Dieci giorni fa ho ricevuto un'email da Anthropic. Il mio progetto è stato selezionato per il loro programma AI for Science, con 30.000 dollari in crediti Claude. Grazie a tutti coloro che fanno parte del programma per aver sostenuto questa iniziativa 🫶
Il progetto è il mio stesso tumore 🥹
Ho 35 anni e un cancro al seno al quarto stadio. Sono una software engineer e da marzo sto sviluppando strumenti per capire il mio cancro. Oggi posso scrivere il nome di un gene e vederlo in migliaia di cellule del mio tumore.
La mia metastasi epatica, cellula per cellula. Ogni punto è una cellula e il colore indica quanto di un determinato gene (ESR1) contiene.
Mi serve anche qualcuno in grado di produrre un vaccino personalizzato per me e un ospedale disposto a somministrarmelo. Ne parlo più nel dettaglio alla fine.
Come è iniziato tutto
Per molto tempo i medici hanno detto che il mio dolore era sciatalgia. Continuava a peggiorare, così alla fine ho pagato di tasca mia una risonanza magnetica. Il referto mi è arrivato via email a gennaio 2024 e l'ho letto da sola. Ero convinta fosse un errore.
A marzo di quest'anno il mio cancro è progredito e ho deciso di imparare tutto il possibile sul mio tumore.
A che punto siamo
Il mio cancro ha colpito fegato e ossa. Il mio tumore è di un tipo raro. Non esistono linee guida specifiche per un caso come il mio e ogni risposta richiede settimane.
Il mio fegato in 3D, ricostruito dalla mia TAC. Le macchie gialle sono lesioni. Alcune sono state individuate dall'IA e un radiologo non le ha ancora confermate.
L'obiettivo è un vaccino personalizzato, creato a partire dal mio stesso tumore, affinché il mio sistema immunitario impari cosa attaccare.
Quando ho iniziato non sapevo bene cosa fosse un neoantigene. Ora riesco a leggere un referto di sequenziamento e a parlare con i ricercatori senza perdermi troppo spesso.
Come è costruito
Lo sviluppo con Claude Code. È un team di oltre 30 agenti, ognuno con un compito preciso. Uno legge articoli scientifici e cerca trial clinici in altri Paesi. Un altro si limita a verificare ogni singolo dato confrontandolo con la fonte originale. Quando una domanda è complessa, due o tre agenti rispondono in modo indipendente e, se non sono d'accordo, io lo vedo. Report e file arrivano sul mio telefono tramite Telegram e nulla viene inviato all'esterno senza la mia approvazione.
Tutte le decisioni mediche spettano ai miei dottori. Gli agenti mi aiutano ad arrivare a ogni visita con domande migliori, e gli esperti le revisionano. A volte le cambiano parecchio.
Il protocollo di biopsia
Avevo bisogno di una nuova biopsia, a Zurigo. Ripetere una biopsia non è semplice. Se un campione non viene prelevato, o non viene conservato nel modo giusto, va perso.
Così ho scritto il protocollo insieme al mio sistema: quali campioni prelevare e come conservarli in base a ciò che avremmo voluto analizzare in seguito. Poi il team del laboratorio della Dott.ssa Paloma Cejas al Dana-Farber, che avrebbe analizzato i campioni, lo ha revisionato e migliorato.
Il mio tumore, cellula per cellula
Questo mi fa ancora venire i brividi.
Il laboratorio della Dott.ssa Cejas ha sequenziato le mie metastasi epatiche e ossee cellula per cellula, con una tecnologia chiamata 10x Flex che funziona su tessuto conservato. Ho i dati sul mio portatile.
Nessuna conclusione per ora. Li stiamo esaminando lentamente insieme al team.
Una mappa 3D della mia malattia
Avevo fatto due PET e accumulato tantissimi referti, ma non riuscivo a vedere il quadro completo.
A sinistra: tutte le lesioni ossee delle mie due PET, colorate in base al tracciante. A destra: una delle mie vertebre in 3D, visualizzata con ciascuna PET e con la TAC.
Così ho costruito una mappa 3D delle mie metastasi partendo da quelle due scansioni. L'abbiamo usata con la mia équipe medica per decidere quale lesione sottoporre a biopsia. La decisione finale è stata loro. Ha aiutato molto il fatto che stessimo tutti guardando la stessa mappa.
Quando il mio port-a-cath ha smesso di funzionare, l'ho ricostruito in 3D a partire da tre TAC eseguite a distanza di mesi, per capire se il catetere si fosse spostato.
Il mio port-a-cath e il suo catetere in 3D, ricostruiti da tre TAC. Il dispositivo viola è un'illustrazione.
Due anni di esami del sangue in un'unica schermata
Ogni esame del sangue arriva sotto forma di PDF. Dopo qualche mese ne hai decine e nessuno li legge tutti.
Li ho riuniti in un unico pannello: oltre 1.800 valori provenienti da più di 70 prelievi effettuati da dicembre 2023. Un medico può vedere rapidamente come è cambiato ciascun valore nel tempo.
Cerco un produttore per il vaccino e un ospedale
Il prossimo passo è il sequenziamento dell'intero esoma del mio tumore confrontato con il mio DNA sano. Dopodiché, l'IA non potrà più aiutarmi molto.
Grazie a tutti coloro che hanno donato o mi hanno scritto. Se potete produrre il vaccino o somministrarlo, o sapete chi può farlo, scrivetemi. I miei messaggi diretti sono aperti e trovate tutto su helpmiriam.com 💜
