Суть цього процесу полягає в наступному: спочатку використовувати кілька запитів для проведення відтворюваного початкового скринінгу в електронних утилітах PubMed/NCBI, потім використовувати PMID для дедуплікації та оцінки абстрактних доказів; лише невелика кількість ключових документів потрапляє до повнотекстового огляду PMC/BioC; цитування в тексті має бути клікабельним; повна бібліографічна інформація має бути наведена в кінці статті; IF можна перевірити лише консервативно через загальнодоступні джерела, і не можна припускати, що він має JCR або локальні бази даних, не можна вгадати, а збіги з низькою достовірністю не можна розглядати як остаточні результати.

1. Попередня обробка після того, як користувач ініціює пошук

1.1 Спочатку проаналізуйте запитання користувача.

Після отримання запитання користувача, запитання природною мовою спочатку розбивається на структуровані елементи.

Повинно бути визначено:

• Предмети дослідження: гени, білки, ліки, канали, типи клітин, тканини, захворювання та моделі.

• Біологічні системи: люди, миші, щури, даніо реріо, органоїди, сітківка, області мозку, клітинні лінії тощо.

• Типи взаємозв'язків: експресія, регуляція, функція, механізм, фенотип, смерть, виживання, лікування, токсичність, розвиток, дегенерація тощо.

• Вимоги до доказів: Чи потрібні прямі докази, механістичні докази, повнотекстові докази, діаграми, параметри дозування та експериментальні методи.

• Часовий діапазон: необмежений час, останні 5 років, останній 1 рік, останні події та класична література.

• Типи виводу: коротка відповідь, репрезентативна література, короткий огляд, пропозиції щодо експериментального дизайну, таблиця доказів, діаграма механізму.

Приклад:

Проблема користувача:

"Будь ласка, допоможіть мені знайти літературу, пов'язану зі смертю органоїдів сітківки."

Структурований розклад (приклад):

• Основні моделі: органоїд сітківки, органоїд сітківки, органоїд сітківки, отриманий з hPSC, органоїд зорової чашки.

• Фенотип: загибель клітин, апоптоз, дегенерація, втрата виживання, стрес, некроз.

• Споріднені клітини: фоторецептор, колбочка, паличка, гангліозна клітина сітківки, мюллерівська глія.

• Потенційні механізми: оксидативний стрес, стрес ендоплазмового ретикулуму, мітохондріальна дисфункція, гіпоксія, запалення, фероптоз, некроптоз.

• Цілі доказової роботи: пріоритет надавати оригінальним дослідженням, які безпосередньо спостерігають загибель/апоптоз/дегенерацію клітин в органоїдах сітківки людини або тварин; потім пошук літератури про непрямі механізми.

1.2 Принципи сегментації ключових слів (приклад)

Не пишіть лише один пошуковий запит. Підготуйте щонайменше три категорії термінів для кожного поняття.

Категорія 1: Точні слова.

• органоїд сітківки

• органоїд сітківки

• органоїд сітківки людини

• органоїд сітківки, отриманий з hPSC

• Органоїд сітківки, отриманий з iPSC

Друга категорія: синоніми та гіперніми.

• органоїд зорової чашки

• 3D-культура сітківки

• сітківка, отримана зі стовбурових клітин

• диференціація сітківки

• модель тканини сітківки

Третя категорія: механізм та фенотипічні терміни.

• апоптоз

• клітинна смерть

• дегенерація

• виживання

• стрес

• оксидативний стрес

• Стрес у відділенні невідкладної допомоги

• мітохондріальна дисфункція

• гіпоксія

• некроптоз

• фероптоз

Якщо користувач вказує тип комірки, додайте:

• фоторецептор

• конус

• стрижень

• гангліозні клітини сітківки

• Мюллер-глія

• біполярна клітина

• амакринна клітина

Якщо користувач вказує вид або походження, додайте:

• людина

• миша

• щур

• даніо реріо

• ембріональні стволові клітини (hESC)

• iPSC

• плюрипотентні стовбурові клітини

1.3 Генерація ієрархічних пошукових запитів

Згенеруйте щонайменше 3–6 запитів. Кожен запит відповідає певній меті пошуку.

Перший рівень: Безпосередній пошук доказів.

Використовується для пошуку літератури, яка безпосередньо відповідає цільовій моделі та цільовому фенотипу.

текст

(«органоїд сітківки» АБО «органоїд сітківки» АБО «органоїд сітківки людини») ТА (апоптоз АБО «клітинна смерть» АБО дегенерація)

```

Другий рівень: Розширене отримання моделі.

Використовується для позначення літератури, де автор не вжив точний термін «ретинальний органоїд», але він насправді є актуальним.

текст

(«органоїд зорової чашки» АБО «3D-культура сітківки» АБО «сітківка, отримана зі стовбурових клітин») ТА (виживання АБО апоптоз АБО стрес)

```

Третій рівень: пошук за механізмом.

Використовується для перевірки певних шляхів або механізмів.

текст

(«органоїд сітківки» АБО «органоїд сітківки») ТА («оксидативний стрес» АБО «стрес ендоплазматического ретикулуму» АБО гіпоксія АБО мітохондрії)

```

Четвертий рівень: Пошук за типом комірок.

текст

(«органоїд сітківки» АБО «органоїд сітківки») ТА (фоторецептор АБО колбочка АБО паличка АБО «гангліозна клітина сітківки») ТА (смерть АБО апоптоз АБО дегенерація)

```

П'ятий рівень: Отримання моделі захворювання.

текст

(«органоїд сітківки» АБО «органоїд сітківки») ТА (захворювання АБО дегенерація АБО дистрофія АБО ретиніт АБО глаукома)

```

Шостий рівень: Огляд/пошук фонової інформації.

текст

(«органоїд сітківки» АБО «органоїд сітківки») ТА (огляд АБО протокол АБО модель)

```

2. Які методи та вебсайти використовувалися для пошуку?

2.1 Бажано: PubMed / NCBI E-utilities

PubMed – це кращий інструмент для пошуку біомедичної літератури. Не використовуйте парсинг сторінок PubMed за замовчуванням. Натомість використовуйте API електронних утиліт NCBI.

2.1.1 ESearch: Отримання PMID за допомогою запиту

інтерфейс:

текст

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

параметр:

текст

база даних = pubmed

term=<пошуковий термін>

retmode=json

retmax=20

сортувати=релевантність

```

Ви також можете сортувати за часом:

текст

сортувати=публікувати+дата

```

Приклад:

текст

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(апоптоз%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

Прочитайте з повернення:

текст

список_ідентифікаторів_результатів_дослідження

```

Це список PMID.

2.1.2 Короткий зміст: Отримання метаданих літератури

інтерфейс:

текст

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

параметр:

текст

база даних = pubmed

ідентифікатор=PMID1, PMID2, PMID3

retmode=json

```

Витягнуті поля:

• Ідентифікатор PM

• назва

• повна назва журналу

• скорочення джерела/журналу

• дата публікації

• автори

• DOI та PMCID в ідентифікаторах статей

• том, випуск, сторінки

2.1.3 EFetch: Отримання зведення та деталей XML

інтерфейс:

текст

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

параметр:

текст

база даних = pubmed

ідентифікатор=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=аннотація

```

Витягнуті поля:

• Назва статті

• АнотаціяТекст

• Назва журналу

• Абревіатура ISO

• ISSN / eISSN

• Дата публікації

• DOI

• Ідентифікація ПМЦІ

• Терміни MeSH

2.1.4 Стратегія пакетного пошуку

Рекомендований процес:

1. Викликайте ESearch для кожного запиту.

2. Для кожного запиту виберіть перші 5–20 результатів.

3. Об'єднайте всі PMID.

4. Використовуйте PMID для видалення дублікатів.

5. Використовуйте ESummary / EFetch для пакетного отримання метаданих та абстрактних даних.

6. На початковому етапі перевірки ознайомтеся лише з метаданими та анотацією; не починайте з читання повного тексту.

─────────────────

2.2 Другий етап: Повний огляд документів PMC/BioC

Повний текст буде включено лише у таких випадках:

• Користувачів просять уважно прочитати повний текст.

• Анотації недостатньо для визначення механізму.

• Потрібні діаграми, експериментальні методи, концентрації, дозування, IC50, EC50, Kd ​​та Ki.

• Було визначено невелику кількість ключових PMID, які потребують перегляду в кожному окремому випадку.

2.2.1 З PMID до PMCID

інтерфейс:

текст

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

Якщо повертається PMCID, це означає, що PMC може мати відкритий повний текст.

2.2.2 Пріоритет BioC JSON

інтерфейс:

текст

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

Переваги: ​​Високоструктурований, підходить для вилучення основних абзаців тексту.

2.2.3 Спробуйте PMC XML, коли BioC недоступний

інтерфейс:

текст

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

Пропустити під час вилучення основного тексту:

• посилання

• бібліографія

• Подяки

• авторський внесок

• конкуруючі інтереси

Повнотекстовий огляд повинен містити критерій зупинки:

• Кожен документ сканується лише один раз.

• За замовчуванням витягуються лише абзаци, пов’язані з питанням.

• Якщо цільове поле не відповідає, позначте його як «Прямих доказів не знайдено».

• Уникайте багаторазового парсингу ключових слів.

─────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

Використовується для доповнення останніх препринтів.

Ви можете скористатися офіційним API:

текст

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

```

Ви також можете використовувати звичайний пошук як доповнення:

текст

сайт:biorxiv.org апоптоз органоїдів сітківки

сайт:medrxiv.org дегенерація органоїдів сітківки

```

Препринти повинні бути позначені:

текст

Це препринт і не пройшов рецензування.

```

─────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

Використовується для заповнення DOI, відкриття повнотекстової адреси та інформації про публікацію.

Перехресне посилання:

текст

https://api.crossref.org/works?query.title=<назва>

```

OpenAlex:

текст

https://api.openalex.org/works?search=<назва або тема>

```

Відмова від платного доступу:

текст

https://api.unpaywall.org/v2/?email=<ваша_електронна_адреса>

```

використання:

• Заповнення DOI.

• Пошук посилань на PDF-файли відкритого доступу.

• Перевірка назви журналу.

• Перевірка року публікації.

─────────────────

2.5 Сторінка видавця

Переходьте на сторінку видавця лише тоді, коли інформації API недостатньо.

Правила доступу:

• Кожну URL-адресу видавця буде перевірено лише один раз.

• Якщо ви зіткнулися з CAPTCHA, бар'єрами для входу, Cloudflare, забороною доступу або бар'єрами для доступу установ, негайно припиніть використання.

• Уникайте багаторазового оновлення, зміни шляху в межах одного сайту або очікування в циклі.

• Використовуйте метадані PubMed, PMC, Crossref, OpenAlex, Unpaywall та DOI як резервний варіант.

3. Як упорядкувати інформацію після пошуку

3.1 Встановлення єдиної структури записів

Кожен документ об'єднується в єдиний обліковий запис.

Поля:

текст

ідентифікатор pm

доі

pmcid

титул

автори

журнал

скорочення_журналу

ISSN

eissn

рік

абстрактний

джерело_запиту

рівень_доказів

докази_теги

тип_паперу

URL-адреса

```

3.2 Дедуплікація

Пріоритет:

1. Дедуплікація PMID.

2. Використовуйте DOI для видалення дублікатів, якщо PMID недоступний.

3. Якщо DOI відсутній, використовуйте lower(title) + year + first_author для видалення дублікатів.

Збережіть query_source, який було використано вперше, та запишіть, які запити потрапили до документа.

3.3 Класифікація доказів

Необхідно розрізняти:

Прямі докази:

Цільовий вид, тканина, тип клітин, модель та умови лікування безпосередньо зіставляються.

Непрямі докази:

Підтримуються суміжні системи, подібні моделі та подібні механізми, але вони не є прямими системами для вирішення проблем користувачів.

Прямих доказів не знайдено:

Можна знайти лише передумови, припущення, огляди або суміжні моделі; прямих експериментальних результатів немає.

3.4 Маркування типу документа

Слід зазначити принаймні наступне:

• оригінальне дослідження

• огляд

• протокол

• препринт

• набір даних/ресурс

• клінічне дослідження

• методичний папір

3.5 Правила сортування

Рекомендоване сортування:

1. Оригінальне дослідження з прямими доказами.

2. Дослідження ключових механізмів.

3. Найновіші важливі дослідження.

4. Класичні фундаментальні дослідження.

5. Високоякісний огляд.

6. Непрямі докази.

Не сортуйте лише за показником IF. IF – це показник на рівні журналу, і він не відображає якість окремої статті.

4. Як упорядкувати цитати у відповіді

4.1 Формат цитування тексту

Усі текстові посилання мають бути клікабельними.

Формат:

«уцінка»

[[1. **Журнал**, Рік]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

```

Приклад:

«уцінка»

У попередніх дослідженнях спостерігався стрес та дегенерація фоторецепторів, пов'язані зі стадією розвитку, в органоїдах сітківки людини [[1. **Cell Stem Cell**, 2019]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/xxxxxxxx/).

```

Не пишіть це так:

текст

[1]

(PMID: xxxxx)

Див. посилання 1

```

4.2 Рекомендована структура відповіді

Перший абзац: Прямий висновок.

текст

Висновок: Відповідні звіти були, але прямі докази в основному зосереджені на...; прямих доказів щодо... досі бракує.

```

Другий абзац: Класифікація доказів.

текст

Прямі докази:

- Посилання А: ...

Непрямі докази:

- Посилання Б: ...

Прямих доказів не знайдено:

- Не знайдено в цьому раунді...

```

Третій абзац: Короткий опис механізму.

Групувати за темами, наприклад:

• шлях апоптозу/каспази

• оксидативний стрес

• мітохондріальна дисфункція

• Стрес у відділенні невідкладної допомоги

• гіпоксія/метаболічний стрес

• запалення

• невідповідність розвитку

Четвертий абзац: Прогалини в дослідженнях.

Чітко вкажіть, яким питанням бракує прямих доказів.

П'ятий абзац: Натхнення з експерименту.

Якщо користувачеві потрібен план експерименту, надайте маркер, аналіз, часову точку та контроль.

5. Повний список літератури в кінці статті

Якщо в тексті є посилання на конкретне джерело, повний список посилань має бути доданий у кінці статті.

Формат:

«уцінка»

## Повний список довідкової інформації

1. Сміт Дж. та ін., **Назва журналу** (2021), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF=X,Qn}*

2. Ван Х та ін., **Назва журналу** (2022), [DOI: 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=Потрібно перевірити}*

```

Формат автора:

• 1–3 автори: Перелічіть усіх.

• Більше 3 авторів: Перший автор та ін.

PMID / DOI / URL-адреса має бути клікабельною.

6. Перевірка та маркування IF

6.1 Спочатку пояснимо практичні обмеження перевірок ІЧ.

Зазвичай офіційний імпакт-фактор журналу визначається зі звітів про цитування журналів Clarivate (JCR). Однак, будь-який зовнішній агент зазвичай не має облікового запису Clarivate/JCR або локальної таблиці JCR, тому не перевіряйте його цим шляхом.

```

6.2 Практичні методи використання навички IF

Основний маршрут:

1. Якщо вхідним даними є PMID, спочатку скористайтеся електронними утилітами NCBI для отримання метаданих PubMed.

- Отримати повну назву журналу. - Отримати скорочення джерела/ISO. - Отримати ISSN/eISSN. - Отримати допоміжні поля, такі як назва, рік та DOI.

2. Використовуйте загальнодоступний мобільний JSON-інтерфейс iikx/iscience для запитів до журналів.

API пошуку:

текст

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=<запит_до_журналу>

```

API деталей:

текст

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=<ідентифікатор>

```

3. Виконайте консервативний пошук у результатах пошуку.

- Надає пріоритет точним нормалізованим збігам назв журналів. - По-друге, надає пріоритет точним збігам скорочень. - Виявляє велику обережність при роботі з короткими та широкими термінами. - Не приймає очевидні невідповідності підрядків, такі як невідповідність "Nature" серії "Nature Reviews". - Повертає неоднозначні/не знайдено результати, якщо збіг нестабільний, а не здогадки.

4. Якщо PubMed надає скорочення, спробуйте розширити його до повної назви або альтернативної назви за допомогою каталогу NLM.

Інтерфейс пошуку в каталозі NLM залишається NCBI E-utilities:

текст

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=[Скорочення назви]&retmode=xml&retmax=1

```

Потім використовуйте ESummary, щоб отримати Title / TitleAlternate.

5. Зчитайте з результатів детального аналізу iikx:

- Імпакт-фактор. - Рік IF. - Квартиль JCR. - Квартиль CAS/CAS, якщо застосовується. - URL-адреса джерела. - Достовірність збігу.

6. Не вказуйте рік видання IF в основному тексті під час анотування; використовуйте компактні анотації.

У заключній анотації слід зазначити лише:

текст

*{ЯКЩО = X, Qn}*

```

Якщо це не вдається:

текст

*{IF=Очікує перевірки}*

```

або:

текст

*{IF=Не виявлено}*

```

6.3 Конкретні кроки

Виконайте наступну процедуру для кожного документа.

Крок 1: Підготуйте назву журналу для пошуку.

Пріоритетне отримання даних з метаданих PubMed:

текст

Повна назва журналу

ISOАбревіатура / Джерело

ISSN

електронний ISSN

```

Якщо доступний лише DOI, спочатку скористайтеся Crossref або OpenAlex, щоб отримати назву журналу.

Перехресне посилання:

текст

https://api.crossref.org/works/

```

OpenAlex:

текст

https://api.openalex.org/works/https://doi.org/

```

Крок 2: Стандартизуйте назви журналів.

Правила стандартизації:

• Усі літери нижнього регістру.

• HTML-екранізація.

• Замініть & на and.

• Видаліть розділові знаки.

• Поєднуйте кілька просторів.

• Під час порівнянь також можна використовувати компактну форму, яка видаляє всі пробіли.

Приклад псевдокоду:

Пітон

імпортувати re, html

визначена норма(и):

s = html.unescape(s або '').lower()

s = re.sub(r'&', ' та ', s)

s = re.sub(r'[^a-z0-9]+', ' ', s)

повернути re.sub(r'\s+', ' ', s).strip()

визначений компактний(і) файл(и):

повернути норму(и).replace(' ', '')

```

Крок 3: Зробіть запит до інтерфейсу пошуку iikx.

текст

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=<запит_до_журналу>

```

Рекомендується встановити User-Agent, наприклад:

текст

Мозіла/5.0

```

Якщо на першій сторінці не знайдено точного збігу, можна перегорнути обмежену кількість сторінок, наприклад, до 8 сторінок.

Параметри перегортання сторінок зазвичай такі:

текст

сторінка=2

сторінка=3

```

Крок 4: Виберіть кандидатів з результатів пошуку.

Зазвичай кандидатські поля включають:

текст

ідентифікатор

класифікатор

титул

невеликий заголовок

IF або IF2024

zky2020

URL-адреса

```

Правила зіставлення:

• Якщо compact(query) == compact(candidate.title), прийняти.

• Якщо norma(запит) == norma(кандидат.титул), прийняти.

• Якщо compact(query) == compact(candidate.smalltitle), прийняти.

• Якщо norma(запит) == norma(кандидат.smalltitle), прийняти.

• Не приймайте підрядок, якщо запит не є достатньо довгим та однозначним.

• Будьте особливо обережні з короткими словами, такими як Природа, Наука, Клітина, Мозок, Зір та Сітківка.

Крок 5: Якщо збіг не знайдено, використовуйте розширену абревіатуру каталогу NLM.

Наприклад, у PubMed джерело таке:

текст

Вільний радик Біол Мед

```

Ви можете перевірити:

текст

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=Free%20Radic%20Biol%20Med%5BTitle%20Abbreviation%5D&retmode=xml&retmax=1

```

Після отримання ідентифікатора каталогу NLM використовуйте його наступним чином:

текст

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=nlmcatalog&id=&retmode=xml

```

Читати:

текст

Назва

Альтернативна посада

```

Потім використовуйте ці повні імена для пошуку iikx.

Крок 6: Перевірте інтерфейс деталей iikx.

Якщо результати пошуку містять:

текст

ідентифікатор=<ідентифікатор>

classid=<ідентифікатор класу>

```

Зателефонуйте:

текст

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=<ідентифікатор>

```

Читайте детально:

текст

ЯКЩО 2024, ЯКЩО 2023, ЯКЩО 2022 ...

ЯКЩО

zky2020 або інші поля квартилів JCR

jcr22 / jcr12 або поле розділу

ISSN

eissn

титул

невеликий заголовок

категорія

```

Крок 7: Виберіть останній оператор IF.

Пошук у повернутих полях усіх екземплярів форми:

текст

IF20xx

```

Наприклад:

текст

ІФ2024

ІФ2023

ІФ2022

```

Виберіть рік з найбільшою значущою цифрою.

Якщо IF20xx відсутній, спробуйте прочитати:

текст

ЯКЩО

якщо_значення

```

Якщо не знайдено жодного дійсного значення, воно позначається як невиявлене.

Крок 8: Виведіть рівень достовірності та мітку.

Якщо точна назва/скорочення збігається, а detail повертає коректний IF:

текст

*{ЯКЩО = X, Qn}*

```

Якщо результат матчу невизначений:

текст

*{IF=Очікує перевірки}*

```

Якщо публічний API не повертає результатів:

текст

*{IF=Не виявлено}*

```

6.4 Формат анотації IF

Фіксований формат:

текст

*{ЯКЩО = X, Qn}*

```

Приклад:

«уцінка»

Сміт Дж. та ін., **Нейрон** (2020), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF=15.0, Q1}*

```

Примітка:

• Рік JCR не вказується всередині анотації IF.

• Не пишіть «2024 JCR IF».

• Не пишіть «JCR 2024».

• Зберігається лише рік видання.

• Якщо ПЧ дорівнює 0,0, є нульовим, має нестабільне джерело або нестабільне збігання, число не відображатиметься.

6.5 Стандартна обробка невдалих перевірок IF

Не здогадуйся.

Не використовуйте назву журналу для заповнення номерів.

Не використовуйте великі моделі для запам'ятовування та заповнення операторів IF.

У разі невдачі дозволено перебувати лише в трьох станах:

текст

*{IF=Очікує перевірки}*

```

Використовується для:

• Результати пошуку нечіткі.

Існує кілька подібних журналів.

• Було знайдено лише скорочення, але повну назву підтвердити не вдалося.

• ІФ, отриманий з загальнодоступних джерел, є сумнівним.

текст

*{IF=Не виявлено}*

```

Використовується для:

• Публічний інтерфейс не повернув жодних результатів.

• Журнал не покривається SCI/JCR.

• Новий випуск ще не має IF.

текст

*{IF=Не підлягає публічній перевірці}*

```

Використовується для:

• Користувачеві потрібен офіційний JCR, але поточний агент не має дозволів Clarivate/JCR.

7. Заключний список самоперевірки

Обов'язково перевіряти перед відправкою:

• Чи слід спочатку відповідати на основні запитання користувача?

• Чи слід розрізняти прямі докази, непрямі докази та відсутність прямих доказів.

• Чи всі текстові цитати клікабельні?

• Чи є повний список літератури в кінці статті?

• Чи кожен документ містить позначку IF (вхід/вихід) або позначку, що очікує перевірки/не виявлено?

• Чи є PMID/DOI/URL-адреса клікабельною.

• Чи уникає це підміни загальних результатів аналізу тканин висновками щодо конкретних типів клітин?

• Чи дозволяє це уникнути заміщення збільшення загальної експресії активацією/фосфорилюванням?

• Чи слід вказувати препринт.

• Чи визначає воно межі пошуку?

• ЯКЩО, чи не ґрунтувалося це на пам'яті чи здогадках.

8. Відтворюваний псевдокод

Пітон

запити = build_queries(запитання_користувача)

всі_pmids = []

для запиту в запитах:

pmids = ncbi_esearch(запит, retmax=20, сортування='релевантність')

all_pmids.extend(pmids)

pmids = deduplicate_keep_order(всі_pmids)

метадані = ncbi_esummary(pmids)

абстракції = ncbi_efetch_abstract(pmids)

записи = merge_metadata_and_abstracts(метадані, анотації)

записи = tag_evidence(записи, user_question)

записи = ранг_записів(записи)

вибрано = select_top_records(записи)

якщо need_fulltext:

для запису в selected_key_records:

pmcid = idconv_pmid_to_pmcid(запис.pmid)

якщо pmcid:

record.fulltext = fetch_bioc_or_pmc_xml(pmcid)

Для запису у вибраному:

journal_query = record.full_journal_name або record.journal_abbrev

якщо_результат = пошук_якщо_публічний_iikx(запит_до_журналу)

якщо_результат.впевнений:

record.if_annotation = f'*{IF={if_result.if_value}，{if_result.quartile}｝*'

elif if_result.ambiguous:

record.if_annotation = '*{IF＝Очікує перевірки}*'

інше:

record.if_annotation = '*{IF=Не виявлено}*'

відповідь = написати_відповідь(

висновок

групи_доказів,

посилання на текст, що можна натискати,

повний_список_посилань_з_якщо

)

```

9. Рекомендований шаблон остаточної поставки

«уцінка»

на завершення:

...

Рівень доказовості:

Прямі докази:

- ……[[1. **Журнал**, Рік]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Непрямі докази:

- …[[2. **Журнал**, Рік]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Прямих доказів не знайдено:

- ……

Короткий опис механізму:

1. ……

2. ……

Межі пошуку:

Цей раунд пошуку в основному охоплював PubMed, PMC, BioC та bioRxiv; початковий скринінг базувався на метаданих та анотаціях, при цьому лише ключові документи проходили повнотекстову перевірку. Анотації IF базувалися на загальнодоступних джерелах; документи, які не могли бути зіставлені з високою впевненістю, були позначені як такі, що очікують перевірки або не виявлені.

Повний список літературної інформації:

1. Сміт Дж. та ін., **Назва журналу** (2021), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF=X, Q1}*

2. Ван Х та ін., **Назва журналу** (2022), [DOI: 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=Потрібно перевірити}*

```