學術研究人員的 Claude Code 102 進階指南

這是我的 Claude Code 學術研究系列教學的第二部分。

本教學建立在第一部教學《Claude Code 101》的基礎上，該教學已獲得超過 400 萬次觀看。你可以在下方閱讀：

我以簡單易懂的語言撰寫這些教學。你不需要任何技術背景都不需要，只要你能用英文寫句子，就能使用 Claude Code。

Claude Code 101 快速回顧

在第一部教學中，你學會了如何開啟單一資料夾、加入你的 PDF，並提供一個包含 Claude Code 指令的 CLAUDE.md 檔案。這種設定。這種設定方式適合較短的專案，或當你剛開始使用 Claude Code 的時候。

但對於學術研究者來說，我們的專案往往會持續數月甚至數年，累積數百篇論文和好幾份草稿。

在本教學中，我們將學習如何借助 Claude Code 來規劃一個長期的學術期程較長的學術專案。

第一部分：規劃長期專案

假設我們正在進行一個專案，例如學位論文、專書或研究論文。如果你將這類專案全部放在一個資料夾裡，只使用一個.md 檔案，Claude 最終會給你千篇一律的結果。它無法提供精準且客製化的結果。

你可以這樣想：如果你要你的（人類）研究助理幫你起草論文的某個章節、清理資料集或註解一篇文章，你會針對每個任務給他們不同的指示。

我們可以在 Claude Code 中運用完全相同的組織架構，方法是建立子資料夾。

1.1 用子資料夾達到更好的組織

假設你正在撰寫學位論文，你有一個名為「我的論文」的主資料夾。在主資料夾。在主資料夾內，建立子資料夾：

文獻：存放已出版學術著作的 PDF 和筆記
章節：存放各章節的草稿
資料：存放資料集
筆記：存放會議記錄和想法
通訊：存放指導教授信件、共同作者往來、審查意見

這種組織方式對你和 Claude Code 都有幫助。如果你需要處理某個章節的草稿，可以直接前往「章節」資料夾。

Claude Code 也是如此。如果你問它關於某個資料點的問題，它會知道要去「資料」資料夾尋找。

1.2 子資料夾的.md 檔案

在 101 教學中，我們撰寫了一個.md 檔案，這是一組 Claude Code 在每次啟動工作階段時都會讀取的指令。

在你的主論文資料夾中，撰寫一個.md 檔案，以概括性的方式告訴 Claude Code 關於你和你的專案。我們稱之為「全域」.md 檔案。

這不代表你應該寫得含糊。要精確，但先給它大方向。我們之後還有時間處理細節。把這個.md 檔案視為你專案的憲法。

在每個子資料夾內，放入另一個只適用於該特定子資料夾的.md 檔案。我們稱這些為「區域」.md 檔案。子資料夾中區域.md 檔案的目的，是為了給 Claude Code 關於這些任務的具體指示，而不會讓主.md 檔案變得過於龐大。

例如，你「章節」子資料夾中的.md 檔案可能會說：

如果我請我評論我的草稿時，請遵循以下結構：論點、證據、文獻回顧、反論點。除非我特別指定，否則一律使用 MLA 第 9 版引用格式。

你「資料」子資料夾的.md 檔案可能包含這樣的指令：

除非我特別指定，否則將所有 CSV 檔案和 Excel 工作表視為原始資料。絕不覆寫任何原始檔案。將清理後的版本另存新檔，並在檔案名稱結尾加上 _clean。

而你「通訊」資料夾的.md 檔案可能會說：

始終優先處理審查報告和共同作者往來中共同的意見。

1.3 巢狀.md 檔案

當 Claude Code 在子資料夾中工作時，它會讀取兩個.md 檔案：一個在子資料夾中，另一個在主資料夾中。

這些巢狀的.md 檔案能讓 Claude Code 清楚了解你的整體專案內容，以及如何精準地回應特定問題。

1.4 區域.md 檔案的輸出風格

你也應該考慮在每個區域.md 檔案中加入關於輸出風格的簡短指示。

例如，在「文獻」子資料夾中，你可以要求 Claude Code 在摘要一篇論文時，提供一個包含論點、證據、與你專案相關性等欄位的表格。同樣地，在「筆記」子資料夾中，你可以要求它用條列式要點來回應。

你隨時可以回頭修改這些指示。

1.5 實際範例 /練習

在 Claude Code 中開啟你的主論文資料夾，並輸入以下提示：

讀取我今天加入「文獻」子資料夾的五篇論文，並告訴我哪些論文支持或反駁我在「章節」子資料夾中「第三章 – 大綱.md」的論點。

Claude Code 會讀取全域.md 檔案以及「文獻」和「章節」子資料夾中的兩個區域.md 檔案，然後告訴你哪些論文支持或反駁斥你的論點。

1.6 避免事項

不要在.md 檔案和區域.md 檔案中重複指令。這是不必要的，而且會導致 Claude Code 處理更多 Token。

子資料夾中的區域.md 檔案不應與全域.md 檔案中的指示矛盾。如果有矛盾，Claude Code 會遵循更具體的指示，但你會感到困惑。

第二部分：計劃模式與自訂斜線指令

一個長期的學術專案，例如學位論文或研究論文，會涉及某些重複性的任務。例如，你可能需要反覆篩選論文來進行文獻回顧。每次開始起草一個章節時，你都需要撰寫大綱。如果你撰寫零稿（也稱為自由寫作），你幾乎需要每天「清理」它們。

但也有複雜且不重複的任務。例如，回應審查者的意見需要認真處理他們的批評性回饋，然後改寫你的稿件。

Claude Code 可以協助你處理這兩種類型的任務。對於複雜、一次性的任務，Claude Code 提供計劃模式；對於重複性的任務，它則有自訂斜線指令。

2.1 計劃模式

一般來說，當你給 Claude Code 一個任務時，它會立刻開始工作。對於小型、低風險較低的任務來說，這沒問題。例如，你要求 Claude Code 使用論文標題和作者姓名來重新命名「文獻」子資料夾中的所有 PDF。Claude Code 會立即執行。

但對於複雜的任務，這種方法不會產生理想的結果。假設你有三十五篇研究論文的原始筆記，你要求 Claude Code 綜合你的筆記。如果 Claude Code 因任何原因誤解了指令，你只會在它完成任務後才發現。

計劃模式讓你對 Claude Code 有更多控制權。它不會立即行動，而是會先寫出一個逐步計劃，說明它將要做什麼。你閱讀計劃，如果不同意某些部分，你可以要求它相應地要求它修改計劃。

你可以在聊天列下方的權限選單中找到計劃模式。你也可以使用 Ctrl + Shift + M 開啟。或者，你可以直接在提示中要求 Claude Code 在執行任何動作之前先顯示計劃。

2.2 何時使用計劃模式

計劃模式最適合涉及三個或更多步驟的複雜任務、涉及多個子資料夾的任務，或會產生較長輸出的任務。例子可能包括綜合你的筆記、為系統性文獻回顧篩選研究、或清理資料集並產出編碼簿。

你應該不會對你的（人類）研究助理說「去起草第三章」，而不先問他們的計劃。Claude Code 的計劃模式也是同樣的道理是一樣的。

2.3 自訂斜線指令

斜線指令是一個快捷方式。Claude Code 有幾個內建的斜線指令。開啟你的 Claude Code，輸入正斜線，它會顯示一個內建斜線指令列表。例如，當你輸入內建斜線指令 /schedule 時，Claude Code 會建立一個可以按需執行或自動執行的排程任務。

斜線指令本質上就是一組用簡單英文寫成的指令，Claude Code 會遵循這些指令。你可以把它想像成一個很長的提示，你不需要在每次要執行重複性任務時都重新輸入。

回想一下，在 101 教學的第五部分，我們學會了如何手動和自動建立技能。如果我們自動建立一個技能，它會提供一個自訂斜線指令。

當你建立一個自訂斜線指令時，Claude Code 會在你的電腦上的 .claude/commands 資料夾中建立一個.md 檔案。你需要知道這個路徑，你需要知道這個路徑，以便在需要編輯這個.md 檔案時，知道去哪裡找到它。

2.4 建立第一個自訂斜線指令

建立自訂斜線指令最簡單的方法，就是要求 Claude Code 幫你建立一個。例如，你可以開啟 Claude Code，然後輸入以下內容：

建立一個名為 /firstdraft 的斜線指令，將我「筆記」資料夾中的原始筆記轉換成連貫且前後一致的段落，沒有任何冗詞贅字。

Claude Code 會將一組指令寫入一個.md 檔案，並將它放在 .claude/commands 資料夾中。一旦 Claude Code 完成斜線指令的建立，重新啟動工作階段，然後輸入正斜線。你會在選單中看到 /firstdraft。

你可以為你的專案建立一個專門的自訂斜線指令庫。

2.5 避免事項

不要為你每六個月才做一次的任務編寫斜線指令。這些指令會塞滿你的斜線選單，而且隨著你的專案演進，它們很可能會過時。

不要在一個斜線指令檔案中加入涉及多步驟程序的冗長指示。保持一個斜線指令對應一個特定的、重複性的任務。如果你的指示超過十五行，你很可能需要兩個斜線指令。

對於較長、複雜的任務，不要跳過計劃模式。

第三部分：用於平行研究任務的子 Agent

到目前為止，我們只看了可以在單一 Claude Code 工作階段中完成，無論是使用計劃模式還是自訂斜線指令的任務。你有一個 AI 助手，你可以在主面板中與它一起工作。

但對於像學位論文或研究論文這樣的長期專案，你可能需要多個 AI 助手。這就是子 Agent 就派上用場了。

3.1 為什麼一個助手不夠

在較長的專案中，我們在使用像 Claude Code 這樣的 AI Agent 時會遇到兩個問題。

如果你要求 Claude Code 讀取「文獻」資料夾中的二十篇 PDF，每篇論文的每一頁都會成為 Claude Code 對話的一部分。你問它好幾個問題，它回答你。

現在，所有論文中的文字以及你的對話都成了 Claude Code 該工作階段的記憶。如果你現在要求它為你的學位論文第四章起草一個大綱，它的回應會因為所有這些上下文而變慢且缺乏清晰度。這稱為「上下文混雜」。

其次，在單一工作階段中，你只能依序指派任務給 Claude Code。如果你想要對你的稿件進行三種不同的評論（一個來自理論學家、一個來自資訊學家、一個來自審查者 2），你無法在單一工作階段中依序進行，因為每次評論都會因為上下文混雜而影響下一次評論。

對於這樣的任務，你需要三個獨立的工作階段。

3.2 什麼是子 Agent？

把子 Agent 子 Agent 視為 Claude Code 的一個專業化版本，它有自己的指令，更重要的是，它有自己的上下文視窗。上下文視窗是 Claude Code 用於單一對話的工作記憶。Claude Code 在任何給定時刻能「看到」的所有東西，從你的檔案到你的提示，再到它自己的回應以及.md 檔案中的指令，都位於上下文視窗內。當你提出問題時，Claude Code 會使用它的上下文視窗來回答。

與自訂斜線指令類似，子 Agent 也以.md 檔案的形式存在。但與沒有上下文視窗的斜線指令不同，子 Agent 有一個上下文視窗。

斜線指令和子 Agent 之間的另一個重要區別是，子 Agent 不會讀取.md 檔案。它有自己的.md 檔案中的指令，僅此而已。

一個子 Agent 會有一個非常特定的角色，例如「引用檢查器」或「批判性審查者」。每個 Agent 都有自己的上下文。當你從主工作階段將一個任務委派給子 Agent 時，它的閱讀和推理會保留在子 Agent 內部。你只會得到最終答案。這樣一來，你就可以避免主工作階段發生上下文混雜。

3.3 給研究者的子 Agent

雖然你需要的確切子 Agent 類型取決於你的專案，但以下是一些通用的例子。

文獻回顧子 Agent：讀取加入「文獻」資料夾的每篇新 PDF，並根據你的論點提供結構化摘要。
引用檢查子 Agent：取得一份章節草稿，並驗證每個引用的來源引用來源引用是否與「文獻」資料夾中的論文相符，並指出遺漏的參考文獻。
方法學審計子 Agent：對於實證研究專案，檢查你的方法章節是否與資料和分析一致。
審查者 2 2 子 Agent：以敵對審查者的角度評論你的草稿。

3.4 建立一個子 Agent

就像建立自訂斜線指令一樣，建立子 Agent 最簡單的方法是要求 Claude Code 幫你建立一個。開啟一個工作階段，然後輸入：

建立一個名為「引用檢查器」的子 Agent。它將從「章節」資料夾取得一份草稿，列出每個文內引用，並針對「文獻」資料夾中的論文逐一驗證。然後，它會建立一個包含遺漏參考文獻的 Markdown 檔案。該子 Agent 絕不能編輯或修改草稿。

Claude Code 會建立一個名為 citation-checker.md 的檔案，並將它放在你 .claude 資料夾內的 Agents 資料夾中。

重新啟動工作階段，你的子 Agent 就可以使用了。要部署一個子 Agent，只需要求 Claude Code 使用它即可。例如，「對『章節』資料夾中的 chapter_4.md 使用『引用檢查器』。」

如果你想要，你隨時可以編輯子 Agent 的.md 的.md 檔案以滿足你的需求。

3.5 範例：平行評論

假設你已經完成了一個章節的草稿，現在你希望在把它交給你的指導教授或同事之前獲得一些回饋。開啟一個工作階段，然後輸入：

同時讓「方法學審計者」和「審查者 2」讀取並評論「章節」資料夾中的 chapter_4，並給我審查報告。將兩份報告以子 Agent 的名稱儲存在同一個資料夾中，檔名為 chapter_4_critiques。

兩個子 Agent 會使用各自獨立的上下文來讀取和評估你的草稿。完成後，你將獲得兩份評論，分別存在兩個不同的檔案中。你的主工作階段從頭到尾都不需要將你的草稿或任何相關內容加入其上下文視窗。

請注意，這可能需要幾分鐘時間，具體取決於你使用的模型。

3.6 避免事項

不要為次要任務建立子 Agent。

不要讓你的子 Agent 有重疊的職責。

永遠不要讓你的子 Agent 編輯你的草稿。子 Agent 應該始終將其報告產出為獨立的檔案。

第四部分：將 Claude Code 連接到其他應用程式

到目前為止，你的專案一直停留在 Claude Code 內部，沒有與任何其他應用程式整合。Claude Code 讀取、編輯、寫入的所有內容都存在於你的專案資料都存在於你的專案資料夾中。

但像學位論文和研究論文這樣的學術專案，涉及複雜的組織和結構性流程，這些流程分散在各個應用程式中。例如，你的引用在 Zotero 中，你的草稿在 Google Drive 中，你的會議記錄在 Zoom 中。

我們如何將這些應用程式與我們的 Claude Code 整合？

在 2024 年，Anthropic 引入了一種稱為模型上下文協定（MCP）的方法，讓使用者可以將 Zoom 和 Google Drive 等應用程式與 Claude Code 整合。

你不需要了解 MCP 是什麼以及它是如何運作的。你只需要知道如何透過 MCP 連接不同的應用程式。

4.1 如何將應用程式與 Claude Code 連接

開啟你的 Claude Code，在左上角你會看到一個「自訂」選項。點擊它，然後在接下來的畫面中選擇「連接你的應用程式」。

這會顯示「連接器」，這是由 Anthropic 核准可在 Claude Code 中使用的應用程式列表。尋找像 Zoom 或 Google Drive 這樣的應用程式，然後在接下來的畫面中點擊「連接」。

系統會提示你授予 Claude Code 權限。完成後，你的應用程式就與 Claude Code 連接。

4.2 實際範例

將你的 Zoom 連接到 Claude Code，開啟一個工作階段，然後輸入：

提取我最近與同事進行的三通通話的逐字稿。提取所有與「草稿」中第四章相關的評論。將所有提取的評論儲存在「通訊」資料夾中一個以今天日期命名的新檔案中。

4.3 連接器和子 Agent

隨著你的專案演進，你可以結合使用連接器和子 Agent 來提高流程效率。

例如，你可以設定一個名為「文獻回顧者」的子 Agent，它使用連接器列表中可用的 PubMed 或 arxiv 資料庫。

4.4 避免事項

不要安裝太多連接器。要有選擇性，只安裝與你的專案相關的連接器。

不要連接可能包含你不想與 AI 分享的機密資訊的應用程式。例如，如果你的 Slack 包含包含未發表的機密資料，請不要連接它。

第五部分：鉤子與排程任務

任何研究專案中最重要的部分之一，就是備份你所有的檔案。你不希望你的學位論文只存在於一台電腦上，而這台電腦在你答辯截止日期的前三天故障。

5.1 什麼是鉤子？

Claude Code 中的鉤子可以自動化建立備份的流程。鉤子是一組簡短的指令，當 Claude Code 中發生特定事件時會自動觸發。一旦你設定好鉤子，你就不需要記得去使用它。Claude Code 會自動使用它。

5.2 建立你的第一個鉤子

建立鉤子最簡單的方法就是要求 Claude Code 幫你建立一個。開啟一個 Claude Code 工作階段，然後輸入：

設定一個編輯前安全鉤子，在開始編輯一個章節之前，先複製該鉤子會複製該章節並儲存其當前版本。

這個鉤子會為你要求 Claude Code 編輯的任何章節建立一個備份版本。

一旦鉤子準備好使用，向 Claude Code 提出以下要求：

根據今天 Zoom 會議逐字稿中的意見，編輯「草稿」中的 Chapter_4.md。

Claude Code 會建立原始檔案的備份，將它放在一個備份資料夾中，然後在「草稿」資料夾中編輯一個副本。

5.3 什麼是排程任務

較長的學術寫作專案涉及需要定期執行的任務。例如，你想每週進行一次文獻掃描，以掌握最新的出版資訊。

你可以像在 Claude Code 中設定鉤子一樣設定排程任務。只需描述應該發生什麼事以及何時發生，Claude Code 就會為此撰寫一個例行任務。排程任務會使用我們在前面部分討論過的連接器和子 Agent。

5.4 排程任務的使用案例

作為研究員，你可能會想要定期備份你的草稿。你可以要求 Claude Code 建立一個「草稿備份」任務，該任務會複製「草稿」資料夾中的所有內容，並將其儲存到備份資料夾中，並加上日期戳記。

5.5 範例

開啟一個 Claude Code 工作階段，然後輸入：

建立一個排程任務，每週一早上 9 點執行。它應使用 PubMed MCP 來提取過去一週發表的關於社交媒體和心理健康的新論文。然後，它應將這些論文交給「文獻回顧」子 Agent 進行篩選。將篩選表格儲存放到「文獻」資料夾中一個名為「每週掃描」的子資料夾中。

5.6 避免事項

不要設定涉及刪除任何檔案的鉤子或排程任務。

不要建立太多鉤子，以免你難以記住它們。或者，你可以另外維護一個鉤子列表來提醒自己。

不要為你尚未手動執行至少四次的事情設定鉤子或排程任務。