Bio/Med深度可靠研究
適用情境：完成一輪生物/生物醫學類科研文獻檢索並給使用者提供詳實可靠的輸出1. 使用者發起檢索後系統拆解問題和關鍵字2. 使用公開、可複現的資料來源檢索文獻3. 對檢索結果進行去重、分層、證據分級和排序4. 回應中使用可點擊正文回復5.文末逐條列出完整文獻訊息，並以公開可查路線標註IF；若無法高置信核驗，必須標示為「待核驗」或「未檢出」。
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這項技能是生物醫學研究的可靠指南，透過結構化查詢、多階段文獻篩選和嚴謹的IF核查，確保提供高度準確且可驗證的科研資訊。
指令
這套流程的核心是：先用多query 在PubMed / NCBI E-utilities 做可複現初篩，再用PMID 去重和摘要證據分級；只有少量關鍵文獻進入PMC / BioC 全文複現；正文引用必須可點擊；文末必須列完整文獻資訊；IF 只能透過取信可存取權，不能將其保留使用保守結果
1. 使用者發起檢索後的預處理
1.1 先解析使用者問題
收到用戶問題後，先把自然語言問題拆成結構化要素。
必須識別：
• 研究對象：基因、蛋白、藥物、通道、細胞類型、組織、疾病、模型。
• 生物系統：人、小鼠、大鼠、斑馬魚、類器官、視網膜、腦區、細胞係等。
• 關係類型：表現、調控、功能、機制、表型、死亡、存活、治療、毒性、發育、退化等。
• 證據需求：是否需要直接證據、機制證據、全文證據、圖表、劑量參數、實驗方法。
• 時間範圍：不限時間、近5 年、近1 年、最新進展、經典文獻。
• 產出類型：簡答、代表文獻、綜述式總結、實驗設計建議、證據表、機製圖譜。
範例：
用戶問題：
“幫我找視網膜類器官死亡相關文獻。”
結構化拆解（例）：
• 核心模式：retinal organoid, retina organoid, hPSC-derived retinal organoid, optic cup organoid。
• 表型：cell death, apoptosis, degeneration, survival loss, stress, necrosis。
• 相關細胞：photoreceptor, cone, rod, retinal ganglion cell, Müller glia。
• 潛在機制：oxidative stress, ER stress, mitochondrial dysfunction, hypoxia, inflammation, ferroptosis, necroptosis。
• 證據目標：優先找直接在人源或動物源retinal organoid 中觀察到細胞死亡/凋亡/退化的原始研究；再找間接機製文獻。
1.2 關鍵字拆分原則（範例）
不要只寫一個檢索式。每個概念至少準備三類詞。
第一類：精確詞。
• retinal organoid
• retina organoid
• human retinal organoid
• hPSC-derived retinal organoid
• iPSC-derived retinal organoid
第二類：同義詞和上位詞。
• optic cup organoid
• 3D retinal culture
• stem cell-derived retina
• retinal differentiation
• retinal tissue model
第三類：機制和表型詞。
• apoptosis
• cell death
• degeneration
• survival
• stress
• oxidative stress
• ER stress
• mitochondrial dysfunction
• hypoxia
• necroptosis
• ferroptosis
如果使用者限定細胞類型，加入：
• photoreceptor
• cone
• rod
• retinal ganglion cell
• Müller glia
• bipolar cell
• amacrine cell
如果使用者限定物種或來源，加入：
• human
• mouse
• rat
• zebrafish
• hESC
• iPSC
• pluripotent stem cell
1.3 產生分層檢索式
至少生成3–6 組query。每組query 對應一個檢索目的。
第一層：直接證據檢索。
用於找出目標模型+ 目標表型直接命中的文獻。
```text
("retinal organoid" OR "retina organoid" OR "human retinal organoid") AND (apoptosis OR "cell death" OR degeneration)
```
第二層：擴充模型檢索。
用於捕捉作者沒有使用retinal organoid 精確詞但實際相關的文獻。
```text
("optic cup organoid" OR "3D retinal culture" OR "stem cell-derived retina") AND (survival OR apoptosis OR stress)
```
第三層：機制專項檢索。
用於驗證具體通路或機制。
```text
("retinal organoid" OR "retina organoid") AND ("oxidative stress" OR "ER stress" OR hypoxia OR mitochondria)
```
第四層：細胞類型專項檢索。
```text
("retinal organoid" OR "retina organoid") AND (photoreceptor OR cone OR rod OR "retinal ganglion cell") AND (death OR apoptosis OR degeneration)
```
第五層：疾病模型檢索。
```text
("retinal organoid" OR "retina organoid") AND (disease OR degeneration OR dystrophy OR retinitis OR glaucoma)
```
第六層：綜述/背景檢索。
```text
("retinal organoid" OR "retina organoid") AND (review OR protocol OR model)
```
研究
2. 使用什麼方法、在什麼網站檢索
2.1 首選：PubMed / NCBI E-utilities
PubMed 是生物醫學文獻檢索首選。不要預設抓PubMed 網頁。應使用NCBI E-utilities API。
2.1.1 ESearch：用query 取得PMID
接口：
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi
```
參數：
```text
db=pubmed
term=<檢索式>
retmode=json
retmax=20
sort=relevance
```
也可依時間排序：
```text
sort=pub+date
```
範例：
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20 %22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance
```
返回中讀取：
```text
esearchresult.idlist
```
這就是PMID 清單。
2.1.2 ESummary：取得文獻metadata
接口：
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi
```
參數：
```text
db=pubmed
id=PMID1,PMID2,PMID3
retmode=json
```
提取字段：
• PMID
• title
• fulljournalname
• source / journal abbreviation
• pubdate
• authors
• articleids 中的DOI、PMCID
• volume、issue、pages
2.1.3 EFetch：取得摘要和XML 細節
接口：
```text
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi
```
參數：
```text
db=pubmed
id=PMID1,PMID2
retmode=xml
rettype=abstract
```
提取字段：
• ArticleTitle
• AbstractText
• Journal Title
• ISOAbbreviation
• ISSN / eISSN
• PubDate
• DOI
• PMCID
• MeSH terms
2.1.4 批次檢索策略
推薦流程：
1. 對每個query 呼叫ESearch。
2. 每個query 取前5–20 篇。
3. 合併所有PMID。
4. 按PMID 去重。
5. 用ESummary / EFetch 批次取得metadata 和abstract。
6. 初篩階段只讀metadata + abstract，不要一開始抓全文。
────────────────
2.2 第二階段：PMC / BioC 全文複核
只有以下情況才會進入全文：
• 使用者要求精讀全文。
• 摘要不足以判斷機制。
• 需要圖表、實驗方法、濃度、劑量、IC50、EC50、Kd、Ki。
• 已篩選出少量關鍵PMID，需要逐篇機制複核。
2.2.1 PMID 轉PMCID
接口：
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=
```
如果傳回PMCID，說明可能有PMC 開放全文。
2.2.2 優先BioC JSON
接口：
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json/
```
優點：結構化程度高，適合抽取正文段落。
2.2.3 BioC 不可用時嘗試PMC XML
接口：
```text
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/
```
抽取正文時跳過：
• references
• bibliography
• acknowledgements
• author contributions
• competing interests
全文複審必須設定停止判據：
• 每篇文獻只掃描一次。
• 預設只抽取與問題相關的段落。
• 若未命中目標字段，標註「未見直接證據」。
• 不要無限換關鍵字重複抓取。
────────────────
2.3 bioRxiv / medRxiv
用於補充最新預印本。
可以使用官方API：
```text
https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
```
也可用普通搜尋作為補充：
```text
site:biorxiv.org retinal organoid apoptosis
site:medrxiv.org retina organoid degeneration
```
預印本必須標註：
```text
預印本，未經同儕評審。
```
────────────────
2.4 Crossref / OpenAlex / Unpaywall
用於補全DOI、開放全文地址、出版資訊。
Crossref：
```text
https://api.crossref.org/works?query.title=