Il fulcro di questo processo è: in primo luogo, utilizzare query multiple per eseguire uno screening iniziale riproducibile in PubMed/NCBI E-utilities, quindi utilizzare PMID per la deduplicazione e la valutazione delle prove degli abstract; solo un piccolo numero di documenti chiave entra nella revisione del testo completo di PMC/BioC; le citazioni nel testo devono essere cliccabili; le informazioni bibliografiche complete devono essere elencate alla fine dell'articolo; l'Impact Factor può essere verificato solo in modo conservativo attraverso fonti accessibili al pubblico e non si può presumere che abbia JCR o database locali, non può essere ipotizzato e le corrispondenze a bassa affidabilità non possono essere considerate risultati definitivi.

1. Pre-elaborazione successiva all'avvio di una ricerca da parte dell'utente

1.1 Innanzitutto, analizza la domanda dell'utente.

Dopo aver ricevuto la domanda dell'utente, la domanda in linguaggio naturale viene innanzitutto scomposta in elementi strutturati.

Deve essere identificato:

• Argomenti di ricerca: geni, proteine, farmaci, canali ionici, tipi cellulari, tessuti, malattie e modelli.

• Sistemi biologici: esseri umani, topi, ratti, pesci zebra, organoidi, retina, regioni cerebrali, linee cellulari, ecc.

• Tipi di relazioni: espressione, regolazione, funzione, meccanismo, fenotipo, morte, sopravvivenza, trattamento, tossicità, sviluppo, degenerazione, ecc.

• Requisiti delle prove: se sono necessarie prove dirette, prove meccanicistiche, prove a testo completo, grafici, parametri di dosaggio e metodi sperimentali.

• Intervallo temporale: tempo illimitato, gli ultimi 5 anni, l'ultimo anno, gli ultimi sviluppi e la letteratura classica.

• Tipologie di output: risposta breve, letteratura rappresentativa, riassunto della revisione, suggerimenti per la progettazione sperimentale, tabella delle evidenze, diagramma del meccanismo.

Esempio:

Problema riscontrato dall'utente:

"Vi prego di aiutarmi a trovare della letteratura scientifica relativa alla morte degli organoidi retinici."

Decomposizione strutturata (esempio):

• Modelli principali: organoide retinico, organoide della retina, organoide retinico derivato da hPSC, organoide della coppa ottica.

• Fenotipo: morte cellulare, apoptosi, degenerazione, perdita di sopravvivenza, stress, necrosi.

• Cellule correlate: fotorecettore, cono, bastoncello, cellula gangliare della retina, glia di Müller.

• Possibili meccanismi: stress ossidativo, stress del reticolo endoplasmatico, disfunzione mitocondriale, ipossia, infiammazione, ferroptosi, necroptosi.

• Obiettivi di ricerca: dare priorità agli studi originali che osservano direttamente la morte cellulare/apoptosi/degenerazione negli organoidi retinici umani o animali; quindi cercare la letteratura sui meccanismi indiretti.

1.2 Principi di segmentazione per parole chiave (Esempio)

Non limitarti a scrivere una sola query di ricerca. Prepara almeno tre categorie di termini per ogni concetto.

Categoria 1: Parole precise.

• organoide retinico

• organoide retinico

• organoide retinico umano

• Organoide retinico derivato da hPSC

• Organoide retinico derivato da iPSC

La seconda categoria: sinonimi e iperonimi.

• organoide della coppa ottica

• Coltura retinica 3D

• retina derivata da cellule staminali

• differenziazione retinica

• modello di tessuto retinico

La terza categoria: meccanismi e termini fenotipici.

• apoptosi

• morte cellulare

• degenerazione

• sopravvivenza

• stress

• stress ossidativo

• Stress del reticolo endoplasmatico

• disfunzione mitocondriale

• ipossia

• necroptosi

• ferroptosi

Se l'utente specifica il tipo di cella, aggiungi:

• fotorecettore

• cono

• asta

• cellula gangliare retinica

• Glia di Müller

• cellula bipolare

• cellula amacrina

Se l'utente specifica la specie o l'origine, aggiungere:

• umano

• topo

• ratto

• pesce zebra

• hESC

• cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC)

• cellula staminale pluripotente

1.3 Generazione di query di ricerca gerarchiche

Genera almeno 3-6 query. Ogni query corrisponde a un obiettivo di ricerca.

Primo livello: Recupero diretto delle prove.

Utilizzato per trovare la letteratura che corrisponde direttamente al modello e al fenotipo di riferimento.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico" O "organoide retinico umano") E (apoptosi O "morte cellulare" O degenerazione)

```

Secondo livello: Recupero esteso del modello.

Utilizzato per indicare la letteratura in cui l'autore non usa il termine preciso "organoide retinico", ma che è comunque pertinente.

```testo

("organoide della coppa ottica" OPPURE "coltura retinica 3D" OPPURE "retina derivata da cellule staminali") E (sopravvivenza OPPURE apoptosi OPPURE stress)

```

Terzo livello: ricerca specifica del meccanismo.

Utilizzato per verificare percorsi o meccanismi specifici.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico") E ("stress ossidativo" O "stress del reticolo endoplasmatico" O ipossia O mitocondri)

```

Quarto livello: ricerca specifica per tipo di cellula.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico") E (fotorecettore O cono O bastoncello O "cellula gangliare retinica") E (morte O apoptosi O degenerazione)

```

Quinto livello: recupero del modello di malattia.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico") E (malattia O degenerazione O distrofia O retinite O glaucoma)

```

Sesto livello: Revisione/ricerca preliminare.

```testo

("organoide retinico" O "organoide retinico") E (revisione O protocollo O modello)

```

2. Quali metodi e siti web sono stati utilizzati per la ricerca?

2.1 Preferito: PubMed / Servizi elettronici NCBI

PubMed è lo strumento preferito per la ricerca nella letteratura biomedica. Non affidatevi esclusivamente allo scraping delle pagine di PubMed. Utilizzate invece l'API NCBI E-utilities.

2.1.1 ESearch: Recupero del PMID tramite una query

interfaccia:

```testo

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

parametro:

```testo

database=pubmed

termine=

retmode=json

retmax=20

ordinamento=pertinenza

```

È possibile ordinare anche per periodo di tempo:

```testo

sort=pub+date

```

Esempio:

```testo

Italiano: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

Leggi il resoconto:

```testo

esearchresult.idlist

```

Questo è l'elenco PMID.

2.1.2 Riepilogo: Acquisizione dei metadati della letteratura

interfaccia:

```testo

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

parametro:

```testo

database=pubmed

id=PMID1,PMID2,PMID3

retmode=json

```

Campi estratti:

• PMID

• titolo

• nome completo della rivista

• abbreviazione della fonte/rivista

• data di pubblicazione

• autori

• DOI e PMCID negli articoli

• volume, numero, pagine

2.1.3 EFetch: Recupero del riepilogo e dei dettagli XML

interfaccia:

```testo

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

parametro:

```testo

database=pubmed

id=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=abstract

```

Campi estratti:

• Titolo dell'articolo

• Testo astratto

• Titolo della rivista

• Abbreviazione ISO

• ISSN / eISSN

• Data di pubblicazione

• DOI

• PMCID

• Termini MeSH

2.1.4 Strategia di recupero batch

Procedura consigliata:

1. Richiamare ESearch per ogni query.

2. Per ogni query, seleziona i primi 5-20 risultati.

3. Unire tutti i PMID.

4. Utilizzare PMID per rimuovere i duplicati.

5. Utilizzare ESummary/EFetch per recuperare metadati e dati astratti in batch.

6. Nella fase di screening iniziale, leggere solo i metadati e l'abstract; non iniziare leggendo il testo completo.

────────────────

2.2 Seconda fase: revisione completa dei documenti PMC/BioC

Il testo completo verrà incluso solo nei seguenti casi:

• Gli utenti chiedono di leggere attentamente il testo completo.

• L'abstract non è sufficiente a determinare il meccanismo.

• Richiede grafici, metodi sperimentali, concentrazioni, dosaggi, IC50, EC50, Kd e Ki.

• È stato identificato un piccolo numero di PMID chiave che richiedono una revisione caso per caso.

2.2.1 Da PMID a PMCID

interfaccia:

```testo

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

Se viene restituito PMCID, significa che PMC potrebbe avere accesso al testo completo.

2.2.2 Assegnare priorità ai file JSON di BioC

interfaccia:

```testo

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

Vantaggi: Altamente strutturato, adatto all'estrazione dei paragrafi principali del testo.

2.2.3 Prova PMC XML quando BioC non è disponibile

interfaccia:

```testo

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

Salta durante l'estrazione del testo principale:

• riferimenti

• bibliografia

• Ringraziamenti

• contributi dell'autore

• interessi concorrenti

La revisione del testo completo deve includere un criterio di arresto:

• Ogni documento viene scansionato una sola volta.

• Per impostazione predefinita, vengono estratti solo i paragrafi relativi alla domanda.

• Se il campo di destinazione non corrisponde, contrassegnarlo come "Nessuna prova diretta trovata".

• Evitare di estrarre ripetutamente le parole chiave.

────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

Utilizzato per integrare le ultime versioni preliminari.

È possibile utilizzare l'API ufficiale:

```testo

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

```

È possibile utilizzare anche una ricerca standard come complemento:

```testo

sito:biorxiv.org apoptosi degli organoidi retinici

sito:medrxiv.org degenerazione organoide della retina

```

I preprint devono essere etichettati:

```testo

Si tratta di una versione preliminare e non è stata sottoposta a revisione paritaria.

```

────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

Utilizzato per completare il DOI, l'indirizzo per aprire il testo completo e le informazioni sulla pubblicazione.

Crossref:

```testo

https://api.crossref.org/works?query.title=