이 과정의 핵심은 다음과 같습니다. 첫째, PubMed/NCBI E-utilities에서 여러 쿼리를 사용하여 재현 가능한 초기 선별 작업을 수행하고, 둘째, PMID를 사용하여 중복을 제거하고 초록 증거 등급을 매깁니다. 핵심 문헌 중 소수만 PMC/BioC 전문 검토에 포함됩니다. 본문 내 인용은 클릭 가능해야 하며, 완전한 참고문헌 정보가 논문 끝에 명시되어야 합니다. 임팩트 팩터(IF)는 공개적으로 접근 가능한 자료를 통해서만 신중하게 확인할 수 있으며, JCR이나 로컬 데이터베이스에 있다고 가정하거나 추측할 수 없으며, 신뢰도가 낮은 일치 항목은 확정적인 결과로 간주할 수 없습니다.

1. 사용자가 검색을 시작한 후의 전처리

1.1 먼저 사용자의 질문을 분석합니다.

사용자의 질문을 받으면, 먼저 자연어로 된 질문을 구조화된 요소로 분해합니다.

신원 확인이 필수적입니다:

• 연구 대상: 유전자, 단백질, 약물, 채널, 세포 유형, 조직, 질병 및 모델.

• 생물학적 시스템: 인간, 쥐, 생쥐, 제브라피쉬, 오가노이드, 망막, 뇌 영역, 세포주 등

• 관계 유형: 발현, 조절, 기능, 메커니즘, 표현형, 사망, 생존, 치료, 독성, 발달, 퇴화 등

• 증거 요건: 직접 증거, 기전적 증거, 전문 증거, 도표, 투여량 매개변수 및 실험 방법이 필요한지 여부.

• 기간: 기간 제한 없음, 최근 5년, 최근 1년, 최신 동향, 고전 문헌.

• 출력 유형: 간략한 답변, 대표 문헌, 검토 요약, 실험 설계 제안, 증거표, 메커니즘 다이어그램.

예:

사용자 문제:

"망막 기관체 사멸과 관련된 문헌을 찾는 데 도움을 주시면 감사하겠습니다."

구조적 분해(예시):

• 핵심 모델: 망막 오가노이드, 망막 세포체 오가노이드, 인간 유도 만능 줄기세포 유래 망막 오가노이드, 시신경컵 오가노이드.

• 표현형: 세포 사멸, 세포자멸사, 퇴행, 생존력 상실, 스트레스, 괴사.

• 관련 세포: 광수용체, 원추세포, 간상세포, 망막신경절세포, 뮐러 신경교세포.

• 잠재적 기전: 산화 스트레스, 소포체 스트레스, 미토콘드리아 기능 장애, 저산소증, 염증, 페로프토시스, 괴사.

• 증거 목표: 인간 또는 동물 망막 오가노이드에서 세포 사멸/세포자멸사/퇴행을 직접 관찰한 독창적인 연구를 우선적으로 고려하고, 그 다음으로 간접적인 기전에 관한 문헌을 찾아본다.

1.2 키워드 세분화 원칙 (예시)

검색어를 하나만 작성하지 마세요. 각 개념에 대해 최소 세 가지 범주의 용어를 준비하세요.

카테고리 1: 정확한 단어.

• 망막 기관체

• 망막 기관

• 인간 망막 오가노이드

• hPSC 유래 망막 오가노이드

• iPSC 유래 망막 오가노이드

두 번째 범주는 동의어와 상위어입니다.

• 시신경컵 오가노이드

• 3D 망막 배양

• 줄기세포 유래 망막

• 망막 분화

• 망막 조직 모델

세 번째 범주는 기전 및 표현형 용어입니다.

• 세포사멸

• 세포 사멸

• 퇴행

• 생존

• 스트레스

• 산화 스트레스

• 응급실 스트레스

• 미토콘드리아 기능 장애

• 저산소증

• 괴사

• 페롭토시스

사용자가 셀 유형을 지정하는 경우 다음을 추가합니다.

• 광수용체

• 원뿔

• 막대

• 망막 신경절 세포

• 뮐러 글리아

• 양극 세포

• 아마크린 세포

사용자가 종이나 원산지를 지정하는 경우 다음을 추가하세요.

• 인간

• 생쥐

• 쥐

• 제브라피쉬

• hESC

• iPSC

• 만능 줄기세포

1.3 계층적 검색 쿼리 생성

최소 3~6개의 쿼리를 생성하세요. 각 쿼리는 검색 목표에 해당합니다.

첫 번째 단계: 직접적인 증거 수집.

목표 모델 및 목표 표현형과 직접적으로 일치하는 문헌을 찾는 데 사용됩니다.

```텍스트

("망막 오가노이드" 또는 "망막 기관" 또는 "인간 망막 오가노이드") 및 (세포 사멸 또는 "세포 사망" 또는 퇴행)

```

두 번째 계층: 확장 모델 검색.

이 용어는 저자가 "망막 기관체"라는 정확한 용어를 사용하지는 않았지만 실제로 관련성이 있는 문헌을 포착하기 위해 사용됩니다.

```텍스트

("안구컵 오가노이드" 또는 "3D 망막 배양" 또는 "줄기세포 유래 망막") 및 (생존 또는 세포사멸 또는 스트레스)

```

세 번째 단계: 메커니즘별 검색.

특정 경로 또는 메커니즘을 검증하는 데 사용됩니다.

```텍스트

("망막 기관체" 또는 "망막 기관체") 및 ("산화 스트레스" 또는 "ER 스트레스" 또는 저산소증 또는 미토콘드리아)

```

네 번째 단계: 세포 유형별 검색.

```텍스트

("망막 기관체" 또는 "망막 기관체") 및 (광수용체 또는 원추세포 또는 간상세포 또는 "망막 신경절 세포") 및 (사망 또는 세포자멸사 또는 퇴행)

```

다섯 번째 계층: 질병 모델 검색.

```텍스트

("망막 기관체" 또는 "망막 기관체") 및 (질병 또는 퇴행 또는 이영양증 또는 망막염 또는 녹내장)

```

여섯 번째 단계: 검토/배경 조사.

```텍스트

("망막 오가노이드" 또는 "망막 오가노이드") 및 (리뷰 또는 프로토콜 또는 모델)

```

2. 검색에 사용된 방법과 웹사이트는 무엇이었습니까?

2.1 권장: PubMed / NCBI E-utilities

PubMed는 생의학 문헌 검색에 가장 적합한 도구입니다. PubMed 페이지를 직접 스크래핑하는 방식은 지양하고, NCBI E-utilities API를 활용하십시오.

2.1.1 ESearch: 쿼리를 사용하여 PMID 검색

인터페이스:

```텍스트

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

매개변수:

```텍스트

db=pubmed

용어=<검색어>

retmode=json

retmax=20

정렬=관련성

```

시간순으로 정렬할 수도 있습니다.

```텍스트

정렬=출판일+날짜

```

예:

```텍스트

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

반환된 내용을 읽어보세요:

```텍스트

esearchresult.idlist

```

이것은 PMID 목록입니다.

2.1.2 요약: 문헌 메타데이터 획득

인터페이스:

```텍스트

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

매개변수:

```텍스트

db=pubmed

id=PMID1,PMID2,PMID3

retmode=json

```

추출된 필드:

• PMID

• 제목

• 전체저널명

• 출처/저널 약어

• 발행일

• 저자

• articleid에 포함된 DOI 및 PMCID

• 권, 호, 페이지

2.1.3 EFetch: 요약 및 XML 세부 정보 가져오기

인터페이스:

```텍스트

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

매개변수:

```텍스트

db=pubmed

id=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=추상

```

추출된 필드:

• 기사 제목

• AbstractText

• 저널 제목

• ISO 약어

• ISSN / eISSN

• 출판일

• DOI

• PMCID

• MeSH 용어

2.1.4 일괄 검색 전략

권장 절차:

1. 각 쿼리에 대해 ESearch를 호출합니다.

2. 각 검색어에 대해 처음 5~20개의 결과를 선택합니다.

3. 모든 PMID를 병합합니다.

4. PMID를 사용하여 중복을 제거합니다.

5. ESummary/EFetch를 사용하여 메타데이터와 추상화 데이터를 일괄적으로 검색합니다.

6. 초기 선별 단계에서는 메타데이터와 초록만 읽고, 전문부터 읽지 마십시오.

────────────────

2.2 2단계: PMC/BioC 문서 전체 검토

전문은 다음과 같은 경우에만 포함됩니다.

• 사용자들이 전체 내용을 꼼꼼히 읽어주기를 요청합니다.

• 초록만으로는 작용 메커니즘을 규명하기에 불충분합니다.

• 도표, 실험 방법, 농도, 투여량, IC50, EC50, Kd 및 Ki 값이 필요합니다.

• 소수의 핵심 PMID가 확인되었으며, 각 사례별로 검토가 필요합니다.

2.2.1 PMID에서 PMCID로

인터페이스:

```텍스트

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

PMCID가 반환되면 PMC에서 전체 텍스트를 열람할 수 있음을 의미합니다.

2.2.2 BioC JSON 우선순위 지정

인터페이스:

```텍스트

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

장점: 구조가 잘 짜여 있어 주요 단락을 추출하는 데 적합합니다.

2.2.3 BioC를 사용할 수 없는 경우 PMC XML을 사용해 보세요.

인터페이스:

```텍스트

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

본문을 추출할 때 건너뛸 부분:

• 참고자료

• 참고문헌

• 감사의 글

• 저자 기여

• 이해 상충

전문 검토에는 반드시 중단 기준이 포함되어야 합니다.

• 각 문서는 한 번만 스캔됩니다.

• 기본적으로 질문과 관련된 단락만 추출됩니다.

• 대상 필드와 일치하지 않으면 "직접적인 증거를 찾을 수 없음"으로 표시하십시오.

• 키워드를 반복적으로 추출하지 마십시오.

────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

최신 논문 초고를 보완하는 데 사용됩니다.

공식 API를 사용하실 수 있습니다.

```텍스트

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

```

일반 검색을 보조 수단으로 활용할 수도 있습니다.

```텍스트

사이트:biorxiv.org 망막 기관체 세포사멸

사이트:medrxiv.org 망막 기관체 변성

```

사전 출판물에는 다음 라벨을 붙여야 합니다.

```텍스트

본 논문은 사전 공개본이며 동료 검토를 거치지 않았습니다.

```

────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

DOI, 전문 보기 주소 및 출판 정보를 입력하는 데 사용됩니다.

크로스레프:

```텍스트

https://api.crossref.org/works?query.title=