Biyoloji/Tıp alanında kapsamlı ve güvenilir araştırmalar
Editor's Pick
YFeatured by
YouMind
Why we love this skill
Bu beceri, yapılandırılmış aramalar, çok aşamalı literatür taraması ve titiz etki faktörü (IF) kontrolleri yoluyla son derece doğru ve doğrulanabilir araştırma bilgileri sağlayarak biyomedikal araştırmalar için güvenilir bir rehber görevi görür.
Talimatlar
Bu sürecin özü şudur: Öncelikle, PubMed/NCBI E-araçlarında tekrarlanabilir bir ilk tarama yapmak için birden fazla sorgu kullanılır, ardından PMID, mükerrer kayıtları ayıklamak ve özet kanıt derecelendirmesi yapmak için kullanılır; PMC/BioC tam metin incelemesine yalnızca az sayıda önemli belge dahil edilir; metin içi alıntılar tıklanabilir olmalıdır; makalenin sonunda eksiksiz bibliyografik bilgiler listelenmelidir; etki faktörü (IF) yalnızca kamuya açık kaynaklar aracılığıyla ihtiyatlı bir şekilde kontrol edilebilir ve JCR veya yerel veritabanlarına sahip olduğu varsayılamaz, tahmin edilemez ve düşük güvenilirlikteki eşleşmeler kesin sonuçlar olarak değerlendirilemez.
1. Kullanıcı arama başlattıktan sonraki ön işleme
1.1 Öncelikle kullanıcının sorusunu analiz edin.
Kullanıcının sorusu alındıktan sonra, doğal dil sorusu öncelikle yapılandırılmış öğelere ayrıştırılır.
Tanımlanması gerekir:
• Araştırma konuları: genler, proteinler, ilaçlar, kanallar, hücre tipleri, dokular, hastalıklar ve modeller.
• Biyolojik sistemler: insan, fare, sıçan, zebra balığı, organoidler, retina, beyin bölgeleri, hücre hatları vb.
• İlişki türleri: ifade, düzenleme, işlev, mekanizma, fenotip, ölüm, hayatta kalma, tedavi, toksisite, gelişim, dejenerasyon, vb.
• Kanıt gereksinimleri: Doğrudan kanıt, mekanistik kanıt, tam metin kanıt, grafikler, dozaj parametreleri ve deneysel yöntemlerin gerekli olup olmadığı.
• Zaman aralığı: sınırsız zaman, son 5 yıl, son 1 yıl, en son gelişmeler ve klasik edebiyat.
• Çıktı türleri: kısa cevap, temsili literatür, inceleme özeti, deneysel tasarım önerileri, kanıt tablosu, mekanizma diyagramı.
Örnek:
Kullanıcı sorunu:
"Lütfen retina organoid ölümüne ilişkin literatür bulmama yardımcı olun."
Yapısal ayrıştırma (örnek):
• Temel modeller: retinal organoid, retina organoidi, hPSC kaynaklı retinal organoid, optik çanak organoidi.
• Fenotip: hücre ölümü, apoptoz, dejenerasyon, hayatta kalma kaybı, stres, nekroz.
• İlgili hücreler: fotoreseptör, koni, çubuk, retinal ganglion hücresi, Müller glia.
• Potansiyel mekanizmalar: oksidatif stres, ER stresi, mitokondriyal disfonksiyon, hipoksi, inflamasyon, ferroptoz, nekroptoz.
• Kanıt hedefleri: İnsan veya hayvan retina organoidlerinde hücre ölümü/apoptoz/dejenerasyonu doğrudan gözlemleyen orijinal çalışmaları önceliklendirin; ardından dolaylı mekanizmalarla ilgili literatürü inceleyin.
1.2 Anahtar Kelime Bölümleme Prensipleri (Örnek)
Sadece tek bir arama sorgusu yazmayın. Her kavram için en az üç terim kategorisi hazırlayın.
Kategori 1: Kesin ve net ifadeler.
• retinal organoid
• retina organoid
• insan retina organoidi
• hPSC'den türetilmiş retinal organoid
• iPSC'den türetilmiş retinal organoid
İkinci kategori: eş anlamlılar ve üst kavramlar.
• optik kupa organoidi
• 3 boyutlu retina kültürü
• Kök hücreden elde edilen retina
• retinal farklılaşma
• retina dokusu modeli
Üçüncü kategori: mekanizma ve fenotipik terimler.
• apoptoz
• hücre ölümü
• dejenerasyon
• hayatta kalma
• stres
• oksidatif stres
• Acil servis stresi
• mitokondriyal disfonksiyon
• hipoksi
• nekroptoz
• ferroptoz
Kullanıcı hücre tipini belirtirse, şunu ekleyin:
• fotoreseptör
• koni
• çubuk
• retinal ganglion hücresi
• Müller glia
• bipolar hücre
• amakrin hücresi
Kullanıcı türü veya menşei belirtirse, şunu ekleyin:
• insan
• fare
• fare
• zebra balığı
• hESC
• iPSC
• çok yönlü kök hücre
1.3 Hiyerarşik arama sorguları oluşturma
En az 3-6 sorgu oluşturun. Her sorgu bir arama amacına karşılık gelir.
Birinci aşama: Doğrudan kanıt elde etme.
Hedef model ve hedef fenotipe doğrudan uyan literatürü bulmak için kullanılır.
```metin
("retinal organoid" VEYA "retina organoid" VEYA "insan retinal organoidi") VE (apoptoz VEYA "hücre ölümü" VEYA dejenerasyon)
```
İkinci katman: Genişletilmiş model alma.
Yazarın "retinal organoid" terimini tam olarak kullanmadığı ancak konuyla ilgili olduğu literatürü yakalamak için kullanılır.
```metin
("optik kupa organoidi" VEYA "3 boyutlu retina kültürü" VEYA "kök hücreden türetilmiş retina") VE (hayatta kalma VEYA apoptoz VEYA stres)
```
Üçüncü katman: Mekanizmaya özgü arama.
Belirli yolların veya mekanizmaların doğrulanmasında kullanılır.
```metin
("retinal organoid" VEYA "retina organoid") VE ("oksidatif stres" VEYA "ER stresi" VEYA hipoksi VEYA mitokondri)
```
Dördüncü katman: Hücre tipine özgü arama.
```metin
("retinal organoid" VEYA "retina organoid") VE (fotoreseptör VEYA koni VEYA çubuk VEYA "retinal ganglion hücresi") VE (ölüm VEYA apoptoz VEYA dejenerasyon)
```
Beşinci katman: Hastalık modeli alma.
```metin
("retinal organoid" VEYA "retina organoid") VE (hastalık VEYA dejenerasyon VEYA distrofi VEYA retinit VEYA glokom)
```
Altıncı katman: İnceleme/arka plan araştırması.
```metin
("retinal organoid" VEYA "retina organoid") VE (inceleme VEYA protokol VEYA model)
```
Araştırma
2. Arama için hangi yöntemler ve web siteleri kullanıldı?
2.1 Tercih edilen: PubMed / NCBI E-araçları
PubMed, biyomedikal literatürde arama yapmak için tercih edilen araçtır. PubMed sayfalarını otomatik olarak kazımaya kalkışmayın. Bunun yerine NCBI E-utilities API'sini kullanın.
2.1.1 ESearch: Sorgu kullanarak PMID alma
arayüz:
```metin
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi
```
parametre:
```metin
db=pubmed
terim=
retmode=json
retmax=20
sıralama=alaka düzeyi
```
Zaman ölçütüne göre de sıralama yapabilirsiniz:
```metin
sıralama=yayın tarihi
```
Örnek:
```metin
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance
```
Yanıt metnini okuyun:
```metin
esearchresult.idlist
```
Bu, PMID listesidir.
2.1.2 Özet: Literatür Meta Verilerinin Elde Edilmesi
arayüz:
```metin
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi
```
parametre:
```metin
db=pubmed
id=PMID1,PMID2,PMID3
retmode=json
```
Çıkarılan alanlar:
• PMID
• başlık
• tam dergi adı
• kaynak/dergi kısaltması
• yayın tarihi
• yazarlar
• Makale kimliklerinde DOI ve PMCID
• cilt, sayı, sayfalar
2.1.3 EFetch: Özet ve XML Ayrıntılarının Alınması
arayüz:
```metin
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi
```
parametre:
```metin
db=pubmed
id=PMID1,PMID2
retmode=xml
rettype=abstract
```
Çıkarılan alanlar:
• Makale Başlığı
• ÖzetMetin
• Dergi Başlığı
• ISO Kısaltması
• ISSN / eISSN
• Yayın Tarihi
• DOI
• PMCID
• MeSH terimleri
2.1.4 Toplu Veri Alma Stratejisi
Önerilen işlem:
1. Her sorgu için ESearch'ü çağırın.
2. Her sorgu için ilk 5-20 sonucu seçin.
3. Tüm PMID'leri birleştirin.
4. Yinelenen kayıtları kaldırmak için PMID'yi kullanın.
5. Meta verileri ve özet verileri toplu olarak almak için ESummary / EFetch kullanın.
6. İlk eleme aşamasında, yalnızca meta verileri ve özeti okuyun; metnin tamamını okumaya başlamayın.
────────────────
2.2 İkinci Aşama: PMC/BioC Belgelerinin Tam İncelemesi
Tam metin yalnızca aşağıdaki durumlarda eklenecektir:
• Kullanıcılar metnin tamamını dikkatlice okumayı talep etmektedir.
• Özet, mekanizmayı belirlemek için yetersizdir.
• Grafikler, deneysel yöntemler, konsantrasyonlar, dozajlar, IC50, EC50, Kd ve Ki değerleri gereklidir.
• Az sayıda önemli PMID tespit edilmiştir ve bunların her birinin ayrı ayrı incelenmesi gerekmektedir.
2.2.1 PMID'den PMCID'ye
arayüz:
```metin
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=
```
PMCID döndürülürse, bu PMC'nin tam metne erişiminin olabileceği anlamına gelir.
2.2.2 BioC JSON'u Önceliklendirme
arayüz:
```metin
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json/
```
Avantajları: Son derece yapılandırılmış, ana metin paragraflarını ayıklamak için uygundur.
2.2.3 BioC kullanılamadığında PMC XML'i deneyin
arayüz:
```metin
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/
```
Ana metni çıkarırken atlanacak kısımlar:
• referanslar
• kaynakça
• Teşekkürler
• Yazar katkıları
• Çatışan çıkarlar
Tam metin incelemesi bir durdurma kriteri içermelidir:
• Her belge yalnızca bir kez taranır.
• Varsayılan olarak, yalnızca soruyla ilgili paragraflar ayıklanır.
• Hedef alanla eşleşme sağlanmazsa, "Doğrudan kanıt bulunamadı" olarak işaretleyin.
• Anahtar kelimeleri tekrar tekrar kazımaktan kaçının.
────────────────
2.3 bioRxiv / medRxiv
En yeni ön baskıları tamamlamak için kullanılır.
Resmi API'yi kullanabilirsiniz:
```metin
https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
```
Ek olarak, normal bir arama özelliğini de kullanabilirsiniz:
```metin
site:biorxiv.org retinal organoid apoptoz
site:medrxiv.org retina organoid dejenerasyonu
```
Ön baskılar şu şekilde etiketlenmelidir:
```metin
Bu bir ön baskıdır ve hakem değerlendirmesinden geçmemiştir.
```
────────────────
2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall
DOI, açık tam metin adresi ve yayın bilgilerini tamamlamak için kullanılır.
Crossref:
```metin
https://api.crossref.org/works?query.title=