O cerne deste processo é: primeiro, usar múltiplas consultas para realizar uma triagem inicial reproduzível no PubMed/NCBI E-utilities, depois usar o PMID para desduplicação e classificação da evidência do resumo; apenas um pequeno número de documentos-chave entra na revisão de texto completo do PMC/BioC; as citações no texto devem ser clicáveis; as informações bibliográficas completas devem ser listadas no final do artigo; o Fator de Impacto (FI) só pode ser verificado de forma conservadora por meio de fontes publicamente acessíveis e não se pode presumir que esteja presente no JCR ou em bancos de dados locais, não pode ser adivinhado e correspondências de baixa confiança não podem ser tratadas como resultados definitivos.

1. Pré-processamento após o usuário iniciar uma pesquisa

1.1 Primeiro, analise a pergunta do usuário.

Após receber a pergunta do usuário, a pergunta em linguagem natural é primeiramente decomposta em elementos estruturados.

Deve ser identificado:

• Temas de pesquisa: genes, proteínas, medicamentos, canais, tipos de células, tecidos, doenças e modelos.

• Sistemas biológicos: humanos, camundongos, ratos, peixes-zebra, organoides, retina, regiões cerebrais, linhagens celulares, etc.

• Tipos de relacionamento: expressão, regulação, função, mecanismo, fenótipo, morte, sobrevivência, tratamento, toxicidade, desenvolvimento, degeneração, etc.

• Requisitos de evidência: se são necessárias evidências diretas, evidências mecanísticas, evidências de texto completo, gráficos, parâmetros de dosagem e métodos experimentais.

• Período: ilimitado, últimos 5 anos, último ano, desenvolvimentos recentes e literatura clássica.

• Tipos de saída: resposta curta, literatura representativa, resumo da revisão, sugestões de planejamento experimental, tabela de evidências, diagrama de mecanismo.

Exemplo:

Problema do usuário:

"Por favor, ajude-me a encontrar literatura relacionada à morte de organoides da retina."

Decomposição estruturada (exemplo):

• Modelos principais: organoide retiniano, organoide da retina, organoide retiniano derivado de hPSC, organoide da taça óptica.

• Fenótipo: morte celular, apoptose, degeneração, perda de sobrevivência, estresse, necrose.

• Células relacionadas: fotorreceptor, cone, bastonete, célula ganglionar da retina, glia de Müller.

• Mecanismos potenciais: estresse oxidativo, estresse do retículo endoplasmático, disfunção mitocondrial, hipóxia, inflamação, ferroptose, necroptose.

• Objetivos de evidência: Priorizar estudos originais que observem diretamente a morte celular/apoptose/degeneração em organoides retinianos humanos ou animais; em seguida, buscar literatura sobre mecanismos indiretos.

1.2 Princípios de Segmentação por Palavras-chave (Exemplo)

Não escreva apenas uma consulta de pesquisa. Prepare pelo menos três categorias de termos para cada conceito.

Categoria 1: Palavras precisas.

• organoide retiniano

• organoide da retina

• organoide de retina humana

• organoide retinal derivado de hPSC

• Organoide retiniano derivado de células iPS

A segunda categoria: sinônimos e hiperônimos.

• organoide da taça óptica

• Cultura de retina 3D

• retina derivada de células-tronco

• diferenciação retiniana

• modelo de tecido retiniano

A terceira categoria: termos de mecanismo e fenótipo.

• apoptose

• morte celular

• degeneração

• sobrevivência

• estresse

• estresse oxidativo

• Estresse no pronto-socorro

• disfunção mitocondrial

• hipóxia

• necroptose

• ferroptose

Se o usuário especificar o tipo de célula, adicione:

• fotorreceptor

• cone

• haste

• célula ganglionar da retina

• Müller glia

• célula bipolar

• célula amacrina

Se o usuário especificar a espécie ou a origem, adicione:

• humano

• rato

• rato

• peixe-zebra

• hESC

• iPSC

• célula-tronco pluripotente

1.3 Geração de consultas de pesquisa hierárquicas

Gere pelo menos 3 a 6 consultas. Cada consulta corresponde a um objetivo de pesquisa.

Primeira camada: Recuperação direta de evidências.

Utilizado para encontrar literatura que corresponda diretamente ao modelo e ao fenótipo alvo.

```text

("organoide retiniano" OU "organoide da retina" OU "organoide retiniano humano") E (apoptose OU "morte celular" OU degeneração)

```

Segunda camada: Recuperação de modelo estendido.

Utilizado para identificar trabalhos acadêmicos em que o autor não usou o termo preciso "organoide retiniano", mas que, na verdade, é relevante.

```text

("organoide de taça óptica" OU "cultura de retina 3D" OU "retina derivada de células-tronco") E (sobrevivência OU apoptose OU estresse)

```

A terceira camada: busca específica por mecanismo.

Utilizado para verificar vias ou mecanismos específicos.

```text

("organoide retiniano" OU "organoide da retina") E ("estresse oxidativo" OU "estresse do retículo endoplasmático" OU hipóxia OU mitocôndrias)

```

Quarta camada: Busca específica por tipo de célula.

```text

("organoide retiniano" OU "organoide da retina") E (fotorreceptor OU cone OU bastonete OU "célula ganglionar da retina") E (morte OU apoptose OU degeneração)

```

Quinta camada: Recuperação do modelo da doença.

```text

("organoide retiniano" OU "organoide da retina") E (doença OU degeneração OU distrofia OU retinite OU glaucoma)

```

Sexta camada: Revisão/pesquisa de antecedentes.

```text

("organoide retiniano" OU "organoide da retina") E (revisão OU protocolo OU modelo)

```

2. Quais métodos e sites foram usados ​​para a pesquisa?

2.1 Preferencial: PubMed / NCBI E-utilities

O PubMed é a ferramenta preferencial para busca de literatura biomédica. Não utilize a extração de dados das páginas do PubMed como padrão. Em vez disso, use a API E-utilities do NCBI.

2.1.1 ESearch: Recuperando PMID usando uma consulta

interface:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

parâmetro:

```text

db=pubmed

termo=

retmode=json

retmax=20

ordenar=relevância

```

Você também pode ordenar por horário:

```text

ordenar=pub+data

```

Exemplo:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

Leia a partir do retorno:

```text

esearchresult.idlist

```

Esta é a lista de PMIDs.

2.1.2 Resumo: Obtenção de Metadados da Literatura

interface:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

parâmetro:

```text

db=pubmed

id=PMID1,PMID2,PMID3

retmode=json

```

Campos extraídos:

• PMID

• título

• nome completo do periódico

• abreviatura da fonte/periódico

• data de publicação

• autores

• DOI e PMCID nos IDs dos artigos

• volume, número, páginas

2.1.3 EFetch: Recuperando Resumo e Detalhes XML

interface:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

parâmetro:

```text

db=pubmed

id=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=abstract

```

Campos extraídos:

• Título do artigo

• Texto abstrato

• Título do periódico

• Abreviação ISO

• ISSN / eISSN

• Data de publicação

• DOI

• PMCID

• Termos MeSH

2.1.4 Estratégia de Recuperação em Lote

Processo recomendado:

1. Chame o ESearch para cada consulta.

2. Para cada consulta, selecione os primeiros 5 a 20 resultados.

3. Mesclar todos os PMIDs.

4. Use o PMID para remover duplicados.

5. Utilize ESummary / EFetch para recuperar metadados e dados abstratos em lotes.

6. Na fase inicial de triagem, leia apenas os metadados e o resumo; não comece lendo o texto completo.

────────────────

2.2 Segunda Fase: Revisão Completa dos Documentos PMC/BioC

O texto completo será incluído apenas nos seguintes casos:

• Os usuários solicitam a leitura atenta do texto completo.

• O resumo é insuficiente para determinar o mecanismo.

• Requer tabelas, métodos experimentais, concentrações, dosagens, IC50, EC50, Kd e Ki.

• Um pequeno número de PMIDs importantes foi identificado e requer revisão caso a caso.

2.2.1 PMID para PMCID

interface:

```text

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

Se o PMCID for retornado, significa que o PMC pode ter o texto completo aberto.

2.2.2 Priorizar JSON do BioC

interface:

```text

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

Vantagens: Altamente estruturado, adequado para extrair parágrafos do texto principal.

2.2.3 Tente usar o PMC XML quando o BioC não estiver disponível

interface:

```text

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

Ignorar ao extrair o texto principal:

• referências

• bibliografia

• Agradecimentos

• contribuições do autor

• interesses concorrentes

A revisão do texto completo deve incluir um critério de interrupção:

• Cada documento é digitalizado apenas uma vez.

• Por padrão, apenas os parágrafos relacionados à pergunta são extraídos.

• Se o campo de destino não corresponder, marque-o como "Nenhuma evidência direta encontrada".

• Evite coletar palavras-chave repetidamente.

────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

Utilizado para complementar as pré-publicações mais recentes.

Você pode usar a API oficial:

```text

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/AAAA-MM-DD/AAAA-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/AAAA-MM-DD/AAAA-MM-DD

```

Você também pode usar uma pesquisa regular como complemento:

```text

site:biorxiv.org apoptose de organoides da retina

site:medrxiv.org degeneração de organoides da retina

```

Os pré-prints devem ser etiquetados:

```text

Este é um artigo em versão preliminar e ainda não foi revisado por pares.

```

────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

Utilizado para completar o DOI, abrir o endereço do texto completo e informações da publicação.

Referência cruzada:

```text

https://api.crossref.org/works?query.title=<title>

```

OpenAlex:

```text

https://api.openalex.org/works?search=

```

Desbloquear o acesso pago:

```text

https://api.unpaywall.org/v2/?email=

```

usar:

• Preenchimento do DOI.

• Busca de links para PDFs de acesso aberto.

• Verificação do nome do periódico.

• Verificação do ano de publicação.

────────────────

2.5 Página do Editor

Acesse a página do editor somente quando as informações da API forem insuficientes.

Regras de acesso:

• Cada URL de editor será testada apenas uma vez.

• Se você encontrar CAPTCHAs, barreiras de login, mensagens do Cloudflare, mensagens de acesso negado ou barreiras de acesso institucional, pare imediatamente.

• Evite atualizar a página repetidamente, alterar o caminho dentro do mesmo site ou ficar esperando em um loop.

• Utilize PubMed, PMC, Crossref, OpenAlex, Unpaywall e metadados DOI como alternativa.

3. Como organizar as informações após a recuperação

3.1 Estabelecer uma estrutura de registro unificada

Cada documento é compilado em um registro unificado.

Campos:

```text

pmid

doi

pmcid

título

autores

jornal

abreviatura_do_diário

isn

eisn

ano

resumo

fonte_de_consulta

nível_de_evidência

tags_de_evidência

tipo_de_papel

URL

```

3.2 Deduplicação

Prioridade:

1. Desduplicação de PMID.

2. Use o DOI para remover duplicados caso o PMID não esteja disponível.

3. Se não houver DOI, use lower(título) + ano + primeiro_autor para remover duplicados.

Mantenha o query_source que foi acessado na primeira vez e registre quais consultas acessaram o documento.

3.3 Classificação das Evidências

É necessário distinguir:

Evidências diretas:

A espécie-alvo, o tecido, o tipo celular, o modelo e as condições de tratamento são diretamente correspondentes.

Evidências indiretas:

Sistemas adjacentes, modelos semelhantes e mecanismos similares são suportados, mas não são sistemas diretos para problemas do usuário.

Nenhuma evidência direta encontrada:

Encontram-se apenas informações de contexto, especulações, análises ou modelos adjacentes; não existem resultados experimentais diretos.

3.4 Rotulagem de Tipos de Documento

Pelo menos o seguinte deve ser observado:

• pesquisa original

• análise

• protocolo

• pré-impressão

• conjunto de dados/recurso

• estudo clínico

• artigo metodológico

3.5 Regras de Classificação

Classificação recomendada:

1. Pesquisa original com evidências diretas.

2. Pesquisa sobre mecanismos-chave.

3. Pesquisas importantes mais recentes.

4. Estudos fundamentais clássicos.

5. Avaliação de alta qualidade.

6. Provas indiretas.

Não classifique apenas pelo Fator de Impacto (FI). O FI é um indicador a nível da revista e não equivale à qualidade de um artigo individual.

4. Como organizar citações em uma resposta

4.1 Formato de citação de texto

Todas as citações de texto devem ser clicáveis.

Formatar:

```markdown

[[1. **Periódico**, Ano]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

```

Exemplo:

```markdown

Estudos anteriores observaram estresse e degeneração de fotorreceptores relacionados ao estágio de desenvolvimento em organoides de retina humana [[1. **Cell Stem Cell**, 2019]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/xxxxxxx/).

```

Não escreva assim:

```text

[1]

(PMID: xxxxx)

Ver referência 1

```

4.2 Estrutura de Resposta Recomendada

Primeiro parágrafo: Conclusão direta.

```text

Conclusão: Existem relatos relevantes, mas as evidências diretas se concentram principalmente em...; ainda faltam evidências diretas sobre...

```

Segundo parágrafo: Classificação das evidências.

```text

Evidências diretas:

- Referência A: ...

Evidências indiretas:

- Referência B: ...

Nenhuma evidência direta encontrada:

- Não encontrado nesta rodada...

```

Terceiro parágrafo: Resumo do mecanismo.

Agrupe por tópico, por exemplo:

• via da apoptose/caspase

• estresse oxidativo

• disfunção mitocondrial

• Estresse no pronto-socorro

• hipóxia/estresse metabólico

• inflamação

• Desajuste de desenvolvimento

Quarto parágrafo: Lacuna na pesquisa.

Indique claramente quais questões carecem de evidências diretas.

Quinto parágrafo: Inspiração do experimento.

Caso o usuário necessite de um delineamento experimental, forneça o marcador, o ensaio, o ponto de tempo e o controle.

5. Lista completa de referências no final do artigo.

Caso uma referência específica seja citada no texto, uma lista completa deve ser anexada ao final do artigo.

Formatar:

```markdown

## Lista completa de informações de referência

1. Smith J et al., **Nome do periódico** (2021), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝X，Qn}*

2. Wang X et al., **Nome do periódico** (2022), [DOI: 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=A ser verificado}*

```

Formato do autor:

• 1–3 autores: Liste todos.

• Mais de 3 autores: Primeiro autor e outros.

O PMID/DOI/URL deve ser clicável.

6. Verificação e rotulagem IF

6.1 Em primeiro lugar, vamos explicar as limitações práticas das verificações IF.

Normalmente, o Fator de Impacto oficial de um periódico é obtido do Clarivate Journal Citation Reports (JCR). No entanto, agentes externos geralmente não possuem uma conta Clarivate/JCR nem uma tabela JCR local, portanto, não verifique esse fator por meio deles.

```

6.2 Métodos práticos para usar a habilidade IF

Rota principal:

1. Se a entrada for um PMID, use primeiro o NCBI E-utilities para obter os metadados do PubMed.

- Recuperar o nome completo do periódico. - Recuperar a fonte/abreviação ISO. - Recuperar o ISSN/eISSN. - Recuperar campos auxiliares como título, ano e DOI.

2. Utilize a interface JSON móvel iikx/iscience, disponível publicamente, para consultar periódicos.

API de pesquisa:

```text

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=

```

API de detalhes:

```text

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=

```

3. Realize uma correspondência conservadora nos resultados da pesquisa.

- Prioriza correspondências exatas de títulos de periódicos normalizados. - Em segundo lugar, prioriza correspondências exatas de abreviações. - Exerce grande cautela com termos curtos e genéricos. - Não aceita incompatibilidades óbvias de substrings, como a correspondência incorreta de "Nature" com a série "Nature Reviews". - Retorna resultados ambíguos/não encontrados se a correspondência for instável, em vez de tentar adivinhar.

4. Se o PubMed fornecer uma abreviação, tente expandi-la para o nome completo ou título alternativo usando o Catálogo da NLM.

A interface de busca do Catálogo NLM permanece sendo o NCBI E-utilities:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=[Abreviação do título]&retmode=xml&retmax=1

```

Em seguida, use o ESummary para obter o título/título alternativo.

5. Leia os resultados detalhados do iikx:

- Fator de impacto. - Ano do IF. - Quartil do JCR. - CAS/Quartil do CAS, se aplicável. - URL de origem. - Confiança da correspondência.

6. Ao fazer anotações, não inclua o ano do Fator de Impacto (FI) no texto principal; utilize anotações concisas.

A anotação final deve conter apenas:

```text

*{SE = X, Qn}*

```

Se falhar:

```text

*{IF=Verificação Pendente}*

```

ou:

```text

*{IF=Não detectado}*

```

6.3 Etapas Específicas

Execute o seguinte procedimento para cada documento.

Passo 1: Prepare o nome da pesquisa no periódico.

Priorize a recuperação de dados dos metadados do PubMed:

```text

NomeCompletoDoPeriódico

Abreviação ISO / Fonte

ISSN

eISSN

```

Se apenas o DOI estiver disponível, utilize primeiro o Crossref ou o OpenAlex para obter o nome da revista.

Referência cruzada:

```text

https://api.crossref.org/works/

```

OpenAlex:

```text

https://api.openalex.org/works/https://doi.org/

```

Etapa 2: Padronizar os nomes dos periódicos.

Regras de padronização:

• Tudo em minúsculas.

• Descodificação HTML.

• Substitua "&" por "e".

• Remover a pontuação.

• Combine vários espaços.

• Ao fazer comparações, você também pode usar a forma compacta, que remove todos os espaços.

Exemplo de pseudocódigo:

Python

importar re, html

norma(s) def:

s = html.unescape(s ou '').lower()

s = re.sub(r'&', ' e ', s)

s = re.sub(r'[^a-z0-9]+', ' ', s)

retorne re.sub(r'\s+', ' ', s).strip()

def compact(s):

retornar norm(s).replace(' ', '')

```

Passo 3: Consulte a interface de pesquisa do iikx.

```text

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci&c=index&a=info&keyword=

```

É recomendável definir um User-Agent, por exemplo:

```text

Mozilla/5.0

```

Caso não encontre uma correspondência exata na primeira página, você pode folhear um número limitado de páginas, por exemplo, até 8 páginas.

Os parâmetros de virada de página são geralmente:

```text

página=2

página=3

```

Etapa 4: Selecione os candidatos a partir dos resultados da pesquisa.

Os campos de atuação dos candidatos geralmente incluem:

```text

eu ia

classid

título

título pequeno

SE ou SE2024

zky2020

URL

```

Regras de correspondência:

• Se compact(query) == compact(candidate.title), aceite.

• Se norm(query) == norm(candidate.title), aceite.

• Se compact(query) == compact(candidate.smalltitle), aceite.

• Se norm(query) == norm(candidate.smalltitle), aceite.

• Não aceite uma substring a menos que a consulta seja longa o suficiente e não ambígua.

• Tenha especial cuidado com palavras curtas como Nature (Natureza), Science (Ciência), Cell (Célula), Brain (Cérebro), Vision (Visão) e Retina (Retina).

Etapa 5: Se nenhuma correspondência for encontrada, use a abreviação estendida do Catálogo NLM.

Por exemplo, no PubMed, a fonte é:

```text

Medicina Biológica de Radicais Livres

```

Você pode verificar:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nlmcatalog&term=Free%20Radic%20Biol%20Med%5BTitle%20Abbreviation%5D&retmode=xml&retmax=1

```

Após obter o ID do catálogo NLM, utilize-o da seguinte forma:

```text

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=nlmcatalog&id=&retmode=xml

```

Ler:

```text

Título

Título Alternativo

```

Em seguida, use esses nomes completos para pesquisar por iikx.

Passo 6: Verifique a interface de detalhes do iikx.

Se os resultados da pesquisa contiverem:

```text

id=

classid=

```

Chamar:

```text

https://m.iikx.com/api/restfull/?m=sci/index/detail&id=&classid=

```

Leia em detalhes:

```text

FI2024, FI2023, FI2022 ...

SE

zky2020 ou outros campos de quartil JCR

jcr22 / jcr12 ou campo de partição

isn

eisn

título

título pequeno

categoria

```

Passo 7: Selecione a instrução IF mais recente.

Pesquise nos campos retornados todas as ocorrências do formulário:

```text

IF20xx

```

Por exemplo:

```text

IF2024

IF2023

IF2022

```

Escolha o ano com o maior número de dígitos significativos.

Se IF20xx não estiver presente, tente ler:

```text

SE

se_valor

```

Se nenhum valor válido for encontrado, será marcado como não detectado.

Etapa 8: Exibir o nível de confiança e o rótulo.

Se o título/abreviação corresponder exatamente e os detalhes retornarem um valor válido IF:

```text

*{SE = X, Qn}*

```

Se a partida for incerta:

```text

*{IF=Verificação Pendente}*

```

Se a API pública não retornar resultados:

```text

*{IF=Não detectado}*

```

6.4 Formato de Anotação IF

Formato fixo:

```text

*{SE = X, Qn}*

```

Exemplo:

```markdown

Smith J et al., **Neuron** (2020), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝15.0, Q1}*

```

Perceber:

• O ano do JCR não está escrito dentro da anotação IF.

• Não escreva "2024 JCR IF".

• Não escreva "JCR 2024".

• Apenas o ano de publicação é mantido.

• Se o valor da condição IF for 0,0, nulo, tiver uma origem instável ou uma correspondência instável, o número não será exibido.

6.5 Tratamento padrão para falhas na verificação IF

Não chute.

Não utilize o nome do periódico para preencher os números.

Não utilize modelos extensos para memorizar e preencher instruções IF.

Em caso de falha, apenas três estados são permitidos:

```text

*{IF=Verificação Pendente}*

```

Utilizado para:

• Os resultados da pesquisa são vagos.

Existem diversas revistas semelhantes.

• Foi encontrada apenas a abreviatura, mas não foi possível confirmar o nome completo.

• O IF retornado por fontes publicamente disponíveis é questionável.

```text

*{IF=Não detectado}*

```

Utilizado para:

• A interface pública não retornou resultados.

• A revista não está indexada no SCI/JCR.

• A nova edição ainda não possui um IF.

```text

*{IF=Não verificável publicamente}*

```

Utilizado para:

• O usuário precisa de um JCR oficial, mas o agente atual não possui permissões Clarivate/JCR.

7. Lista de verificação final

Deve ser verificado antes do envio:

• As principais dúvidas do usuário devem ser respondidas primeiro?

• Se deve ou não distinguir entre evidência direta, evidência indireta e ausência de evidência direta.

• Todas as citações de texto são clicáveis?

• Existe uma lista completa de referências no final do artigo?

• Todos os documentos incluem uma etiqueta IF (Entrada/Saída) ou uma etiqueta indicando verificação pendente/não detectado?

• Se o PMID/DOI/URL é clicável.

• Isso evita substituir conclusões sobre tipos celulares específicos por resultados gerais do tecido?

• Isso evita substituir a ativação/fosforilação por um aumento na expressão total?

• Indicar se deve ser um preprint.

• Especifica os limites da pesquisa?

• SE não se baseou na memória ou em palpites.

8. Pseudocódigo reproduzível

Python

consultas = construir_consultas(pergunta_do_usuário)

todos_pmids = []

para consulta em consultas:

pmids = ncbi_esearch(consulta, retmax=20, sort='relevância')

todos_pmids.extend(pmids)

pmids = deduplicate_keep_order(all_pmids)

metadados = ncbi_esummary(pmids)

resumos = ncbi_efetch_abstract(pmids)

registros = mesclar_metadados_e_resumos(metadados, resumos)

registros = tag_evidence(registros, pergunta_do_usuário)

registros = classificação_registros(registros)

selecionado = selecionar_registros_principais(registros)

se precisar de texto completo:

para registro em selected_key_records:

pmcid = idconv_pmid_to_pmcid(record.pmid)

se pmcid:

record.fulltext = fetch_bioc_or_pmc_xml(pmcid)

Para registro em selecionado:

consulta_do_periódico = registro.nome_completo_do_periódico ou registro.abreviação_do_periódico

se_resultado = lookup_if_public_iikx(consulta_diário)

if_result.confiante:

record.if_annotation = f'*{IF＝{if_result.if_value}，{if_result.quartile}｝*'

elif if_result.ambiguous:

record.if_annotation = '*{IF＝Verificação Pendente}*'

outro:

record.if_annotation = '*{IF＝Não detectado}*'

resposta = compor_resposta(

conclusão

grupos_de_evidência,

citações_clicáveis_no_corpo,

lista_de_referência_completa_com_se

)

```

9. Modelo de entrega final recomendado

```markdown

para concluir:

...

Nível de evidência:

Evidências diretas:

- ……[[1. **Revista**, Ano]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Evidências indiretas:

- …[[2. **Periódico**, Ano]](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/PMID/)

Nenhuma evidência direta encontrada:

- ……

Resumo do mecanismo:

1. ……

2. ……

Limites de pesquisa:

Esta rodada de buscas envolveu principalmente PubMed, PMC, BioC e bioRxiv; a triagem inicial foi baseada em metadados e resumos, com apenas os documentos principais submetidos à verificação do texto completo. As anotações de Fator de Impacto (FI) foram baseadas em fontes de acesso público; os documentos que não puderam ser correspondidos com alta confiança foram marcados como pendentes de verificação ou não detectados.

Lista completa de informações bibliográficas:

1. Smith J et al., **Nome do periódico** (2021), [PMID: 12345678](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/). *{IF＝X，Q1}*

2. Wang X et al., **Nome do periódico** (2022), [DOI: 10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx). *{IF=A ser verificado}*

```