這是專為學術研究人員設計的五部分教學，幫助你開始使用 Codex。
我以淺顯易懂的語言撰寫，你不需要任何技術背景也能理解這份教學或使用 Codex或使用 Codex。
第一部分：什麼是 Codex？
Codex 是一個可以在你電腦上運行的工具。別被「程式碼」這個詞嚇到。你不需要任何程式設計或編寫程式的技能就能使用它。你安裝 Codex 應用程式到電腦上，就像安裝 Zoom 或 Zotero 這類應用程式一樣。
一旦安裝完成，你打開你的專案資料夾（論文、報告等），然後讓 Codex 在資料夾內工作。Codex 可以讀取資料夾中的檔案、編輯現有檔案，以及建立新檔案。當你回到工作時，它也能繼續處理已儲存的會話和專案指示。
與 ChatGPT 和 Gemini 這類僅能「對話」的瀏覽器型應用程式不同，Codex 實際上可以為你「執行」任務。
1.1 為什麼你應該關心它的重要性為何？
你是一位研究人員，電腦裡有一個資料夾，裡面有幾份 PDF、你的論文草稿、試算表、資料集，以及一些訪談逐字稿。所有這些文件都與你的專案相關，但你需要連結已發表的文獻、收集到的資料以及你自己的筆記。
這正是 Codex 擅長的應用場景。
大多數學術界人士和研究人員都在瀏覽器中使用過 AI 應用程式（ChatGPT、Claude、Gemini 等）。你打開一個分頁，輸入提示，AI 就會回覆。如果你想詢問關於論文或草稿的問題，你會將它們添加到 ChatGPT 或 Claude。
Codex 的不同之處在於，不是你把檔案帶到瀏覽器中的 AI 應用程式，而是你把 AI 帶入包含所有資料的資料夾中。
1.2 為什麼 Codex 對學術工作很重要
Codex 能夠成為你可靠且強大的研究助手，主要有兩個根本原因。
首先，Codex 可以遵循關於你、你的研究、你的寫作風格以及你不斷演進的研究需求的專案指示。如果你將這些需求放在一個可見的指示檔案中，就不必重複解釋。
其次，由於 Codex 在你的電腦資料夾內工作，它可以同時處理多個檔案。例如，它可以瀏覽資料夾中能讀取的 PDF，並從中提取相關資訊（目標、方法論等）。你甚至可以要求它根據提取的資訊建立一個新檔案。
Codex 可以處理多種檔案類型，從 Word 檔案到 Excel 試算表、PDF 等，不過掃描檔或格式不佳的檔案可能需要額外檢查。
1.3 實際上這代表什麼？
如果你是質性研究人員，將裝滿訪談逐字稿的資料夾載入，要求 Codex 找出特定話語的每個實例，例如每位參與者如何談論某個主題。然後要求它尋找跨訪談的共同主題。
如果你是量化研究人員，在資料夾中加入一個雜亂的 CSV 或 Excel 試算表，要求 Codex 算表，要求 Codex 幫你清理。你可以要求它執行描述性統計，或要求它解釋審查員提出的關鍵評論。
1.4 Codex 不是什麼
Codex 是一個非常強大的工具，但它不能取代你的專業判斷。它可以起草、摘要、編碼，但什麼算是論點或證據，是你的責任。
能夠成功使用 Codex 的學術界人士，是那些將其視為研究助手的人，而不是那些將所有思考和判斷都外包給它的人。
第二部分：安裝 Codex 應用程式，你的第一次會話
如果你不熟悉 Codex，請預留 15-20 分鐘來安裝和設定。你不需要任何程式設計技能就能使用 Codex。
你需要在電腦上使用 Codex，就必須擁有 ChatGPT Plus 或 Pro 方案。
2.1 安裝
Codex 應用程式同時提供 Windows 和 Mac 版本。前往 openai.com/codex 下載與你電腦相容的版本。像執行其他安裝程式（例如 Zoom、Zotero 等）一樣執行它。
安裝完成後打開應用程式。第一次打開時，Codex 會要求你透過瀏覽器登入或連結你的帳戶。登入後，你會看到一個工作區，可以在其中開始會話。
預設情況下，Codex 會在你的「文件」中建立一個名為「Playground」的資料夾。除非你移動到其他資料夾，否則你做的所有事情都會在這個資料夾內完成。
2.2 打開你的第一個資料夾（專案）
Codex 將資料夾視為「專案」。除了名稱之外，兩者沒有區別。
為了練習，請在你的電腦上建立一個名為「Codex 研究助手」的資料夾。然後點擊聊天列下方的「Playground」。從下拉選單中選擇「新增專案」，並瀏覽到你剛剛建立的資料夾。
現在 Codex 就在那個資料夾裡面。根據你授予的權限，它可以存取主資料夾內的檔案和子資料夾。
2.3 會話是什麼樣子
會話就是你在主聊天面板中與 Codex 進行的對話，就像在 ChatGPT 等瀏覽器應用程式中一樣。
互動方式與 ChatGPT 等瀏覽器型應用程式類似。唯一的區別是，現在 Codex 可以存取你電腦上的檔案。它還能在你的電腦上建立檔案。
進入資料夾後，給 Codex 一個簡單的提示，例如：
讀取資料夾中的所有論文，並將它們的主要論點整理成一個單獨的檔案。
就是這樣。你與 Codex 的大部分互動都是撰寫像這樣的指示。
Codex 會繼續從論文中檢索相關資訊，並開始建立一個新檔案。這個檔案會出現在你正在工作的資料夾中。
在進行過程中，它可能會請求你的許可。你可以設定 Codex 的權限，但在初期，讓 Codex 請求許可是一個好主意。你不希望 Codex 在未經你同意的情況下刪除或更改任何重要檔案。
你在 Codex 中開始的每個會話都會儲存在應用程式的對話記錄中。
第三部分：Codex 作為你的研究助手
當 Codex 在一個資料夾中開始工作時，它會尋找一個名為 AGENTS.md 的檔案來遵循一組指示。請注意大寫字母，這很重要。
建立 AGENTS.md 檔案有兩種方法：自動和手動。
3.1 手動建立
如果你想手動建立，在 Windows 上打開記事本，或在 Mac 上打開文字編輯，寫下你希望 Codex 遵循的指示類型。請注意，你只需要用簡單的語言寫下這些指示。你不需要使用任何程式設計或程式語言。
你可以將 AGENTS.md 檔案分為以下幾個部分：
#角色
這裡的井號表示這是一個標題。
描述你希望 Codex 作為你的研究助手扮演的角色類型。提供一些關於你的研究領域和當前專案的細節。
#標準
描述與你的研究領域相關的學術標準。例如，你可以告訴 Codex 遵循特定的引用格式或研究論文的特定結構。
#寫作風格
告訴 Codex 你希望它遵循的寫作風格，無論是學術風格還是非正式風格。
#評論風格
描述你希望 Codex 如何評論你的工作，無論是專注於你的論點、證據還是方法論。
將檔案儲存為 AGENTS.md，放在你電腦上的主要專案資料夾中，這樣就完成了。
你不需要一個完美無缺的 AGENTS.md 檔案。隨著專案的發展，你隨時可以回去編輯它。
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3.2 自動建立
如果你不想手動建立 AGENTS.md 檔案，只需在 Codex 中開始一個聊天會話，並提供關於其角色、標準、寫作風格和評論風格的詳細資訊。然後要求它使用這些資訊建立一個 AGENTS.md 檔案。
Codex 會建立該檔案並儲存到你的專案資料夾中。
3.3 記憶與專案脈絡
當你在專案中工作時，Codex 可以使用專案資料夾中的指示和檔案作為脈絡。某些 Codex 設定可能也具有記憶功能，但你不應該依賴隱藏的記憶作為 Codex 記住你專案的主要方式。
每次你開始一個會話，Codex 都可以讀取 AGENTS.md 以及你要求它檢查的專案檔案，並使用它們來回答你的問題。
隨著時間推移，你的指示和可見的專案筆記為 Codex 提供了足夠關於你和工作的脈絡，使其成為一個可靠的研究助手。
你可以透過輸入「告訴我你正在為這個專案遵循哪些指示」來詢問 Codex 關於其指示的資訊。如果某項資訊過時了（例如引用格式），只需用新資訊更新 AGENTS.md 即可。
3.4 不該放入 AGENTS.md 的內容
不要在 AGENTS.md 中放入任何機密資訊，或任何你不希望 AI 使用的內容。
不要讓 AGENTS.md 變成一組過時的資訊，因為這會對其輸出產生相當大的影響。你可能每隔幾週就想更新一次。
第四部分：處理你的研究文件
Codex 資料夾不需要整理得井井有條。這並不意味著你可以開始將不相關的檔案放入這個資料夾。它的意思是，你不應該在開始之前花費任何時間來整理它。Codex 可以幫你做到這一點。你可能唯一想記住的是，不要給你的檔案取一些令人困惑的名稱，例如「論文（最終版）（最終版2）（用這個）」。
加入一堆與你的專案相關的 PDF、Word 檔案、資料集、訪談逐字稿等。
假設你有二十篇與研究主題相關的研究論文，你想找到一個貫穿所有論文的共同主題。或者，你也許有一個特定的主張或論點，並且正在尋找呈現支持或反對該主張的證據的論文。
在 Codex 中打開資料夾，並撰寫一個提示，例如：
讀取這個資料夾中的每份 PDF，並告訴我哪些文章不同意以下論點：[在此貼上論點]
Codex 會讀取資料夾中它能存取的 PDF，並從這些文章中提供相關資訊。Codex 的回答可能以表格形式呈現。
4.1 文獻回顧的研究助手
如果你是一位經常進行系統性回顧的生物醫學研究人員或社會科學家，請下載五十篇研究文章，並將它們放入一個名為「使用 Codex 進行系統性回顧」的資料夾中。
在 Codex 中打開資料夾，提供你的篩選（納入/排除）標準，並要求它篩選資料夾中的所有論文。
Codex 會根據你的標準篩選論文，並以表格形式呈現結果。在依賴這些結果之前，你仍然應該自行驗證。
4.2 處理逐字稿
如果你是質性研究人員，可以將訪談逐字稿加入 Codex 資料夾，並要求它提取與特定主題相關的資訊。
例如，你可以要求它提取每位受訪者如何回答特定問題。
4.3 交給 Codex 一項繁瑣的任務
將大約五十個 PDF 放入一個資料夾，並在 Codex 中打開它。然後要求它全部瀏覽一遍，並使用它們的標題重新命名。
你會看到 Codex 在幾分鐘內就完成了必要的工作。在初期，請要求它在實際重新命名檔案之前向你顯示建議的新名稱。
4.4 要求 Codex 建立檔案
由於你的專案會不斷發展，你可能也希望 Codex 為你建立某些檔案，以便在需要時可以回頭查閱。這也有助於 Codex 在專案發展過程中更容易檢索。
每當你要求 Codex 要求 Codex 執行一項重要任務，例如篩，例如篩選論文或從逐字稿中提取資訊時，要求它將你的答案以檔案形式儲存在資料夾中。
通常，Codex 會將這些檔案儲存為 Markdown（md）格式，這種格式佔用空間非常小，而且 Codex 且 Codex 很容易從中檢索資訊。但你也可以要求它建立一個 Word 檔案或 Excel 試算表。
第五部分：Codex 技能
技能是一組指示，使 Codex 成為某項任務的專家。就像 AGENTS.md 檔案一樣，技能也是用簡單的英文撰寫的，但在 Codex 中，它通常存在於一個包含在一個名為 SKILL.md 檔案的資料夾中。就像 AGENTS.md 一樣，你可以手動和自動建立技能檔案。
一旦你建立了一個技能，當任務與技能描述相符時，Codex 就可以使用它。你也可以透過名稱自行呼叫技能，例如輸入類似「$技能名稱」加上你的提示。
建立技能最簡單的方法是要求 Codex 為你建立。假設你經常有 Zoom 通話，並且有這些通話的逐字稿。對於每次通話或逐字稿，你想提取可執行的項目或待辦事項。
要建立一個技能，請開始一個 Codex 一個 Codex 會話，直接要求它建立一個用於從 Zoom 逐字稿中提取可執行事項的技能。
Codex 會開始工作。它可能會問你一些後續問題，並建立一個技能檔案，如果你願意的話可以編輯它。也許你希望 Codex 在回應時遵循特定的結構。
技能建立完成後，重新啟動 Codex 或重新載入專案，該專案，技能就可以使用了。
5.1 AGENTS.md 與技能的區別
AGENTS.md 包含關於你和你的專案的全局性或專案層級的指示。它為 Codex 提供了關於你和你的研究的宏觀圖景。
另一方面，技能是針對特定任務的。這些檔案包含更為具體和細微。AGENTS.md、技能以及可見的專案筆記協同作用，為你提供最佳的回應。
5.2 不該委派給 Codex 的事項
Codex 非常擅長處理勞動密集、耗時且重複的任務。將這些任務外包給 Codex。但 Codex 無法創造出真正算得上是學術成果的東西，因為它無法為你提供新穎且原創的論點。
它可以綜合資訊，讓你用來支持你的論點，但提出原創論點的工作仍然是身為研究人員的你的責任。
