférence : PubMed / NCBI E-utilities

PubMed est l'outil privilégié pour la recherche de littérature biomédicale. Évitez d'utiliser systématiquement l'extraction de données des pages PubMed. Privilégiez plutôt l'API NCBI E-utilities.

2.1.1 ESearch : Récupération du PMID à l’aide d’une requête

interface:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

paramètre:

```text

db=publié

terme=

retmode=json

retmax=20

trier=pertinence

```

Vous pouvez également trier par date :

```text

trier=publication+date

```

Exemple:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

Lisez le texte de retour :

```text

esearchresult.idlist

```

Voici la liste des PMID.

2.1.2 ESummary : Obtention des métadonnées de la littérature

interface:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

paramètre:

```text

db=publié

id=PMID1,PMID2,PMID3

retmode=json

```

Champs extraits :

• PMID

• titre

• nom complet du journal

• abréviation de la source/de la revue

• date de publication

• auteurs

• DOI et PMCID dans les identifiants d'articles

• volume, numéro, pages

2.1.3 EFetch : Récupération du résumé et des détails XML

interface:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

paramètre:

```text

db=publié

id=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=abstrait

```

Champs extraits :

• Titre de l'article

• Texte abstrait

• Titre de la revue

• Abréviation ISO

• ISSN / eISSN

• Date de publication

• DOI

• PMCID

• Termes MeSH

2.1.4 Stratégie de récupération par lots

Processus recommandé :

1. Appelez ESearch pour chaque requête.

2. Pour chaque requête, sélectionnez les 5 à 20 premiers résultats.

3. Fusionner tous les PMID.

4. Utilisez PMID pour supprimer les doublons.

5. Utilisez ESummary / EFetch pour récupérer les métadonnées et les données abstraites par lots.

6. Lors de la phase de sélection initiale, ne lisez que les métadonnées et le résumé ; ne commencez pas par lire le texte intégral.

────────────────

2.2 Deuxième phase : Examen complet des documents PMC/BioC

Le texte intégral ne sera inclus que dans les cas suivants :

• Les utilisateurs demandent à lire attentivement le texte intégral.

• Le résumé est insuffisant pour déterminer le mécanisme.

• Nécessite des graphiques, des méthodes expérimentales, des concentrations, des dosages, IC50, EC50, Kd et Ki.

• Un petit nombre de PMID clés ont été identifiés et nécessitent un examen au cas par cas.

2.2.1 PMID vers PMCID

interface:

```text

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

Si le PMCID est renvoyé, cela signifie que le PMC peut avoir un accès au texte intégral.

2.2.2 Prioriser le JSON BioC

interface:

```text

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

Avantages : Très structuré, convient à l'extraction des principaux paragraphes du texte.

2.2.3 Essayez PMC XML lorsque BioC n'est pas disponible

interface:

```text

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

Ignorer lors de l'extraction du texte principal :

• références

• bibliographie

• Remerciements

• Contributions des auteurs

• intérêts concurrents

L'examen du texte intégral doit inclure un critère d'arrêt :

• Chaque document n'est scanné qu'une seule fois.

• Par défaut, seuls les paragraphes relatifs à la question sont extraits.

• Si le champ cible ne correspond pas, indiquez « Aucune preuve directe trouvée ».

• Évitez de récupérer des mots-clés de manière répétée.

────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

Utilisé pour compléter les prépublications les plus récentes.

Vous pouvez utiliser l'API officielle :

```text

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

```

Vous pouvez également utiliser une recherche classique en complément :

```text

site:biorxiv.org apoptose des organoïdes rétiniens

site:medrxiv.org dégénérescence des organoïdes rétiniens

```

Les prépublications doivent être étiquetées :

```text

Il s'agit d'une prépublication qui n'a pas encore été évaluée par des pairs.

```

────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

Utilisé pour compléter le DOI, l'adresse d'accès au texte intégral et les informations de publication.

Crossref :

```text

https://api.crossref.org/works?query.title=<title>

```

OpenAlex :

```text

https://api.openalex.org/works?search=

```

Dépaywall :

```text

https://api.unpaywall.org/v2/?email=

```

utiliser:

• Achèvement du DOI.

• Recherche de liens PDF OA.

• Vérification du nom du journal.

• Vérification de l'année de publication.

────────────────

2.5 Page de l'éditeur

N'accédez à la page de l'éditeur que lorsque les informations de l'API sont insuffisantes.

Règles d'accès :

• Chaque URL d'éditeur ne sera testée qu'une seule fois.

• Si vous rencontrez des CAPTCHA, des barrières de connexion, des messages Cloudflare, d'accès refusé ou des barrières d'accès institutionnelles, arrêtez immédiatement.

• Évitez d’actualiser sans cesse, de changer de chemin d’accès au sein du même site ou de rester bloqué dans une boucle.

• Utilisez les métadonnées PubMed, PMC, Crossref, OpenAlex, Unpaywall et DOI comme solution de repli.

3. Comment organiser les informations après leur récupération

3.1 Établir une structure d'enregistrement unifiée

Chaque document est compilé dans un enregistrement unifié.

Champs :

```text

PMID

doi

pmcid

titre

auteurs

journal

abréviation du journal

ISSN

eissn

année

abstrait

source de requête

niveau de preuve

balises de preuve

type_de_papier

URL

```

3.2 Déduplication

Priorité:

1. Déduplication PMID.

2. Utilisez le DOI pour supprimer les doublons si le PMID n'est pas disponible.

3. S'il n'y a pas de DOI, utilisez lower(title) + année + premier_auteur pour supprimer les doublons.

Conservez la source de requête qui a été utilisée la première fois et enregistrez les requêtes qui ont accédé au document.

3.3 Classification des preuves

Il est nécessaire de distinguer :

Preuve directe :

L’espèce cible, le tissu, le type cellulaire, le modèle et les conditions de traitement sont parfaitement alignés.

Preuves indirectes :

Les systèmes adjacents, les modèles similaires et les mécanismes similaires sont pris en charge, mais il ne s'agit pas de systèmes destinés directement à résoudre les problèmes des utilisateurs.

Aucune preuve directe n'a été trouvée :

On ne trouve que des informations générales, des spéculations, des analyses ou des modèles connexes ; il n'existe aucun résultat expérimental direct.

3.4 Étiquetage des types de documents

Il convient au moins de noter les points suivants :

• recherche originale

• revoir

• protocole

• prépublication

• ensemble de données/ressource

• étude clinique

• document de méthodologie

3.5 Règles de tri

Tri recommandé :

1. Recherche originale avec preuves directes.

2. Recherche sur les mécanismes clés.

3. Dernières recherches importantes.

4. Études fondamentales classiques.

5. Avis de haute qualité.

6. Preuve indirecte.

Ne triez pas uniquement selon le facteur d'impact. Le facteur d'impact est un indicateur au niveau de la revue et ne reflète pas la qualité d'un article individuel.

4. Comment organiser les citations dans une réponse

4.1 Format de citation du texte

Toutes les citations textuelles doivent être cliquables.

Format:

```markdown

[[1. **Journal**, Année]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

```

Exemple:

```markdown

Des études antérieures ont observé un stress et une dégénérescence des photorécepteurs liés au stade de développement dans les organoïdes rétiniens humains [[1. **Cell Stem Cell**, 2019]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/xxxxxxx/).

```

Ne l'écrivez pas comme ceci :

```text

[1]

(PMID : xxxxx)

Voir la référence 1

```

4.2 Structure de réponse recommandée

Premier paragraphe : Conclusion directe.

```text

Conclusion : Des rapports pertinents ont été publiés, mais les preuves directes portent principalement sur… ; les preuves directes concernant… font encore défaut.

```

Deuxième paragraphe : Classification des preuves.

```text

Preuve directe :

- Référence A : ...

Preuves indirectes :

- Référence B : ...

Aucune preuve directe n'a été trouvée :

- Non trouvé lors de cette session...

```

Troisième paragraphe : Résumé du mécanisme.

Regrouper par sujet, par exemple :

• voie d'apoptose/caspase

• stress oxydatif

• dysfonctionnement mitochondrial

• Stress des ER

• hypoxie/stress métabolique

• inflammation

• inadéquation du développement

Quatrième paragraphe : Lacune en matière de recherche.

Indiquez clairement les points qui manquent de preuves directes.

Cinquième paragraphe : Inspiration tirée de l'expérience.

Si l'utilisateur a besoin d'un plan expérimental, veuillez fournir le marqueur, le dosage, le point temporel et le contrôle.

5. Liste complète des références à la fin de l'article

Si une référence spécifique est citée dans le texte, une liste complète doit être jointe à la fin de l'article.

Format:

```markdown

## Liste complète des informations de référence

1. Smith J et al., **Nom du journal** (2021), [PMID : 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝X，Qn}*

2. Wang X et al., **Nom de la revue** (2022), [DOI : 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=À vérifier}*

```

Format de l'auteur :

• 1 à 3 auteurs : Veuillez tous les énumérer.

• Plus de 3 auteurs : Premier auteur et al.

Le PMID / DOI / URL doit être cliquable.

6. Vérification et étiquetage du FI

6.1 Tout d’abord, expliquons les limites pratiques des contrôles IF.

Normalement, le facteur d'impact officiel d'une revue est fourni par Clarivate Journal Citation Reports (JCR). Cependant, les organismes externes ne disposent généralement pas de compte Clarivate/JCR ni d'une table JCR locale ; il est donc déconseillé de le vérifier par cette voie.

```

6.2 Méthodes pratiques d'utilisation des compétences en intelligence artificielle

Route principale :

1. Si l'entrée est un PMID, utilisez d'abord les utilitaires électroniques du NCBI pour obtenir les métadonnées PubMed.

- Récupérer le nom complet de la revue. - Récupérer la source/l'abréviation ISO. - Récupérer l'ISSN/eISSN. - Récupérer les champs auxiliaires tels que le titre, l'année et le DOI.

2. Utilisez l'interface mobile JSON iikx/iscience, accessible au public, pour interroger les revues.

API de recherche :

```text

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=

```

API de détails :

```text

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=

```

3. Effectuer une correspondance prudente sur les résultats de la recherche.

- Priorise les correspondances exactes avec les titres normalisés des revues. - Priorise ensuite les correspondances exactes avec les abréviations. - Fait preuve d'une grande prudence avec les termes courts et généraux. - N'accepte pas les erreurs manifestes de correspondance avec des sous-chaînes, comme la confusion entre « Nature » ​​et la série « Nature Reviews ». - Renvoie des résultats ambigus ou introuvables si la correspondance est instable, plutôt que de tenter une estimation.

4. Si PubMed fournit une abréviation, essayez de la développer en nom complet ou en titre alternatif à l'aide du catalogue NLM.

L'interface de recherche du catalogue NLM reste NCBI E-utilities :

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=[Abréviation du titre]&retmode=xml&retmax=1

```

Utilisez ensuite ESummary pour obtenir le titre / le titre alternatif.

5. Lisez les résultats détaillés de iikx :

- Facteur d'impact. - Année IF. - Quartile JCR. - Quartile CAS/CAS, le cas échéant. - URL source. - Niveau de confiance de la correspondance.

6. N’incluez pas l’année IF dans le texte principal lors de l’annotation ; utilisez des annotations concises.

La dernière annotation devrait simplement indiquer :

```text

*{SI＝X，Qn}*

```

En cas d'échec :

```text

*{IF=Vérification en attente}*

```

ou:

```text

*{IF=Non détecté}*

```

6.3 Étapes spécifiques

Effectuez la procédure suivante pour chaque document.

Étape 1 : Préparer le nom de la recherche dans la revue.

Prioriser la récupération des métadonnées PubMed :

```text

Nom complet du journal

Abréviation ISO / Source

ISSN

eISSN

```

Si seul un DOI est disponible, utilisez d'abord Crossref ou OpenAlex pour obtenir le nom de la revue.

Crossref :

```text

https://api.crossref.org/works/

```

OpenAlex :

```text

https://api.openalex.org/works/https://doi.org/

```

Étape 2 : Normaliser les noms des revues.

Règles de normalisation :

• Tout en minuscules.

• Décompression HTML.

• Remplacez & par et.

• Supprimez la ponctuation.

• Combiner plusieurs espaces.

• Pour faire des comparaisons, vous pouvez également utiliser la forme compacte, qui supprime tous les espaces.

Exemple de pseudocode :

Python

importer re, html

def norm(s) :

s = html.unescape(s ou '').lower()

s = re.sub(r'&', ' et ', s)

s = re.sub(r'[^a-z0-9]+', ' ', s)

retourner re.sub(r'\s+', ' ', s).strip()

def compact(s) :

retourner norm(s).replace(' ', '')

```

Étape 3 : Interroger l'interface de recherche iikx.

```text

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=

```

Il est recommandé de définir un User-Agent, par exemple :

```text

Mozilla/5.0

```

Si aucune correspondance exacte n'est trouvée sur la première page, vous pouvez feuilleter un nombre limité de pages, par exemple, jusqu'à 8 pages.

Les paramètres de changement de page sont généralement les suivants :

```text

page=2

page=3

```

Étape 4 : Sélectionner les candidats parmi les résultats de la recherche.

Les domaines candidats comprennent généralement :

```text

identifiant

classifié

titre

petit titre

SI ou SI2024

zky2020

URL

```

Règles de correspondance :

• Si compact(query) == compact(candidate.title), accepter.

• Si norm(query) == norm(candidate.title), accepter.

• Si compact(query) == compact(candidate.smalltitle), accepter.

• Si norm(query) == norm(candidate.smalltitle), accepter.

• N’acceptez pas une sous-chaîne à moins que la requête ne soit suffisamment longue et non ambiguë.

• Soyez particulièrement prudent avec les mots courts tels que Nature, Science, Cellule, Cerveau, Vision et Rétine.

Étape 5 : Si aucune correspondance n’est trouvée, utilisez l’abréviation étendue du catalogue NLM.

Par exemple, dans PubMed, la source est :

```text

Biol Médicament des radicaux libres

```

Vous pouvez vérifier :

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=Free%20Radic%20Biol%20Med%5BTitle%20Abbreviation%5D&retmode=xml&retmax=1

```

Après avoir obtenu l'identifiant du catalogue NLM, utilisez-le comme suit :

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=nlmcatalog&id=&retmode=xml

```

Lire:

```text

Titre

Titre alternatif

```

Utilisez ensuite ces noms complets pour rechercher iikx.

Étape 6 : Vérifiez l'interface des détails iikx.

Si les résultats de la recherche contiennent :

```text

id=

classid=

```

Appel:

```text

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=

```

Lire les détails :

```text

IF2024, IF2023, IF2022…

SI

zky2020 ou autres champs de quartile JCR

jcr22 / jcr12 ou champ de partition

ISSN

eissn

titre

petit titre

catégorie

```

Étape 7 : Sélectionnez la dernière instruction IF.

Recherchez dans les champs renvoyés toutes les occurrences du formulaire :

```text

IF20xx

```

Par exemple:

```text

IF2024

IF2023

IF2022

```

Choisissez l'année avec le plus grand chiffre significatif.

Si IF20xx est absent, essayez de lire :

```text

SI

valeur_si

```

Si aucune valeur valide n'est trouvée, elle est marquée comme non détectée.

Étape 8 : Afficher le niveau de confiance et l'étiquette.

Si le titre/l'abréviation correspond exactement et que les détails renvoient un IF valide :

```text

*{SI＝X，Qn}*

```

Si le match est incertain :

```text

*{IF=Vérification en attente}*

```

Si l'API publique ne renvoie aucun résultat :

```text

*{IF=Non détecté}*

```

6.4 Format d'annotation IF

Format fixe :

```text

*{SI＝X，Qn}*

```

Exemple:

```markdown

Smith J et al., **Neuron** (2020), [PMID : 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF = 15,0, Q1}*

```

Avis:

• L’année JCR n’est pas inscrite dans l’annotation IF.

• N’écrivez pas « 2024 JCR IF ».

• N’écrivez pas « JCR 2024 ».

• Seule l'année de publication est conservée.

• Si la valeur IF est 0,0, nulle, a une source instable ou une correspondance instable, le nombre ne sera pas affiché.

6.5 Gestion standard des échecs de vérification IF

Ne devinez pas.

N’utilisez pas le nom de la revue pour renseigner les numéros.

N’utilisez pas de grands modèles pour mémoriser et remplir des instructions IF.

Seuls trois états sont autorisés en cas d'échec :

```text

*{IF=Vérification en attente}*

```

Utilisé pour :

• Les résultats de la recherche sont vagues.

Il existe plusieurs revues similaires.

• Seule l'abréviation a été trouvée, mais le nom complet n'a pas pu être confirmé.

• Le facteur d'impact (FI) fourni par les sources publiques est discutable.

```text

*{IF=Non détecté}*

```

Utilisé pour :

• L'interface publique n'a renvoyé aucun résultat.

• La revue n'est pas indexée dans SCI/JCR.

• Ce nouveau numéro n'a pas encore de condition suspensive.

```text

*{IF=Non vérifiable publiquement}*

```

Utilisé pour :

• L’utilisateur a besoin d’un JCR officiel, mais l’agent actuel ne dispose pas des autorisations Clarivate/JCR.

7. Liste d'auto-vérification finale

À vérifier avant l'expédition :

• Faut-il répondre d'abord aux questions essentielles de l'utilisateur ?

• Faut-il faire une distinction entre preuves directes, preuves indirectes et absence de preuves directes ?

• Toutes les citations textuelles sont-elles cliquables ?

• L’article comporte-t-il une liste complète des références à la fin ?

• Chaque document comporte-t-il une étiquette IF (Entrée/Sortie) ou une étiquette indiquant une vérification en attente/non détectée ?

• Si le PMID/DOI/URL est cliquable.

• Permet-elle d'éviter de substituer des résultats globaux sur les tissus à des conclusions concernant des types cellulaires spécifiques ?

• Cela permet-il d'éviter de substituer l'activation/phosphorylation à une augmentation de l'expression totale ?

• Faut-il indiquer qu'il s'agit d'une prépublication ?

• Spécifie-t-il les limites de la recherche ?

• SI ce n'était pas basé sur la mémoire ou la conjecture.

8. Pseudocode reproductible

Python

requêtes = construire_requêtes(question_utilisateur)

tous_pmids = []

pour la requête dans les requêtes :

pmids = ncbi_esearch(query, retmax=20, sort='relevance')

all_pmids.extend(pmids)

pmids = deduplicate_keep_order(all_pmids)

métadonnées = ncbi_esummary(pmids)

résumés = ncbi_efetch_abstract(pmids)

enregistrements = fusionner_métadonnées_et_résumés(métadonnées, résumés)

enregistrements = étiquette_preuve(enregistrements, question_utilisateur)

enregistrements = rang_enregistrements(enregistrements)

sélectionné = sélectionner_meilleurs_enregistrements(enregistrements)

si besoin_texte_complet :

pour chaque enregistrement dans selected_key_records :

pmcid = idconv_pmid_to_pmcid(record.pmid)

si pmcid :

enregistrement.fulltext = fetch_bioc_or_pmc_xml(pmcid)

Pour enregistrer dans la sélection :

journal_query = record.full_journal_name ou record.journal_abbrev

si_résultat = lookup_if_public_iikx(requête_journal)

si_résultat.confiant :

record.if_annotation = f'*{IF＝{if_result.if_value}，{if_result.quartile}｝*'

elif if_result.ambiguous:

record.if_annotation = '*{IF＝Vérification en attente}*'

autre:

record.if_annotation = '*{IF＝Non détecté}*'

réponse = composer_réponse(

conclusion

groupes de preuves,

citations cliquables_corps,

liste_de_référence_complète_avec_si

)

```

9. Modèle de livraison finale recommandé

```markdown

en conclusion:

...

Niveau de preuve :

Preuve directe :

- ……[[1. **Journal**, Année]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Preuves indirectes :

- …[[2. **Journal**, Année]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Aucune preuve directe n'a été trouvée :

- ……

Résumé du mécanisme :

1. ……

2. ……

Limites de recherche :

Cette première phase de recherche a principalement porté sur PubMed, PMC, BioC et bioRxiv ; la sélection initiale s’est basée sur les métadonnées et les résumés, seuls les documents clés ayant fait l’objet d’une vérification du texte intégral. Les annotations d’impact ont été établies à partir de sources publiques ; les documents pour lesquels une correspondance avec certitude était impossible ont été marqués comme étant en attente de vérification ou non détectés.

Liste complète des informations bibliographiques :

1. Smith J et al., **Nom du journal** (2021), [PMID : 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝X，Q1}*

2. Wang X et al., **Nom de la revue** (2022), [DOI : 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=À vérifier}*

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