On gün önce Anthropic'ten bir e-posta aldım. Projem, 30.000 dolarlık Claude kredisiyle birlikte AI for Science programlarına kabul edildi. Bu projeye destek veren programdaki herkese teşekkür ederim 🫶
Proje benim kendi tümörüm 🥹
35 yaşındayım ve evre 4 meme kanseriyim. Bir yazılım mühendisiyim ve Mart ayından bu yana kanserimi anlamak için araçlar geliştiriyorum. Bugün bir genin adını yazıp onu tümörümdeki binlerce hücrenin içinde görebiliyorum.
Karaciğer metastazım, hücre hücre. Her nokta bir hücreyi temsil ediyor ve renk, o hücrede belirli bir genden (ESR1) ne kadar bulunduğunu gösteriyor.
Ayrıca benim için kişiselleştirilmiş bir aşı üretebilecek birine ve bunu uygulayabilecek bir hastaneye ihtiyacım var. Bununla ilgili detayları yazının sonunda bulabilirsiniz.
Nasıl başladı
Uzun süre doktorlar ağrılarımın siyatik olduğunu söyledi. Ağrılar giderek kötüleşti, sonunda MR'ı kendi cebimden ödeyerek çektirdim. Sonuç Ocak 2024'te e-posta ile geldi ve onu tek başıma okudum. Bir hata olduğundan emindim.
Bu yılın Mart ayında kanserim ilerledi ve tümörüm hakkında öğrenebileceğim her şeyi öğrenmeye karar verdim.
Şu an neredeyiz
Kanserim karaciğerime ve kemiklerime sıçramış durumda. Tümörüm nadir görülen bir tür. Benim durumuma özel bir tedavi kılavuzu yok ve her yanıt haftalar sürüyor.
Kendi BT taramamdan oluşturulmuş 3 boyutlu karaciğerim. Sarı noktalar lezyonlar. Bazıları yapay zeka tarafından tespit edildi ve henüz bir radyolog tarafından doğrulanmadı.
Hedef, kendi tümörümden üretilmiş kişiselleştirilmiş bir aşı sayesinde bağışıklık sistemimin neye saldırması gerektiğini öğrenmesi.
İşe başladığımda neoantijenin ne olduğunu pek bilmiyordum. Artık bir dizileme raporunu okuyabiliyor, araştırmacılarla konuşabiliyor ve eskisi kadar sık kaybolmuyorum.
Nasıl inşa ediliyor
Bunu Claude Code ile geliştiriyorum. 30'dan fazla ajanlardan oluşan bir ekip ve her birinin tek bir görevi var. Biri makaleleri okuyor ve diğer ülkelerdeki klinik çalışmaları araştırıyor. Diğeri yalnızca her sayıyı kaynağıyla karşılaştırarak doğruluyor. Zor bir soru geldiğinde iki veya üç ajan bağımsız olarak yanıtlıyor; anlaşamazlarsa bunu hemen fark ediyorum. Raporlar ve dosyalar Telegram üzerinden telefonuma geliyor ve ben onay vermeden hiçbir şey dışarı çıkmıyor.
Tıbbi kararların tamamını doktorlarım veriyor. Ajanlar, her randevuya daha iyi sorularla gitmemi sağlıyor ve uzmanlar bu soruları kontrol ediyor. Bazen soruları büyük ölçüde değiştiriyorlar.
Biyopsi protokolü
Zürih'te yeni bir biyopsi yaptırmam gerekiyordu. Biyopsiyi kolayca tekrarlayamazsınız. Örnek alınmazsa ya da doğru şekilde saklanmazsa kaybolur.
Bu yüzden protokolü kendi sistemimle yazdım: hangi örneklerin alınacağı ve sonrasında neyi analiz etmek istediğimize bağlı olarak her birinin nasıl saklanacağı. Ardından örnekleri analiz edecek olan Dana-Farber'daki Dr. Paloma Cejas'ın laboratuvar ekibi protokolü inceleyip geliştirdi.
Tümörüm, hücre hücre
Bu kısım hâlâ tüylerimi diken diken ediyor.
Dr. Cejas'ın laboratuvarı, saklanmış dokular üzerinde çalışan 10x Flex adlı bir teknolojiyle karaciğer ve kemik metastazlarımı hücre hücre diziledi. Veriler şu an dizüstü bilgisayarımda.
Henüz bir sonuca varmadık. Ekipte yavaş yavaş üzerinden geçiyoruz.
Hastalığımın 3 boyutlu haritası
İki PET taraması ve bir sürü raporum vardı ama büyük resmi bir türlü göremiyordum.
Sol: İki PET taramamdaki tüm kemik lezyonları, izleyiciye göre renklendirilmiş. Sağ: Omurgalarımdan birinin 3 boyutlu hali; her bir PET ve BT taramasıyla görüntülenmiş.
Bu yüzden o iki taramadan metastazlarımın 3 boyutlu bir haritasını çıkardım. Tıbbi ekibimle birlikte hangi lezyondan biyopsi alacağımızı tartışmak için bu haritayı kullandık. Kararı onlar verdi. Hepimizin aynı haritaya bakıyor olması işimizi çok kolaylaştırdı.
Portum çalışmayı bıraktığında, kateterin yerinden oynayıp oynamadığını görmek için aylar arayla çekilmiş üç BT taramasından onu 3 boyutlu olarak yeniden oluşturdum.
Üç BT taramasından yeniden oluşturulmuş portum ve kateterinin 3 boyutlu hali. Mor renkli cihaz bir illüstrasyondur.
İki yıllık kan testleri tek ekranda
Her kan testi PDF olarak geliyor. Birkaç ay sonra elinizde düzinelercesi oluyor ve kimse hepsini okumuyor.
Hepsini tek bir panelde topladım: Aralık 2023'ten bu yana yapılan 70'ten fazla kan alımından elde edilen 1.800'den fazla değer. Bir doktor, her değerin zaman içinde nasıl değiştiğini hızla görebiliyor.
Bir aşı üreticisine ve bir hastaneye ihtiyacım var
Bir sonraki adım, tümörümün tüm ekzomunun sağlıklı DNA'mla karşılaştırılması. Bundan sonra yapay zeka bana pek yardımcı olamayacak.
Bağış yapan ya da bana yazan herkese teşekkür ederim. Eğer aşıyı üretebilir veya uygulayabilirseniz ya da bunu kimin yapabileceğini biliyorsanız bana yazın. DM'lerim açık ve her şey helpmiriam.com adresinde 💜
