Cốt lõi của quy trình này là: trước tiên, sử dụng nhiều truy vấn để thực hiện sàng lọc ban đầu có thể tái tạo trong các tiện ích điện tử của PubMed/NCBI, sau đó sử dụng PMID để loại bỏ các tài liệu trùng lặp và đánh giá mức độ bằng chứng tóm tắt; chỉ một số ít tài liệu quan trọng được đưa vào quá trình xem xét toàn văn PMC/BioC; các trích dẫn trong văn bản phải có thể nhấp chuột; thông tin thư mục đầy đủ phải được liệt kê ở cuối bài báo; chỉ có thể kiểm tra một cách thận trọng thông qua các nguồn công khai, và không thể giả định rằng có JCR hoặc cơ sở dữ liệu cục bộ, không thể đoán mò, và các kết quả trùng khớp có độ tin cậy thấp không thể được coi là kết quả cuối cùng.

1. Xử lý sơ bộ sau khi người dùng bắt đầu tìm kiếm

1.1 Trước tiên, hãy phân tích câu hỏi của người dùng.

Sau khi nhận được câu hỏi của người dùng, câu hỏi bằng ngôn ngữ tự nhiên trước tiên sẽ được phân tích thành các yếu tố có cấu trúc.

Cần phải được xác định:

• Các chủ đề nghiên cứu: gen, protein, thuốc, kênh ion, các loại tế bào, mô, bệnh tật và mô hình.

• Hệ thống sinh học: con người, chuột, chuột cống, cá ngựa vằn, mô hình cơ quan nhân tạo, võng mạc, các vùng não, dòng tế bào, v.v.

• Các loại mối quan hệ: biểu hiện, điều hòa, chức năng, cơ chế, kiểu hình, cái chết, sự sống sót, điều trị, độc tính, phát triển, thoái hóa, v.v.

• Yêu cầu về bằng chứng: Cần cung cấp bằng chứng trực tiếp, bằng chứng về cơ chế, bằng chứng toàn văn, biểu đồ, thông số liều lượng và phương pháp thí nghiệm hay không.

• Phạm vi thời gian: không giới hạn thời gian, 5 năm gần đây, 1 năm gần đây, những diễn biến mới nhất và các tác phẩm văn học kinh điển.

• Các loại kết quả đầu ra: câu trả lời ngắn, tài liệu tham khảo tiêu biểu, tóm tắt bài đánh giá, đề xuất thiết kế thí nghiệm, bảng bằng chứng, sơ đồ cơ chế.

Ví dụ:

Vấn đề người dùng:

"Hãy giúp tôi tìm tài liệu liên quan đến sự chết của mô hình võng mạc nhân tạo."

Phân rã có cấu trúc (ví dụ):

• Các mô hình cốt lõi: cơ quan võng mạc nhân tạo, võng mạc nhân tạo, võng mạc nhân tạo có nguồn gốc từ tế bào gốc đa năng ở người, cốc thị giác nhân tạo.

• Kiểu hình: chết tế bào, apoptosis, thoái hóa, mất khả năng sống sót, stress, hoại tử.

• Các tế bào liên quan: tế bào cảm thụ ánh sáng, tế bào hình nón, tế bào hình que, tế bào hạch võng mạc, tế bào thần kinh đệm Müller.

• Các cơ chế tiềm năng: stress oxy hóa, stress lưới nội chất, rối loạn chức năng ty thể, thiếu oxy, viêm nhiễm, chết tế bào do sắt, chết tế bào do hoại tử.

• Mục tiêu tìm kiếm bằng chứng: Ưu tiên các nghiên cứu gốc quan sát trực tiếp sự chết tế bào/quá trình tự hủy tế bào/sự thoái hóa trong các mô hình võng mạc người hoặc động vật; sau đó tìm kiếm tài liệu về các cơ chế gián tiếp.

1.2 Nguyên tắc phân khúc từ khóa (Ví dụ)

Đừng chỉ viết một truy vấn tìm kiếm duy nhất. Hãy chuẩn bị ít nhất ba nhóm từ khóa cho mỗi khái niệm.

Thể loại 1: Từ ngữ chính xác.

• cơ quan võng mạc nhân tạo

• mô hình võng mạc nhân tạo

• mô hình võng mạc người

• Organoid võng mạc có nguồn gốc từ hPSC

• Cơ quan võng mạc nhân tạo có nguồn gốc từ tế bào gốc đa năng cảm ứng (iPSC)

Loại thứ hai: từ đồng nghĩa và từ siêu loại.

• cơ quan dạng cốc thị giác

• Nuôi cấy võng mạc 3D

• Võng mạc có nguồn gốc từ tế bào gốc

• Sự biệt hóa võng mạc

• Mô hình mô võng mạc

Loại thứ ba: cơ chế và các thuật ngữ kiểu hình.

• apoptosis

• sự chết tế bào

• thoái hóa

• sống sót

• nhấn mạnh

• stress oxy hóa

• Căng thẳng ER

• rối loạn chức năng ty thể

• thiếu oxy

• hoại tử tế bào

• chết tế bào do sắt

Nếu người dùng chỉ định loại ô, hãy thêm:

• thụ thể ánh sáng

• hình nón

• thanh

• tế bào hạch võng mạc

• Tế bào thần kinh đệm Müller

• tế bào lưỡng cực

• tế bào amacrine

Nếu người dùng chỉ định loài hoặc nguồn gốc, hãy thêm:

• nhân loại

• chuột

• con chuột

• cá ngựa vằn

• Tế bào gốc phôi người (hESC)

• Tế bào gốc đa năng cảm ứng (iPSC)

• tế bào gốc vạn năng

1.3 Tạo truy vấn tìm kiếm phân cấp

Tạo ít nhất 3-6 truy vấn. Mỗi truy vấn tương ứng với một mục tiêu tìm kiếm.

Lớp đầu tiên: Thu thập bằng chứng trực tiếp.

Được sử dụng để tìm tài liệu phù hợp trực tiếp với mô hình mục tiêu và kiểu hình mục tiêu.

```văn bản

("cơ quan võng mạc nhân tạo" HOẶC "cơ quan võng mạc nhân tạo" HOẶC "cơ quan võng mạc nhân tạo người") VÀ (quá trình chết tế bào theo chương trình HOẶC "tế bào chết" HOẶC thoái hóa)

```

Lớp thứ hai: Truy xuất mô hình mở rộng.

Thuật ngữ này được sử dụng để chỉ những tác phẩm văn học mà tác giả không dùng chính xác cụm từ "cơ quan võng mạc nhân tạo" nhưng thực chất nó lại có liên quan.

```văn bản

("cơ quan dạng cốc thị giác" HOẶC "nuôi cấy võng mạc 3D" HOẶC "võng mạc có nguồn gốc từ tế bào gốc") VÀ (sự sống sót HOẶC apoptosis HOẶC stress)

```

Lớp thứ ba: Tìm kiếm theo cơ chế cụ thể.

Được sử dụng để xác minh các con đường hoặc cơ chế cụ thể.

```văn bản

("cơ quan võng mạc nhân tạo" HOẶC "cơ quan võng mạc nhân tạo") VÀ ("căng thẳng oxy hóa" HOẶC "căng thẳng ER" HOẶC thiếu oxy HOẶC ty thể)

```

Lớp thứ tư: Tìm kiếm theo loại tế bào cụ thể.

```văn bản

("cơ quan võng mạc nhân tạo" HOẶC "cơ quan võng mạc nhân tạo") VÀ (tế bào cảm thụ ánh sáng HOẶC tế bào hình nón HOẶC tế bào hình que HOẶC "tế bào hạch võng mạc") VÀ (chết HOẶC apoptosis HOẶC thoái hóa)

```

Lớp thứ năm: Truy xuất mô hình bệnh.

```văn bản

("cơ quan võng mạc nhân tạo" HOẶC "cơ quan võng mạc nhân tạo") VÀ (bệnh HOẶC thoái hóa HOẶC loạn dưỡng HOẶC viêm võng mạc HOẶC bệnh tăng nhãn áp)

```

Lớp thứ sáu: Xem xét/tìm kiếm thông tin nền.

```văn bản

("cơ quan võng mạc nhân tạo" HOẶC "cơ quan võng mạc nhân tạo") VÀ (đánh giá HOẶC giao thức HOẶC mô hình)

```

2. Những phương pháp và trang web nào đã được sử dụng để tìm kiếm?

2.1 Ưu tiên: PubMed / NCBI E-utilities

PubMed là công cụ được ưu tiên sử dụng để tìm kiếm tài liệu y sinh học. Không nên mặc định việc quét toàn bộ trang PubMed. Thay vào đó, hãy sử dụng API NCBI E-utilities.

2.1.1 ESearch: Truy xuất PMID bằng cách sử dụng truy vấn

giao diện:

```văn bản

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

```

tham số:

```văn bản

db=pubmed

thuật ngữ=

retmode=json

retmax=20

sắp xếp theo mức độ liên quan

```

Bạn cũng có thể sắp xếp theo thời gian:

```văn bản

sắp xếp theo ngày xuất bản

```

Ví dụ:

```văn bản

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance

```

Đọc từ phản hồi:

```văn bản

esearchresult.idlist

```

Đây là danh sách PMID.

2.1.2 Tóm tắt: Thu thập siêu dữ liệu tài liệu

giao diện:

```văn bản

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

```

tham số:

```văn bản

db=pubmed

id=PMID1,PMID2,PMID3

retmode=json

```

Các trường được trích xuất:

• PMID

• tiêu đề

• fulljournalname

• viết tắt nguồn/tạp chí

• ngày xuất bản

• tác giả

• DOI và PMCID trong mã định danh bài báo

• tập, số, trang

2.1.3 EFetch: Truy xuất thông tin tóm tắt và chi tiết XML

giao diện:

```văn bản

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

```

tham số:

```văn bản

db=pubmed

id=PMID1,PMID2

retmode=xml

rettype=abstract

```

Các trường được trích xuất:

• Tiêu đề bài viết

• Văn bản tóm tắt

• Tên tạp chí

• Viết tắt ISO

• ISSN / eISSN

• Ngày xuất bản

• DOI

• PMCID

• Thuật ngữ MeSH

2.1.4 Chiến lược truy xuất theo lô

Quy trình được đề xuất:

1. Gọi ESearch cho mỗi truy vấn.

2. Với mỗi truy vấn, hãy chọn 5–20 kết quả đầu tiên.

3. Hợp nhất tất cả các PMID.

4. Sử dụng PMID để loại bỏ các mục trùng lặp.

5. Sử dụng ESummary / EFetch để truy xuất siêu dữ liệu và tóm tắt dữ liệu theo lô.

6. Ở giai đoạn sàng lọc ban đầu, chỉ đọc phần siêu dữ liệu và tóm tắt; không nên bắt đầu bằng việc đọc toàn văn.

────────────────

2.2 Giai đoạn thứ hai: Rà soát toàn diện các tài liệu PMC/BioC

Toàn văn chỉ được đưa vào trong các trường hợp sau:

• Người dùng yêu cầu đọc kỹ toàn bộ văn bản.

• Bản tóm tắt không đủ để xác định cơ chế.

• Cần có biểu đồ, phương pháp thí nghiệm, nồng độ, liều lượng, IC50, EC50, Kd và Ki.

• Một số ít PMID quan trọng đã được xác định và cần được xem xét từng trường hợp cụ thể.

2.2.1 Chuyển đổi PMID sang PMCID

giao diện:

```văn bản

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=&format=json

```

Nếu PMCID được trả về, điều đó có nghĩa là PMC có thể có bản toàn văn mở.

2.2.2 Ưu tiên định dạng JSON của BioC

giao diện:

```văn bản

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json//unicode

```

Ưu điểm: Có cấu trúc chặt chẽ, phù hợp để trích xuất các đoạn văn chính.

2.2.3 Thử sử dụng PMC XML khi BioC không khả dụng

giao diện:

```văn bản

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles//?report=xml

```

Bỏ qua bước này khi trích xuất văn bản chính:

• tài liệu tham khảo

• Tài liệu tham khảo

• Lời cảm ơn

• Đóng góp của tác giả

• xung đột lợi ích

Việc xem xét toàn văn phải bao gồm tiêu chí dừng:

• Mỗi tài liệu chỉ được quét một lần.

• Theo mặc định, chỉ những đoạn văn liên quan đến câu hỏi mới được trích xuất.

• Nếu trường mục tiêu không khớp, hãy đánh dấu là "Không tìm thấy bằng chứng trực tiếp".

• Tránh việc lặp đi lặp lại quá trình quét từ khóa.

────────────────

2.3 bioRxiv / medRxiv

Được sử dụng để bổ sung cho các bản thảo nghiên cứu mới nhất.

Bạn có thể sử dụng API chính thức:

```văn bản

https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD

```

Bạn cũng có thể sử dụng chức năng tìm kiếm thông thường như một phương pháp bổ sung:

```văn bản

site:biorxiv.org retinal organoid apoptosis

site:medrxiv.org thoái hóa võng mạc dạng cơ quan

```

Bài báo chưa xuất bản phải được dán nhãn:

```văn bản

Đây là bản thảo chưa được bình duyệt.

```

────────────────

2.4 Crossref/OpenAlex/Unpaywall

Dùng để hoàn thiện DOI, địa chỉ mở toàn văn và thông tin xuất bản.

Tham khảo chéo:

```văn bản

https://api.crossref.org/works?query.title=