10 日前、Anthropic からメールが届きました。私のプロジェクトが彼らの「AI for Science」プログラムに採択され、3 万ドル分の Claude クレジットを獲得したのです。このプログラムに関わるすべての皆さん、サポートしてくれてありがとう 🫶
そのプロジェクトとは、私自身の腫瘍のことです 🥹
私は 35 歳で、ステージ 4 の乳がんです。ソフトウェアエンジニアとして働きながら、3 月以降は自分のがんを理解するためのツールを作ってきました。今では遺伝子の名前を入力するだけで、自分の腫瘍を構成する何千もの細胞の中でそれがどう発現しているかを確認できます。
私の肝転移を、細胞ひとつひとつまで可視化したものです。各ドットが 1 つの細胞を表し、色はその細胞が特定の遺伝子（ESR1）をどれだけ持っているかを示しています。
また、私専用のパーソナライズワクチンを製造してくれる人や、それを投与してくれる病院も必要です。詳しくは最後に書きます。
始まり
長い間、医師たちは私の痛みを坐骨神経痛だと言っていました。でもどんどん悪化していくので、最終的には自費で MRI を撮りました。2024 年 1 月に結果がメールで届き、私は一人でそれを読みました。絶対に何かの間違いだと思いました。
今年の 3 月、がんが進行し、私は自分の腫瘍について学べることはすべて学ぼうと決めました。
現在の状況
がんは肝臓と骨に転移しています。私の腫瘍は珍しいタイプです。私のような症例に対する具体的なガイドラインはなく、どんな答えを得るにも数週間かかります。
私自身の CT スキャンから構築した、肝臓の 3D モデルです。黄色い点が病変です。一部は AI によって発見されたもので、まだ放射線科医による確認は済んでいません。
目標は、私自身の腫瘍から作るパーソナライズワクチンです。免疫系に「何を攻撃すべきか」を学習させるためです。
始めたばかりの頃は、ネオアンチゲンが何なのかもよく分かっていませんでした。今ではシーケンスレポートを読み解き、研究者たちと対話できるようになり、道に迷うことも少なくなりました。
どうやって作っているか
開発には Claude Code を使っています。30 体以上のエージェントからなるチームで、それぞれが 1 つの役割を担っています。あるエージェントは論文を読み、海外の臨床試験を探します。別のエージェントは、すべての数値を元のソースと照合することだけを専門に行います。難しい質問に対しては、2〜3 体のエージェントがそれぞれ独立して回答し、意見が食い違えば私が気づけるようになっています。レポートやファイルは Telegram でスマホに届き、私が承認するまで外部には何も送信されません。
医療上の決定はすべて医師が行います。エージェントは、より良い質問を持って診察に臨めるよう私をサポートし、専門家たちがそれをチェックしてくれます。時には大きく修正されることもあります。
生検プロトコル
チューリッヒで新たな生検を受ける必要がありました。生検は簡単に繰り返せるものではありません。サンプルが採取されなかったり、適切な方法で保存されなかったりすれば、それは失われてしまいます。
そこで私は自分のシステムを使ってプロトコルを作成しました。どのサンプルを採取し、後で何を分析したいかに応じてそれぞれをどう保存するかという手順です。その後、サンプルの分析を担当する Dana-Farber がん研究所の Paloma Cejas 博士のラボチームがレビューを行い、内容を改善してくれました。
私の腫瘍を、細胞ひとつひとつ見る
これは今でも鳥肌が立ちます。
Cejas 博士のラボは、保存組織にも使える 10x Flex という技術を用いて、私の肝転移と骨転移を細胞ごとにシーケンスしてくれました。そのデータは今、私のノート PC に入っています。
まだ結論は出ていません。チームと一緒に少しずつ読み解いているところです。
病気の 3D マップ
PET スキャンを 2 回受け、大量のレポートがありましたが、全体像がつかめませんでした。
左：2 回の PET スキャンで見つかったすべての骨病変を、トレーサー別に色分けしたもの。右：脊椎の 1 つを 3D で表示し、それぞれの PET と CT で見た様子。
そこで、2 回のスキャンデータから転移巣の 3D マップを作りました。主治医チームと一緒にこれを見ながら、どの病変を生検すべきか話し合いました。最終判断は医師たちが下しましたが、全員が同じマップを見ていたことがとても役立ちました。
ポートが機能しなくなった時は、数ヶ月おきに撮影した 3 回の CT スキャンから 3D モデルを再構築し、カテーテルがずれていないか確認しました。
3 回の CT スキャンから再構築した、ポートとカテーテルの 3D モデル。紫色のデバイスはイメージ図です。
2 年分の血液検査を 1 画面に
血液検査の結果は毎回 PDF で渡されます。数ヶ月経つと数十枚になり、誰も全部は読みません。
そこで私はそれらを 1 つのパネルにまとめました。2023 年 12 月以降の 70 回以上の採血から得られた 1,800 件以上の数値です。医師は各数値が時間とともにどう変化したかをすぐに把握できます。
ワクチン製造者と病院が必要です
次のステップは、腫瘍の全エクソーム解析と、健康な DNA との比較です。そこからは、AI にできることはあまりありません。
寄付をしてくださった方、メッセージをくださった方、本当にありがとうございます。ワクチンの製造や投与ができる方、あるいはそれができる人を知っている方は、ぜひ連絡してください。DM はオープンにしています。すべての情報は helpmiriam.com にあります 💜
