Recherche approfondie et fiable en bio/médecine
Scénarios d'application : Effectuer une recherche bibliographique complète en biologie/biomédecine et fournir aux utilisateurs des résultats détaillés et fiables. 1. Après le lancement d'une recherche par l'utilisateur, le système analyse la question et les mots-clés. 2. Rechercher des publications à partir de sources de données publiques et reproductibles. 3. Dédupliquer, stratifier, classer et trier les résultats de recherche. 4. Intégrer des citations cliquables dans la réponse. 5. Lister les informations bibliographiques complètes à la fin du document et indiquer le facteur d'impact (FI) avec les liens de recherche publics ; si une vérification avec un haut degré de confiance est impossible, la publication doit être marquée comme « à vérifier » ou « non détectée ».
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Cette compétence constitue un guide fiable pour la recherche biomédicale, garantissant des informations de recherche très précises et vérifiables grâce à des recherches structurées, un examen de la littérature en plusieurs étapes et des vérifications rigoureuses du facteur d'impact (FI).
Instructions
Ce processus repose sur trois piliers : premièrement, l’utilisation de plusieurs requêtes pour effectuer un premier tri reproductible dans les utilitaires électroniques PubMed/NCBI ; deuxièmement, l’utilisation de PMID pour la déduplication et l’évaluation des preuves dans les résumés ; seul un petit nombre de documents clés sont soumis à l’examen du texte intégral dans PMC/BioC ; les citations dans le texte doivent être cliquables ; les informations bibliographiques complètes doivent figurer à la fin de l’article ; le facteur d’impact (FI) ne peut être vérifié qu’avec prudence à partir de sources accessibles au public et ne peut être présumé présent dans le JCR ou les bases de données locales, ni être deviné, et les correspondances de faible confiance ne peuvent être considérées comme des résultats définitifs.
1. Prétraitement après qu'un utilisateur a initié une recherche
1.1 Tout d'abord, analysez la question de l'utilisateur.
Après réception de la question d'un utilisateur, celle-ci, formulée en langage naturel, est d'abord décomposée en éléments structurés.
Doit être identifié :
• Sujets de recherche : gènes, protéines, médicaments, canaux, types cellulaires, tissus, maladies et modèles.
• Systèmes biologiques : humains, souris, rats, poissons-zèbres, organoïdes, rétine, régions du cerveau, lignées cellulaires, etc.
• Types de relations : expression, régulation, fonction, mécanisme, phénotype, mort, survie, traitement, toxicité, développement, dégénérescence, etc.
• Exigences en matière de preuves : Sont-elles requises des preuves directes, des preuves mécanistiques, des preuves en texte intégral, des graphiques, des paramètres de dosage et des méthodes expérimentales ?
• Période : illimitée, les 5 dernières années, la dernière année, les développements les plus récents et la littérature classique.
• Types de résultats : réponse courte, littérature représentative, résumé de l’analyse, suggestions de conception expérimentale, tableau des preuves, schéma du mécanisme.
Exemple:
Problème utilisateur :
« Veuillez m'aider à trouver de la documentation relative à la mort des organoïdes rétiniens. »
Décomposition structurée (exemple) :
• Modèles de base : organoïde rétinien, organoïde de rétine, organoïde rétinien dérivé de hPSC, organoïde de la cupule optique.
• Phénotype : mort cellulaire, apoptose, dégénérescence, perte de survie, stress, nécrose.
• Cellules apparentées : photorécepteur, cône, bâtonnet, cellule ganglionnaire rétinienne, glie de Müller.
• Mécanismes potentiels : stress oxydatif, stress du réticulum endoplasmique, dysfonctionnement mitochondrial, hypoxie, inflammation, ferroptose, nécroptose.
• Objectifs de recherche de preuves : Prioriser les études originales qui observent directement la mort cellulaire/l'apoptose/la dégénérescence dans les organoïdes rétiniens humains ou animaux ; puis rechercher des publications sur les mécanismes indirects.
1.2 Principes de segmentation par mots clés (Exemple)
Ne vous contentez pas d'une seule requête de recherche. Préparez au moins trois catégories de termes pour chaque concept.
Catégorie 1 : Mots précis.
• organoïde rétinien
• organoïde rétinien
• organoïde rétinien humain
• Organoïde rétinien dérivé de hPSC
• Organoïde rétinien dérivé de cellules iPSC
La deuxième catégorie : les synonymes et les hyperonymes.
• organoïde de la cupule optique
• Culture rétinienne 3D
• rétine dérivée de cellules souches
• Différenciation rétinienne
• Modèle de tissu rétinien
La troisième catégorie : termes liés au mécanisme et au phénotype.
• apoptose
• mort cellulaire
• dégénérescence
• survie
• stresser
• stress oxydatif
• Stress des ER
• dysfonctionnement mitochondrial
• hypoxie
• nécroptose
• ferroptose
Si l'utilisateur spécifie le type de cellule, ajoutez :
• photorécepteur
• cône
• tige
• cellule ganglionnaire rétinienne
• Müller glia
• cellule bipolaire
• cellule amacrine
Si l'utilisateur précise l'espèce ou l'origine, ajoutez :
• humain
• souris
• rat
• poisson-zèbre
• cellules souches embryonnaires humaines
• iPSC
• cellules souches pluripotentes
1.3 Génération de requêtes de recherche hiérarchiques
Générez au moins 3 à 6 requêtes. Chaque requête correspond à un objectif de recherche.
Première étape : Collecte directe des preuves.
Utilisé pour trouver la littérature qui correspond directement au modèle et au phénotype cibles.
```text
("organoïde rétinien" OU "organoïde de la rétine" OU "organoïde rétinien humain") ET (apoptose OU "mort cellulaire" OU dégénérescence)
```
Deuxième couche : Récupération de modèle étendue.
Utilisé pour recenser les publications où l'auteur n'utilise pas le terme précis « organoïde rétinien », mais où celui-ci est en réalité pertinent.
```text
(« organoïde de la coupe optique » OU « culture rétinienne 3D » OU « rétine dérivée de cellules souches ») ET (survie OU apoptose OU stress)
```
Troisième niveau : Recherche spécifique au mécanisme.
Utilisé pour vérifier des voies ou des mécanismes spécifiques.
```text
(« organoïde rétinien » OU « organoïde de la rétine ») ET (« stress oxydatif » OU « stress du RE » OU hypoxie OU mitochondries)
```
Quatrième niveau : Recherche spécifique au type cellulaire.
```text
(« organoïde rétinien » OU « organoïde de la rétine ») ET (photorécepteur OU cône OU bâtonnet OU « cellule ganglionnaire rétinienne ») ET (mort OU apoptose OU dégénérescence)
```
Cinquième niveau : Récupération du modèle de maladie.
```text
(« organoïde rétinien » OU « organoïde de la rétine ») ET (maladie OU dégénérescence OU dystrophie OU rétinite OU glaucome)
```
Sixième niveau : Examen/Recherche de renseignements.
```text
("organoïde rétinien" OU "organoïde de la rétine") ET (revue OU protocole OU modèle)
```
Investigación
2. Quelles méthodes et quels sites web ont été utilisés pour la recherche ?
2.1 Préférence : PubMed / NCBI E-utilities
PubMed est l'outil privilégié pour la recherche de littérature biomédicale. Évitez d'utiliser systématiquement l'extraction de données des pages PubMed. Privilégiez plutôt l'API NCBI E-utilities.
2.1.1 ESearch : Récupération du PMID à l’aide d’une requête
interface:
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi
```
paramètre:
```text
db=publié
terme=
retmode=json
retmax=20
trier=pertinence
```
Vous pouvez également trier par date :
```text
trier=publication+date
```
Exemple:
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance
```
Lisez le texte de retour :
```text
esearchresult.idlist
```
Voici la liste des PMID.
2.1.2 ESummary : Obtention des métadonnées de la littérature
interface:
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi
```
paramètre:
```text
db=publié
id=PMID1,PMID2,PMID3
retmode=json
```
Champs extraits :
• PMID
• titre
• nom complet du journal
• abréviation de la source/de la revue
• date de publication
• auteurs
• DOI et PMCID dans les identifiants d'article
• volume, numéro, pages
2.1.3 EFetch : Récupération du résumé et des détails XML
interface:
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi
```
paramètre:
```text
db=publié
id=PMID1,PMID2
retmode=xml
rettype=abstrait
```
Champs extraits :
• Titre de l'article
• Texte abstrait
• Titre de la revue
• Abréviation ISO
• ISSN / eISSN
• Date de publication
• DOI
• PMCID
• Termes MeSH
2.1.4 Stratégie de récupération par lots
Processus recommandé :
1. Appelez ESearch pour chaque requête.
2. Pour chaque requête, sélectionnez les 5 à 20 premiers résultats.
3. Fusionner tous les PMID.
4. Utilisez PMID pour supprimer les doublons.
5. Utilisez ESummary / EFetch pour récupérer les métadonnées et les données abstraites par lots.
6. Lors de la phase de sélection initiale, ne lisez que les métadonnées et le résumé ; ne commencez pas par lire le texte intégral.
────────────────
2.2 Deuxième phase : Examen complet des documents PMC/BioC
Le texte intégral ne sera inclus que dans les cas suivants :
• Les utilisateurs demandent à lire attentivement le texte intégral.
• Le résumé est insuffisant pour déterminer le mécanisme.
• Nécessite des graphiques, des méthodes expérimentales, des concentrations, des dosages, IC50, EC50, Kd et Ki.
• Un petit nombre de PMID clés ont été identifiés et nécessitent un examen au cas par cas.
2.2.1 PMID vers PMCID
interface:
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=
```
Si le PMCID est renvoyé, cela signifie que le PMC peut avoir un accès au texte intégral.
2.2.2 Prioriser le JSON BioC
interface:
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json/
```
Avantages : Très structuré, convient à l'extraction des principaux paragraphes du texte.
2.2.3 Essayez PMC XML lorsque BioC n'est pas disponible
interface:
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/
```
Ignorer lors de l'extraction du texte principal :
• références
• bibliographie
• Remerciements
• Contributions des auteurs
• intérêts concurrents
L'examen du texte intégral doit inclure un critère d'arrêt :
• Chaque document n'est scanné qu'une seule fois.
• Par défaut, seuls les paragraphes relatifs à la question sont extraits.
• Si le champ cible ne correspond pas, indiquez « Aucune preuve directe trouvée ».
• Évitez de récupérer des mots-clés de manière répétée.
────────────────
2.3 bioRxiv / medRxiv
Utilisé pour compléter les prépublications les plus récentes.
Vous pouvez utiliser l'API officielle :
```text
https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
```
Vous pouvez également utiliser une recherche classique en complément :
```text
site:biorxiv.org apoptose des organoïdes rétiniens
site:medrxiv.org dégénérescence des organoïdes rétiniens
```
Les prépublications doivent être étiquetées :
```text
Il s'agit d'une prépublication qui n'a pas encore été évaluée par des pairs.
```
────────────────
2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall
Utilisé pour compléter le DOI, l'adresse d'accès au texte intégral et les informations de publication.
Crossref :
```text
https://api.crossref.org/works?query.title=