생명/의학 분야에 대한 심층적이고 신뢰할 수 있는 연구
적용 시나리오: 생물학/생의학 연구 문헌 검색을 완료하고 사용자에게 상세하고 신뢰할 수 있는 결과를 제공합니다. 핵심 목표: 1. 사용자가 검색을 시작하면 시스템은 질문과 키워드를 분석합니다. 2. 공개적으로 이용 가능하고 재현 가능한 데이터 소스를 사용하여 문헌을 검색합니다. 3. 검색 결과를 중복 제거, 계층화, 분류 및 정렬합니다. 4. 응답에 클릭 가능한 텍스트 인용을 포함합니다. 5. 문서 끝에 문헌 정보를 모두 나열하고 공개적으로 이용 가능한 소스의 정보 영향 지수(IF)를 표시합니다. 높은 신뢰도의 검증이 불가능한 경우 "검증 대기 중" 또는 "탐지되지 않음"으로 표시해야 합니다.
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이 기능은 다단계 검색부터 영향력 지수(IF) 검증에 이르기까지 엄격한 생의학 문헌 검토 프로세스를 제공하여 매우 신뢰할 수 있고 재현 가능한 결과를 보장하므로 연구자에게 유용한 도구입니다.
지시사항
이 과정의 핵심은 다음과 같습니다. 첫째, PubMed/NCBI E-utilities에서 여러 쿼리를 사용하여 재현 가능한 초기 선별 작업을 수행하고, 둘째, PMID를 사용하여 중복을 제거하고 초록 증거 등급을 매깁니다. 핵심 문헌 중 소수만 PMC/BioC 전문 검토에 포함됩니다. 본문 내 인용은 클릭 가능해야 하며, 완전한 참고문헌 정보가 논문 끝에 명시되어야 합니다. 임팩트 팩터(IF)는 공개적으로 접근 가능한 자료를 통해서만 신중하게 확인할 수 있으며, JCR이나 로컬 데이터베이스에 있다고 가정하거나 추측할 수 없으며, 신뢰도가 낮은 일치 항목은 확정적인 결과로 간주할 수 없습니다.
1. 사용자가 검색을 시작한 후의 전처리
1.1 먼저 사용자의 질문을 분석합니다.
사용자의 질문을 받으면, 먼저 자연어로 된 질문을 구조화된 요소로 분해합니다.
신원 확인이 필수적입니다:
• 연구 대상: 유전자, 단백질, 약물, 채널, 세포 유형, 조직, 질병 및 모델.
• 생물학적 시스템: 인간, 쥐, 생쥐, 제브라피쉬, 오가노이드, 망막, 뇌 영역, 세포주 등
• 관계 유형: 발현, 조절, 기능, 메커니즘, 표현형, 사망, 생존, 치료, 독성, 발달, 퇴화 등
• 증거 요건: 직접 증거, 기전적 증거, 전문 증거, 도표, 투여량 매개변수 및 실험 방법이 필요한지 여부.
• 기간: 기간 제한 없음, 최근 5년, 최근 1년, 최신 동향, 고전 문헌.
• 출력 유형: 간략한 답변, 대표 문헌, 검토 요약, 실험 설계 제안, 증거표, 메커니즘 다이어그램.
예:
사용자 문제:
"망막 기관체 사멸과 관련된 문헌을 찾는 데 도움을 주시면 감사하겠습니다."
구조적 분해(예시):
• 핵심 모델: 망막 오가노이드, 망막 세포체 오가노이드, 인간 유도 만능 줄기세포 유래 망막 오가노이드, 시신경컵 오가노이드.
• 표현형: 세포 사멸, 세포자멸사, 퇴행, 생존력 상실, 스트레스, 괴사.
• 관련 세포: 광수용체, 원추세포, 간상세포, 망막신경절세포, 뮐러 신경교세포.
• 잠재적 기전: 산화 스트레스, 소포체 스트레스, 미토콘드리아 기능 장애, 저산소증, 염증, 페로프토시스, 괴사.
• 증거 목표: 인간 또는 동물 망막 오가노이드에서 세포 사멸/세포자멸사/퇴행을 직접 관찰한 독창적인 연구를 우선적으로 고려하고, 그 다음으로 간접적인 기전에 관한 문헌을 찾아본다.
1.2 키워드 세분화 원칙 (예시)
검색어를 하나만 작성하지 마세요. 각 개념에 대해 최소 세 가지 범주의 용어를 준비하세요.
카테고리 1: 정확한 단어.
• 망막 기관체
• 망막 기관
• 인간 망막 오가노이드
• hPSC 유래 망막 오가노이드
• iPSC 유래 망막 오가노이드
두 번째 범주는 동의어와 상위어입니다.
• 시신경컵 오가노이드
• 3D 망막 배양
• 줄기세포 유래 망막
• 망막 분화
• 망막 조직 모델
세 번째 범주는 기전 및 표현형 용어입니다.
• 세포사멸
• 세포 사멸
• 퇴행
• 생존
• 스트레스
• 산화 스트레스
• 응급실 스트레스
• 미토콘드리아 기능 장애
• 저산소증
• 괴사
• 페롭토시스
사용자가 셀 유형을 지정하는 경우 다음을 추가합니다.
• 광수용체
• 원뿔
• 막대
• 망막 신경절 세포
• 뮐러 글리아
• 양극 세포
• 아마크린 세포
사용자가 종이나 원산지를 지정하는 경우 다음을 추가하세요.
• 인간
• 생쥐
• 쥐
• 제브라피쉬
• hESC
• iPSC
• 만능 줄기세포
1.3 계층적 검색 쿼리 생성
최소 3~6개의 쿼리를 생성하세요. 각 쿼리는 검색 목표에 해당합니다.
첫 번째 단계: 직접적인 증거 수집.
목표 모델 및 목표 표현형과 직접적으로 일치하는 문헌을 찾는 데 사용됩니다.
```텍스트
("망막 오가노이드" 또는 "망막 기관" 또는 "인간 망막 오가노이드") 및 (세포 사멸 또는 "세포 사망" 또는 퇴행)
```
두 번째 계층: 확장 모델 검색.
이 용어는 저자가 "망막 기관체"라는 정확한 용어를 사용하지는 않았지만 실제로 관련성이 있는 문헌을 포착하기 위해 사용됩니다.
```텍스트
("안구컵 오가노이드" 또는 "3D 망막 배양" 또는 "줄기세포 유래 망막") 및 (생존 또는 세포사멸 또는 스트레스)
```
세 번째 단계: 메커니즘별 검색.
특정 경로 또는 메커니즘을 검증하는 데 사용됩니다.
```텍스트
("망막 기관체" 또는 "망막 기관체") 및 ("산화 스트레스" 또는 "ER 스트레스" 또는 저산소증 또는 미토콘드리아)
```
네 번째 단계: 세포 유형별 검색.
```텍스트
("망막 기관체" 또는 "망막 기관체") 및 (광수용체 또는 원추세포 또는 간상세포 또는 "망막 신경절 세포") 및 (사망 또는 세포자멸사 또는 퇴행)
```
다섯 번째 계층: 질병 모델 검색.
```텍스트
("망막 기관체" 또는 "망막 기관체") 및 (질병 또는 퇴행 또는 이영양증 또는 망막염 또는 녹내장)
```
여섯 번째 단계: 검토/배경 조사.
```텍스트
("망막 오가노이드" 또는 "망막 오가노이드") 및 (리뷰 또는 프로토콜 또는 모델)
```
리서치
2. 검색에 사용된 방법과 웹사이트는 무엇이었습니까?
2.1 권장: PubMed / NCBI E-utilities
PubMed는 생의학 문헌 검색에 가장 적합한 도구입니다. PubMed 페이지를 직접 스크래핑하는 방식은 지양하고, NCBI E-utilities API를 활용하십시오.
2.1.1 ESearch: 쿼리를 사용하여 PMID 검색
인터페이스:
```텍스트
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi
```
매개변수:
```텍스트
db=pubmed
용어=<검색어>
retmode=json
retmax=20
정렬=관련성
```
시간순으로 정렬할 수도 있습니다.
```텍스트
정렬=출판일+날짜
```
예:
```텍스트
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance
```
반환된 내용을 읽어보세요:
```텍스트
esearchresult.idlist
```
이것은 PMID 목록입니다.
2.1.2 요약: 문헌 메타데이터 획득
인터페이스:
```텍스트
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi
```
매개변수:
```텍스트
db=pubmed
id=PMID1,PMID2,PMID3
retmode=json
```
추출된 필드:
• PMID
• 제목
• 전체저널명
• 출처/저널 약어
• 발행일
• 저자
• articleid에 포함된 DOI 및 PMCID
• 권, 호, 페이지
2.1.3 EFetch: 요약 및 XML 세부 정보 가져오기
인터페이스:
```텍스트
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi
```
매개변수:
```텍스트
db=pubmed
id=PMID1,PMID2
retmode=xml
rettype=추상
```
추출된 필드:
• 기사 제목
• AbstractText
• 저널 제목
• ISO 약어
• ISSN / eISSN
• 출판일
• DOI
• PMCID
• MeSH 용어
2.1.4 일괄 검색 전략
권장 절차:
1. 각 쿼리에 대해 ESearch를 호출합니다.
2. 각 검색어에 대해 처음 5~20개의 결과를 선택합니다.
3. 모든 PMID를 병합합니다.
4. PMID를 사용하여 중복을 제거합니다.
5. ESummary/EFetch를 사용하여 메타데이터와 추상화 데이터를 일괄적으로 검색합니다.
6. 초기 선별 단계에서는 메타데이터와 초록만 읽고, 전문부터 읽지 마십시오.
────────────────
2.2 2단계: PMC/BioC 문서 전체 검토
전문은 다음과 같은 경우에만 포함됩니다.
• 사용자들이 전체 내용을 꼼꼼히 읽어주기를 요청합니다.
• 초록만으로는 작용 메커니즘을 규명하기에 불충분합니다.
• 도표, 실험 방법, 농도, 투여량, IC50, EC50, Kd 및 Ki 값이 필요합니다.
• 소수의 핵심 PMID가 확인되었으며, 각 사례별로 검토가 필요합니다.
2.2.1 PMID에서 PMCID로
인터페이스:
```텍스트
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=
```
PMCID가 반환되면 PMC에서 전체 텍스트를 열람할 수 있음을 의미합니다.
2.2.2 BioC JSON 우선순위 지정
인터페이스:
```텍스트
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json/
```
장점: 구조가 잘 짜여 있어 주요 단락을 추출하는 데 적합합니다.
2.2.3 BioC를 사용할 수 없는 경우 PMC XML을 사용해 보세요.
인터페이스:
```텍스트
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/
```
본문을 추출할 때 건너뛸 부분:
• 참고자료
• 참고문헌
• 감사의 글
• 저자 기여
• 이해 상충
전문 검토에는 반드시 중단 기준이 포함되어야 합니다.
• 각 문서는 한 번만 스캔됩니다.
• 기본적으로 질문과 관련된 단락만 추출됩니다.
• 대상 필드와 일치하지 않으면 "직접적인 증거를 찾을 수 없음"으로 표시하십시오.
• 키워드를 반복적으로 추출하지 마십시오.
────────────────
2.3 bioRxiv / medRxiv
최신 논문 초고를 보완하는 데 사용됩니다.
공식 API를 사용하실 수 있습니다.
```텍스트
https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
```
일반 검색을 보조 수단으로 활용할 수도 있습니다.
```텍스트
사이트:biorxiv.org 망막 기관체 세포사멸
사이트:medrxiv.org 망막 기관체 변성
```
사전 출판물에는 다음 라벨을 붙여야 합니다.
```텍스트
본 논문은 사전 공개본이며 동료 검토를 거치지 않았습니다.
```
────────────────
2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall
DOI, 전문 보기 주소 및 출판 정보를 입력하는 데 사용됩니다.
크로스레프:
```텍스트
https://api.crossref.org/works?query.title=