Bu sürecin özü şudur: Öncelikle, PubMed/NCBI E-araçlarında tekrarlanabilir bir ilk tarama yapmak için birden fazla sorgu kullanılır, ardından PMID, mükerrer kayıtları ayıklamak ve özet kanıt derecelendirmesi yapmak için kullanılır; PMC/BioC tam metin incelemesine yalnızca az sayıda önemli belge dahil edilir; metin içi alıntılar tıklanabilir olmalıdır; makalenin sonunda eksiksiz bibliyografik bilgiler listelenmelidir; etki faktörü (IF) yalnızca kamuya açık kaynaklar aracılığıyla ihtiyatlı bir şekilde kontrol edilebilir ve JCR veya yerel veritabanlarına sahip olduğu varsayılamaz, tahmin edilemez ve düşük güvenilirlikteki eşleşmeler kesin sonuçlar olarak değerlendirilemez.

1. Kullanıcı arama başlattıktan sonraki ön işleme

1.1 Öncelikle kullanıcının sorusunu analiz edin.

Kullanıcının sorusu alındıktan sonra, doğal dil sorusu öncelikle yapılandırılmış öğelere ayrıştırılır.

Tanımlanması gerekir:

• Araştırma konuları: genler, proteinler, ilaçlar, kanallar, hücre tipleri, dokular, hastalıklar ve modeller.

• Biyolojik sistemler: insan, fare, sıçan, zebra balığı, organoidler, retina, beyin bölgeleri, hücre hatları vb.

• İlişki türleri: ifade, düzenleme, işlev, mekanizma, fenotip, ölüm, hayatta kalma, tedavi, toksisite, gelişim, dejenerasyon, vb.

• Kanıt gereksinimleri: Doğrudan kanıt, mekanistik kanıt, tam metin kanıt, grafikler, dozaj parametreleri ve deneysel yöntemlerin gerekli olup olmadığı.

• Zaman aralığı: sınırsız zaman, son 5 yıl, son 1 yıl, en son gelişmeler ve klasik edebiyat.

• Çıktı türleri: kısa cevap, temsili literatür, inceleme özeti, deneysel tasarım önerileri, kanıt tablosu, mekanizma diyagramı.

Örnek:

Kullanıcı sorunu:

"Lütfen retina organoid ölümüne ilişkin literatür bulmama yardımcı olun."

Yapısal ayrıştırma (örnek):

• Temel modeller: retinal organoid, retina organoidi, hPSC kaynaklı retinal organoid, optik çanak organoidi.

• Fenotip: hücre ölümü, apoptoz, dejenerasyon, hayatta kalma kaybı, stres, nekroz.

• İlgili hücreler: fotoreseptör, koni, çubuk, retinal ganglion hücresi, Müller glia.

• Potansiyel mekanizmalar: oksidatif stres, ER stresi, mitokondriyal disfonksiyon, hipoksi, inflamasyon, ferroptoz, nekroptoz.

• Kanıt hedefleri: İnsan veya hayvan retina organoidlerinde hücre ölümü/apoptoz/dejenerasyonu doğrudan gözlemleyen orijinal çalışmaları önceliklendirin; ardından dolaylı mekanizmalarla ilgili literatürü inceleyin.

1.2 Anahtar Kelime Bölümleme Prensipleri (Örnek)

Sadece tek bir arama sorgusu yazmayın. Her kavram için en az üç terim kategorisi hazırlayın.

Kategori 1: Kesin ve net ifadeler.

• retinal organoid

• retina organoid

• insan retina organoidi

• hPSC'den türetilmiş retinal organoid

• iPSC'den türetilmiş retinal organoid

İkinci kategori: eş anlamlılar ve üst kavramlar.

• optik kupa organoidi

• 3 boyutlu retina kültürü

• Kök hücreden elde edilen retina

• retinal farklılaşma

• retina dokusu modeli

Üçüncü kategori: mekanizma ve fenotipik terimler.

• apoptoz

• hücre ölümü

• dejenerasyon

• hayatta kalma

• stres

• oksidatif stres

• Acil servis stresi

• mitokondriyal disfonksiyon

• hipoksi

• nekroptoz

• ferroptoz

Kullanıcı hücre tipini belirtirse, şunu ekleyin:

• fotoreseptör

• koni

• çubuk

• retinal ganglion hücresi

• Müller glia

• bipolar hücre

• amakrin hücresi

Kullanıcı türü veya menşei belirtirse, şunu ekleyin:

• insan

• fare

• fare

• zebra balığı

• hESC

• iPSC

• çok yönlü kök hücre

1.3 Hiyerarşik arama sorguları oluşturma

En az 3-6 sorgu oluşturun. Her sorgu bir arama amacına karşılık gelir.

Birinci aşama: Doğrudan kanıt elde etme.

Hedef model ve hedef fenotipe doğrudan uyan literatürü bulmak için kullanılır.

```metin

("retinal organoid" VEYA "retina organoid" VEYA "insan retinal organoidi") VE (apoptoz VEYA "hücre ölümü" VEYA dejenerasyon)

```

İkinci katman: Genişletilmiş model alma.

Yazarın "retinal organoid" terimini tam olarak kullanmadığı ancak konuyla ilgili olduğu literatürü yakalamak için kullanılır.

```metin

("optik kupa organoidi" VEYA "3 boyutlu retina kültürü" VEYA "kök hücreden türetilmiş retina") VE (hayatta kalma VEYA apoptoz VEYA stres)

```

Üçüncü katman: mekanizmaya özgü arama.

Belirli yolların veya mekanizmaların doğrulanmasında kullanılır.

```metin

("retinal organoid" VEYA "retina organoid") VE ("oksidatif stres" VEYA "ER stresi" VEYA hipoksi VEYA mitokondri)

```

Dördüncü katman: Hücre tipine özgü arama.

```metin

("retinal organoid" VEYA "retina organoid") VE (fotoreseptör VEYA koni VEYA çubuk VEYA "retinal ganglion hücresi") VE (ölüm VEYA apoptoz VEYA dejenerasyon)

```

Beşinci katman: Hastalık modeli alma.

```metin

("retinal organoid" VEYA "retina organoid") VE (hastalık VEYA dejenerasyon VEYA distrofi VEYA retinit VEYA glokom)

```

Altıncı katman: İnceleme/arka plan araştırması.

```metin

("retinal organoid" VEYA "retina organoid") VE (inceleme VEYA protokol VEYA model)

```

2. Arama için hangi yöntemler ve web siteleri kullanıldı?

2.1 Tercih edilen: PubMed / NCBI E-araçları

PubMed, biyomedikal literatürde arama yapmak için tercih edilen araçtır. PubMed sayfalarını otomatik olarak kazımaya kalkışmayın. Bunun yerine NCBI E-utilities API'sini kullanın.

2.1.1 ESearch: Sorgu kullanarak PMID alma

arayüz:

```metin

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

parametre:

```metin

db=pubmed

terim=

retmode=json

retmax=20

sıralama=alaka düzeyi

```

Zaman ölçütüne göre de sıralama yapabilirsiniz:

```metin

sıralama=yayın tarihi

```

Örnek:

```metin

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

Yanıt metnini okuyun:

```metin

esearchresult.idlist

```

Bu, PMID listesidir.

2.1.2 Özet: Literatür Meta Verilerinin Elde Edilmesi

arayüz:

```metin

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

parametre:

```metin

db=pubmed

id=PMID1,PMID2,PMID3

retmode=json

```

Çıkarılan alanlar:

• PMID

• başlık

• tam dergi adı

• kaynak/dergi kısaltması

• yayın tarihi

• yazarlar

• Makale kimliklerinde DOI ve PMCID

• cilt, sayı, sayfalar

2.1.3 EFetch: Özet ve XML Ayrıntılarının Alınması

arayüz:

```metin

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

parametre:

```metin

db=pubmed

id=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=abstract

```

Çıkarılan alanlar:

• Makale Başlığı

• ÖzetMetin

• Dergi Başlığı

• ISO Kısaltması

• ISSN / eISSN

• Yayın Tarihi

• DOI

• PMCID

• MeSH terimleri

2.1.4 Toplu Veri Alma Stratejisi

Önerilen işlem:

1. Her sorgu için ESearch'ü çağırın.

2. Her sorgu için ilk 5-20 sonucu seçin.

3. Tüm PMID'leri birleştirin.

4. Yinelenen kayıtları kaldırmak için PMID'yi kullanın.

5. Meta verileri ve özet verileri toplu olarak almak için ESummary / EFetch kullanın.

6. İlk eleme aşamasında, yalnızca meta verileri ve özeti okuyun; metnin tamamını okumaya başlamayın.

────────────────

2.2 İkinci Aşama: PMC/BioC Belgelerinin Tam İncelemesi

Tam metin yalnızca aşağıdaki durumlarda eklenecektir:

• Kullanıcılar metnin tamamını dikkatlice okumayı talep etmektedir.

• Özet, mekanizmayı belirlemek için yetersizdir.

• Grafikler, deneysel yöntemler, konsantrasyonlar, dozajlar, IC50, EC50, Kd ve Ki değerleri gereklidir.

• Az sayıda önemli PMID tespit edilmiştir ve bunların her birinin ayrı ayrı incelenmesi gerekmektedir.

2.2.1 PMID'den PMCID'ye

arayüz:

```metin

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

PMCID döndürülürse, bu PMC'nin tam metne erişiminin olabileceği anlamına gelir.

2.2.2 BioC JSON'u Önceliklendirme

arayüz:

```metin

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

Avantajları: Son derece yapılandırılmış, ana metin paragraflarını ayıklamak için uygundur.

2.2.3 BioC kullanılamadığında PMC XML'i deneyin

arayüz:

```metin

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

Ana metni çıkarırken atlanacak kısımlar:

• referanslar

• kaynakça

• Teşekkürler

• Yazar katkıları

• Çatışan çıkarlar

Tam metin incelemesi bir durdurma kriteri içermelidir:

• Her belge yalnızca bir kez taranır.

• Varsayılan olarak, yalnızca soruyla ilgili paragraflar ayıklanır.

• Hedef alanla eşleşme sağlanmazsa, "Doğrudan kanıt bulunamadı" olarak işaretleyin.

• Anahtar kelimeleri tekrar tekrar kazımaktan kaçının.

────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

En yeni ön baskıları tamamlamak için kullanılır.

Resmi API'yi kullanabilirsiniz:

```metin

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

```

Ek olarak, normal bir arama özelliğini de kullanabilirsiniz:

```metin

site:biorxiv.org retinal organoid apoptoz

site:medrxiv.org retina organoid dejenerasyonu

```

Ön baskılar şu şekilde etiketlenmelidir:

```metin

Bu bir ön baskıdır ve hakem değerlendirmesinden geçmemiştir.

```

────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

DOI, açık tam metin adresi ve yayın bilgilerini tamamlamak için kullanılır.

Crossref:

```metin

https://api.crossref.org/works?query.title=<title>

```

OpenAlex:

```metin

https://api.openalex.org/works?search=

```

Ücretsiz erişim engeli kaldır:

```metin

https://api.unpaywall.org/v2/?email=

```

kullanmak:

• DOI'nin tamamlanması.

• OA PDF bağlantı araması.

• Dergi adının doğrulanması.

• Yayın yılı doğrulaması.

────────────────

2.5 Yayıncı Sayfası

Yalnızca API bilgileri yetersiz olduğunda yayıncının sayfasına erişin.

Erişim kuralları:

• Her yayıncı URL'si yalnızca bir kez denenecektir.

• CAPTCHA, oturum açma engelleri, Cloudflare, Erişim Engellendi veya kurumsal erişim engelleriyle karşılaşırsanız, derhal durun.

• Sayfayı tekrar tekrar yenilemekten, aynı site içinde farklı bir yol izlemekten veya döngüye girmekten kaçının.

• Yedek kaynak olarak PubMed, PMC, Crossref, OpenAlex, Unpaywall ve DOI meta verilerini kullanın.

3. Elde edilen bilgiler nasıl düzenlenir?

3.1 Birleşik bir kayıt yapısı oluşturun

Her belge tek bir kayıt halinde derlenir.

Alanlar:

```metin

pmid

doi

pmcid

başlık

yazarlar

dergi

dergi_kısaltması

issn

eissn

yıl

soyut

sorgu_kaynağı

kanıt düzeyi

kanıt_etiketleri

kağıt_türü

URL

```

3.2 Tekrarlanan İşlemlerin Kaldırılması

Öncelik:

1. PMID tekilleştirme.

2. PMID mevcut değilse, yinelenen kayıtları kaldırmak için DOI'yi kullanın.

3. DOI yoksa, mükerrer kayıtları kaldırmak için lower(title) + year + first_author formülünü kullanın.

İlk kez erişilen query_source'u saklayın ve belgeye hangi sorguların eriştiğini kaydedin.

3.3 Kanıt Sınıflandırması

Şunları ayırt etmek gerekir:

Doğrudan kanıt:

Hedef tür, doku, hücre tipi, model ve tedavi koşulları doğrudan eşleştirilir.

Dolaylı kanıt:

Bitişik sistemler, benzer modeller ve benzer mekanizmalar desteklenmektedir, ancak bunlar kullanıcı sorunlarına doğrudan çözüm sağlayan sistemler değildir.

Doğrudan bir kanıt bulunamadı:

Sadece arka plan bilgileri, spekülasyonlar, incelemeler veya benzer modeller bulunabiliyor; doğrudan deneysel sonuçlar yok.

3.4 Belge Türü Etiketleme

En azından aşağıdaki hususlara dikkat edilmelidir:

• orijinal araştırma

• gözden geçirmek

• protokol

• ön baskı

• veri kümesi/kaynak

• Klinik çalışma

• Yöntem belgesi

3.5 Sıralama Kuralları

Önerilen sıralama:

1. Doğrudan kanıtlara dayalı özgün araştırma.

2. Temel mekanizmalar üzerine araştırma.

3. En son önemli araştırmalar.

4. Klasik temel çalışmalar.

5. Yüksek kaliteli inceleme.

6. Dolaylı kanıt.

Yalnızca etki faktörüne (IF) göre sıralama yapmayın. Etki faktörü dergi düzeyinde bir göstergedir ve tek bir makalenin kalitesiyle eşdeğer değildir.

4. Cevaplarda alıntıları nasıl düzenlersiniz?

4.1 Metin İçi Alıntı Biçimi

Metin içindeki tüm alıntılar tıklanabilir olmalıdır.

Biçim:

```markdown

[[1. **Dergi**, Yıl]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

```

Örnek:

```markdown

Önceki çalışmalar, insan retina organoidlerinde gelişim evresiyle ilişkili fotoreseptör stresi ve dejenerasyonunu gözlemlemiştir [[1. **Hücre Kök Hücresi**, 2019]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/xxxxxxx/).

```

Şöyle yazmayın:

```metin

[1]

(PMID: xxxxx)

Bkz. referans 1

```

4.2 Önerilen Cevap Yapısı

Birinci paragraf: Doğrudan sonuç.

```metin

Sonuç: İlgili raporlar mevcut, ancak doğrudan kanıtlar ağırlıklı olarak şu konulara odaklanıyor...; şu konularda ise doğrudan kanıt henüz yok.

```

İkinci paragraf: Kanıt sınıflandırması.

```metin

Doğrudan kanıt:

- Referans A: ...

Dolaylı kanıt:

- Referans B: ...

Doğrudan bir kanıt bulunamadı:

- Bu turda bulunamadı...

```

Üçüncü paragraf: Mekanizmanın özeti.

Konuya göre gruplandırın, örneğin:

• apoptoz/kaspaz yolu

• oksidatif stres

• mitokondriyal disfonksiyon

• Acil servis stresi

• hipoksi/metabolik stres

• iltihaplanma

• Gelişimsel uyumsuzluk

Dördüncü paragraf: Araştırma açığı.

Hangi konularda doğrudan kanıt bulunmadığını açıkça belirtin.

Beşinci paragraf: Deneyden alınan ilham.

Kullanıcı deneysel tasarım istiyorsa, belirteci, tahlil yöntemini, zaman noktasını ve kontrol grubunu sağlayın.

5. Makalenin sonunda kaynakların tam listesi bulunmaktadır.

Metinde belirli bir kaynağa atıfta bulunuluyorsa, makalenin sonunda tam bir liste eklenmelidir.

Biçim:

```markdown

## Referans Bilgilerinin Tam Listesi

1. Smith J ve diğerleri, **Dergi Adı** (2021), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝X，Qn}*

2. Wang X ve diğerleri, **Dergi Adı** (2022), [DOI: 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=Doğrulanacak}*

```

Yazar formatı:

• 1-3 yazar: Tümünü listeleyin.

• 3'ten fazla yazar: Birinci yazar ve diğerleri.

PMID / DOI / URL tıklanabilir olmalıdır.

6. IF Doğrulama ve Etiketleme

6.1 Öncelikle, IF kontrollerinin pratik sınırlamalarını açıklayalım.

Normalde, resmi dergi etki faktörü Clarivate Journal Citation Reports (JCR) kaynağından alınır. Ancak, herhangi bir harici aracı genellikle bir Clarivate/JCR hesabına veya yerel bir JCR tablosuna sahip değildir, bu nedenle bu yoldan doğrulama yapmayın.

```

6.2 IF becerisini kullanmaya yönelik pratik yöntemler

Ana güzergah:

1. Giriş PMID ise, öncelikle PubMed meta verilerini elde etmek için NCBI E-utilities'i kullanın.

- Derginin tam adını alın. - Kaynak/ISO kısaltmasını alın. - ISSN/eISSN numarasını alın. - Başlık, yıl ve DOI gibi yardımcı alanları alın.

2. Dergileri sorgulamak için herkese açık iikx/iscience mobil JSON arayüzünü kullanın.

Arama API'si:

```metin

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=

```

Ayrıntılar API'si:

```metin

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=

```

3. Arama sonuçlarında muhafazakar bir eşleştirme gerçekleştirin.

- Tam olarak normalleştirilmiş dergi başlığı eşleşmelerine öncelik verir. - İkinci olarak, tam kısaltma eşleşmelerine öncelik verir. - Kısa ve genel terimlere karşı son derece dikkatlidir. - "Nature" kelimesini "Nature Reviews" serisi olarak eşleştirmek gibi bariz alt dize uyumsuzluklarını kabul etmez. - Eşleşme kararsızsa, tahmin etmek yerine belirsiz/bulunamadı sonuçları döndürür.

4. Eğer PubMed bir kısaltma veriyorsa, NLM Kataloğunu kullanarak tam adına veya alternatif başlığına genişletmeyi deneyin.

NLM Kataloğu arama arayüzü, NCBI E-utilities olarak kalmıştır:

```metin

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=[Başlık Kısaltması]&retmode=xml&retmax=1

```

Ardından, Başlık / Alternatif Başlık bilgilerini almak için ESummary'yi kullanın.

5. iikx detay sonuçlarından okuyun:

- Etki faktörü. - IF yılı. - JCR çeyreği. - CAS/CAS çeyreği (varsa). - Kaynak URL'si. - Eşleşme güveni.

6. Açıklama eklerken IF yılını ana metne dahil etmeyin; kısa açıklamalar kullanın.

Son açıklama yalnızca şunu içermelidir:

```metin

*{EĞER＝X，Qn}*

```

Başarısız olursa:

```metin

*{EĞER=Doğrulama Bekleniyor}*

```

veya:

```metin

*{Eğer=Algılanmadı}*

```

6.3 Belirli Adımlar

Her belge için aşağıdaki işlemi gerçekleştirin.

Adım 1: Dergi arama adını hazırlayın.

PubMed meta verilerinden veri alma işlemine öncelik verin:

```metin

TamDergiAdı

ISO Kısaltması / Kaynak

ISSN

eISSN

```

Yalnızca DOI mevcutsa, öncelikle dergi adını edinmek için Crossref veya OpenAlex'i kullanın.

Crossref:

```metin

https://api.crossref.org/works/

```

OpenAlex:

```metin

https://api.openalex.org/works/https://doi.org/

```

Adım 2: Dergi adlarını standartlaştırın.

Standardizasyon kuralları:

• Tamamı küçük harf.

• HTML kod çözme.

• "&" işaretini "ve" ile değiştirin.

• Noktalama işaretlerini kaldırın.

• Birden fazla alanı birleştirin.

• Karşılaştırma yaparken, tüm boşlukları kaldıran kompakt formu da kullanabilirsiniz.

Örnek sözde kod:

Python

import re, html

tanım normu(ları):

s = html.unescape(s veya '').lower()

s = re.sub(r'&', ' ve ', s)

s = re.sub(r'[^a-z0-9]+', ' ', s)

return re.sub(r'\s+', ' ', s).strip()

def compact(s):

norm(lar).replace(' ', '') döndür

```

3. Adım: iikx arama arayüzünü sorgulayın.

```metin

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=

```

Örneğin, bir User-Agent ayarı yapılması önerilir:

```metin

Mozilla/5.0

```

İlk sayfada tam eşleşme bulunmazsa, sınırlı sayıda sayfayı, örneğin en fazla 8 sayfayı, inceleyebilirsiniz.

Sayfa çevirme parametreleri genellikle şöyledir:

```metin

sayfa=2

sayfa=3

```

4. Adım: Arama sonuçlarından adayları seçin.

Adaylık alanları genellikle şunları içerir:

```metin

İD

sınıf kimliği

başlık

küçük başlık

Eğer veya Eğer2024

zky2020

URL

```

Eşleştirme kuralları:

• Eğer compact(query) == compact(candidate.title) ise, kabul et.

• Eğer norm(sorgu) == norm(aday.başlık) ise, kabul et.

• Eğer compact(query) == compact(candidate.smalltitle) ise, kabul et.

• Eğer norm(sorgu) == norm(aday.küçükbaşlık) ise, kabul et.

• Sorgu yeterince uzun ve açık olmadığı sürece alt dize kabul etmeyin.

• Özellikle Doğa, Bilim, Hücre, Beyin, Görme ve Retina gibi kısa kelimeler konusunda dikkatli olun.

Adım 5: Eşleşme bulunamazsa, NLM Kataloğunun genişletilmiş kısaltmasını kullanın.

Örneğin, PubMed'de Kaynak şu şekildedir:

```metin

Serbest Radikal Biyolojik Tıp

```

Şunları kontrol edebilirsiniz:

```metin

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=Free%20Radic%20Biol%20Med%5BTitle%20Abbreviation%5D&retmode=xml&retmax=1

```

NLM Katalog Kimliğini aldıktan sonra, aşağıdaki şekilde kullanın:

```metin

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=nlmcatalog&id=&retmode=xml

```

Okumak:

```metin

Başlık

BaşlıkAlternatif

```

Ardından bu tam adları kullanarak iikx'i arayın.

Adım 6: iikx detay arayüzünü kontrol edin.

Arama sonuçları şunları içeriyorsa:

```metin

id=

sınıf kimliği=

```

Arama:

```metin

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=

```

Ayrıntılı olarak okuyun:

```metin

IF2024, IF2023, IF2022 ...

EĞER

zky2020 veya diğer JCR çeyreklik alanları

jcr22 / jcr12 veya bölüm alanı

issn

eissn

başlık

küçük başlık

kategori

```

Adım 7: En son IF ifadesini seçin.

Döndürülen alanlarda şu formun tüm örneklerini arayın:

```metin

IF20xx

```

Örneğin:

```metin

IF2024

IF2023

IF2022

```

En büyük anlamlı rakama sahip yılı seçin.

IF20xx mevcut değilse, okumayı deneyin:

```metin

EĞER

eğer_değer

```

Geçerli bir değer bulunamazsa, tespit edilmedi olarak işaretlenir.

Adım 8: Güvenirlik düzeyini ve etiketi çıktı olarak verin.

Başlık/kısaltma tam olarak eşleşiyorsa ve detay geçerli bir IF koşulu döndürüyorsa:

```metin

*{EĞER＝X，Qn}*

```

Maçın sonucu belirsizse:

```metin

*{EĞER=Doğrulama Bekleniyor}*

```

Eğer herkese açık API hiçbir sonuç döndürmezse:

```metin

*{Eğer=Algılanmadı}*

```

6.4 IF Açıklama Biçimi

Sabit format:

```metin

*{EĞER＝X，Qn}*

```

Örnek:

```markdown

Smith J ve diğerleri, **Neuron** (2020), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝15.0, Q1}*

```

Fark etme:

• JCR yılı IF ek açıklamasının içine yazılmamıştır.

• "2024 JCR IF" yazmayın.

• "JCR 2024" yazmayın.

• Sadece yayın yılı kaydedilir.

• Eğer IF değeri 0.0 ise, boşsa, kaynağı kararsızsa veya eşleşmesi kararsızsa, sayı görüntülenmeyecektir.

6.5 IF kontrolü hataları için standart işlem

Tahmin etme.

Sayıları doldururken dergi adını kullanmayın.

Büyük modelleri ezberlemek ve IF ifadelerini doldurmak için kullanmayın.

Başarısızlık durumunda yalnızca üç seçenek mevcuttur:

```metin

*{EĞER=Doğrulama Bekleniyor}*

```

Kullanım alanları:

• Arama sonuçları belirsiz.

Benzer birçok dergi var.

• Sadece kısaltması bulundu, tam adı doğrulanamadı.

• Kamuoyuna açık kaynaklardan elde edilen etki faktörü (IF) şüphelidir.

```metin

*{Eğer=Algılanmadı}*

```

Kullanım alanları:

• Herkese açık arayüz hiçbir sonuç döndürmedi.

• Dergi, SCI/JCR kapsamına dahil değildir.

• Yeni sayının henüz bir etki faktörü (IF) bulunmamaktadır.

```metin

*{Eğer=Herkese açık olarak doğrulanamaz}*

```

Kullanım alanları:

• Kullanıcının resmi bir JCR'ye ihtiyacı var, ancak mevcut Agent'ın Clarivate/JCR izinleri yok.

7. Son öz değerlendirme listesi

Sevkiyat öncesinde kontrol edilmelidir:

• Kullanıcının temel soruları öncelikle yanıtlanmalı mı?

• Doğrudan kanıt, dolaylı kanıt ve doğrudan kanıt bulunamaması arasında ayrım yapılıp yapılmayacağı.

• Metin içindeki tüm alıntılar tıklanabilir mi?

• Makalenin sonunda kaynakların tam listesi var mı?

• Her belgede bir IF (Giriş/Çıkış) etiketi veya doğrulama bekleniyor/tespit edilmedi ibaresi içeren bir etiket bulunuyor mu?

• PMID/DOI/URL'nin tıklanabilir olup olmadığı.

• Genel doku sonuçlarını belirli hücre tipleriyle ilgili sonuçların yerine koymaktan kaçınıyor mu?

• Toplam ifade artışı yerine aktivasyon/fosforilasyonun ikame edilmesini önler mi?

• Ön baskı olarak belirtilip belirtilmeyeceği.

• Arama sınırlarını belirtiyor mu?

• Bunun hafızaya veya tahmine dayalı olup olmadığı.

8. Yeniden üretilebilir sözde kod

Python

sorgular = sorguları oluştur(kullanıcı_sorusu)

tüm_pmids = []

Sorgular içindeki sorgular için:

pmids = ncbi_esearch(sorgu, retmax=20, sıralama='alaka düzeyi')

all_pmids.extend(pmids)

pmids = deduplicate_keep_order(all_pmids)

metadata = ncbi_esummary(pmids)

özetler = ncbi_efetch_abstract(pmids)

kayıtlar = meta verileri ve özetleri birleştir (meta veriler, özetler)

kayıtlar = etiket_kanıtı(kayıtlar, kullanıcı_sorusu)

kayıtlar = kayıtları sırala(kayıtlar)

seçilen = en iyi kayıtları seç(kayıtlar)

if need_fulltext:

Seçilen_anahtar_kayıtlarındaki her kayıt için:

pmcid = idconv_pmid_to_pmcid(record.pmid)

eğer pmcid:

kayıt.tammetin = fetch_bioc_or_pmc_xml(pmcid)

Seçilen kayıtlara göre:

dergi_sorgusu = kayıt.tam_dergi_adı veya kayıt.dergi_kısaltması

if_result = lookup_if_public_iikx(journal_query)

if_result.confident:

kayıt.eğer_açıklaması = f'*{EĞER＝{eğer_sonucu.eğer_değeri}，{eğer_sonucu.çeyreklik}｝*'

aksi takdirde eğer sonuç belirsizse:

kayıt.eğer_açıklaması = '*{EĞER＝Doğrulama Bekleniyor}*'

başka:

kayıt.eğer_açıklaması = '*{EĞER＝Algılanmadı}*'

cevap = cevap oluştur(

çözüm

kanıt_grupları,

tıklanabilir_gövde_alıntıları,

tam_referans_listesi_eğer ile

)

```

9. Önerilen nihai teslimat şablonu

```markdown

Sonuç olarak:

...

Kanıt düzeyi:

Doğrudan kanıt:

- ……[[1. **Dergi**, Yıl]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Dolaylı kanıt:

- …[[2. **Dergi**, Yıl]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Doğrudan bir kanıt bulunamadı:

- ……

Mekanizmanın özeti:

1. ……

2. ……

Arama sınırları:

Bu arama turunda öncelikle PubMed, PMC, BioC ve bioRxiv kullanıldı; ilk tarama meta veriler ve özetler temel alınarak yapıldı ve yalnızca kilit belgeler tam metin doğrulama işlemine tabi tutuldu. IF açıklamaları kamuya açık kaynaklara dayanıyordu; yüksek güvenilirlikle eşleştirilemeyen belgeler doğrulama bekliyor veya tespit edilmedi olarak işaretlendi.

Literatür bilgilerinin tam listesi:

1. Smith J ve diğerleri, **Dergi Adı** (2021), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{EĞER＝X, Q1}*

2. Wang X ve diğerleri, **Dergi Adı** (2022), [DOI: 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=Doğrulanacak}*

```