这是一个由五部分组成的教程，旨在帮助学术研究人员入门 Codex。
我使用通俗易懂的语言编写，你无需任何技术背景即可理解本教程或使用 Codex。
第一部分：第一部分：第一部分：什么是 Codex？
Codex 是一个可以在你电脑上运行的工具。不要被“代码”这个词吓到。使用它不需要任何编码或编程技能。你只需像安装 Zoom 或 Zotero 这类应用一样，在你的电脑上安装 Codex 应用。
一旦安装完成，打开你的项目文件夹（如论文、文章等），让 Codex 在该文件夹内工作。Codex 可以读取文件夹中的文件、编辑现有文件以及创建新文件。当你返回工作时，它还能继续处理已保存的会话和项目指令的会话。
与 ChatGPT 和 Gemini 等仅能“对话”的浏览器应用不同，Codex 实际上可以为你“执行”操作。
1.1 为什么你应该关注它？
你是一名研究人员，你是一名研究人员，电脑上有一个文件夹，里面包含若干 PDF 文件、论文草稿、电子表格、数据集以及一些访谈记录。所有这些文档都与你的项目相关，但你需要将已发表的文献、收集到的数据以及你自己的笔记联系起来。
这正是 Codex 能够发挥作用的场景。
大多数学者和研究人员都使用过浏览器中的 AI 应用（如 ChatGPT、Claude、Gemini 等）。你打开一个标签页，输入提示词，AI 就会回复。如果你想询问关于论文或草稿提问，可以将其添加到 ChatGPT 或 Claude 中。
Codex 的不同之处在于，不是你将文件带到浏览器中的 AI 应用，而是你将 AI 带入包含所有数据的文件夹中。
1.2 为什么 Codex 对学术工作很重要
Codex 能够成为你可靠且强大的研究助手，主要体现在两个方面。
首先，Codex 可以遵循关于你本人、你的研究、你的写作风格以及你不断变化的研究需求的项目指令。如果你将这些需求。如果你将这些需求放在一个可见的指令文件中，就无需重复解释。
其次，由于 Codex 在你的电脑文件夹内工作，它可以同时处理多个文件。例如，它可以浏览文件夹中可读取的 PDF 文件，并从中提取相关信息（如目标、方法论等）。你甚至可以要求它根据提取的信息创建一个新文件。
Codex 可以处理多种类型的文件，从 Word 文档到 Excel 表格、PDF 等，但扫描件或格式错误的文件可能需要额外检查。
1.3 这在实际中这意味着什么？
如果你是一名定性研究人员，可以加载一个包含大量访谈记录的文件夹，要求 Codex 找出某个特定表述的所有实例，例如每位参与者如何谈论某个主题。然后，要求它寻找跨访谈的总体主题。
如果你是一名定量研究人员，可以将一个杂乱的 CSV 文件或 Excel 工作表添加到文件夹中，要求 Codex 为你清理数据。你可以要求它运行描述性统计，或解释审稿人提出的关键意见。
1.4 Codex 不是什么
Codex 是一个极其强大的工具，但它不能替代你的专业判断。它可以起草、总结、编码，但什么是论点或证据，这仍然是你的责任。
能够成功使用 Codex 的学者，是那些将其视为研究助手的人，而不是将所有思考和判断都外包给它的人。
第二部分：安装 Codex 应用，开启你的第一个会话
如果你不熟悉 Codex，请预留 15-20 分钟进行安装和设置。使用 Codex 不需要任何编码技能。
你需要在电脑上使用 Codex，需要拥有 ChatGPT Plus 或 Pro 订阅计划。
2.1 安装
Codex 应用适用于 Windows 和 Mac。请访问 openai.com/codex 并下载与你电脑兼容的版本。像运行其他安装程序（如 Zoom、Zotero 等）一样运行它。
安装完成后打开应用。首次打开时，Codex 会要求你通过浏览器登录或关联你的账户。登录后，你将看到一个工作区，可以在其中开始会话。
默认情况下，Codex 会在你的“文档”中创建一个名为“Playground”的文件夹。除非你切换到其他文件夹，否则你所有的操作都将在此文件夹内进行。
2.2 打开你的第一个文件夹（项目）
Codex 将文件夹视为“项目”。除了名称之外，两者没有区别。
为了练习，在你的电脑上创建一个名为“Codex Research Assistant”的文件夹。然后点击聊天栏下方的“Playground”。从下拉菜单中选择“添加新项目”，并导航到你刚刚创建的文件夹。
现在 Codex 就在那个文件夹里了。根据你授予的权限，它可以访问主文件夹内的文件和子文件夹。
2.3 会话是什么样的
会话是你在主聊天面板中与 Codex 进行的对话，就像在 ChatGPT 等浏览器应用中一样。
交互方式与 ChatGPT 等基于浏览器的应用类似。唯一的区别是，现在 Codex 可以访问你电脑上的文件。它还可以在你的电脑上创建文件。
进入文件夹后，给 Codex 一个简单的提示，例如：
读取文件夹中的所有论文，并将它们的主要论点作为一个单独的文件提供给我。
就这样。你与 Codex 的大部分交互都将是编写这样的指令。
Codex 会继续从论文中检索相关信息，并开始创建一个新文件。这个文件将出现在你正在工作的文件夹中。
在处理过程中，它可能会请求你的许可。你可以配置 Codex 的权限，但在开始时，让 Codex 请求许可是个好主意。你不希望 Codex 最终在未经你允许的情况下删除或更改任何重要文件。
你在 Codex 中开始的每个会话都会保存在应用的对话历史记录中。
第三部分：Codex 作为你的研究助手
当 Codex 开始在一个文件夹中工作时，它会查找一个名为 AGENTS.md 的文件，以获取一组要遵循的指令。请注意大写字母，这很重要。
创建 AGENTS.md 文件有两种方法：自动和手动。
3.1 手动
如果你想手动创建，请在 Windows 上打开记事本或在 Mac 上打开文本编辑，写下你希望 Codex 遵循的指令类型。请注意，你只需要用通俗的语言编写这些指令即可。你不需要使用任何编码或编程语言。
你可以将 AGENTS.md 文件分为以下几个部分：
#角色
这里的井号表示这是一个标题。
描述你希望 Codex 作为你的研究助手扮演的角色类型。提供一些关于你的研究领域和当前项目的细节。
#标准
描述与你研究领域相关的学术标准。例如，你可以告诉 Codex 遵循特定的引用风格或研究论文的特定结构。
#写作风格
告诉 Codex 你希望它遵循的写作风格，无论是学术风格还是非正式风格。
#批评风格
描述你希望 Codex 如何批评你的工作，无论是关注你的论点、证据还是方法论。
将文件保存为 AGENTS.md，放在你电脑上的主项目文件夹中，这样就完成了。
你不需要有一个完美无缺的 AGENTS.md 文件。你可以随时返回并根据项目的发展进行编辑。
3.2 自动
如果你不想手动创建 AGENTS.md 文件，只需在 Codex 中开始一个聊天会话，并提供关于其角色、标准、写作风格和批评风格的详细信息。然后要求它使用这些信息创建一个 AGENTS.md 文件。
Codex 会创建该文件并将其保存到你的项目文件夹中。
3.3 记忆与项目上下文
随着你项目的推进，Codex 可以使用项目文件夹中的指令和文件作为上下文。某些 Codex 设置可能也具有记忆功能，但你不应依赖隐藏的记忆作为 Codex 记住你项目的主要方式。
每次你开始一个会话时，Codex 都可以读取 AGENTS.md 以及你要求它检查的项目文件，并利用它们来回答你的问题。
随着时间的推移，你的指令和可见的项目笔记为 Codex 提供了关于你和你的工作的足够上下文，使其成为一个可靠的研究助手。
你可以通过输入“告诉我你正在为这个项目遵循哪些指令”来询问 Codex 的指令。如果某条信息过时了（例如引用风格），只需用新信息更新 AGENTS.md 即可。
3.4 不要将什么放入 AGENTS.md
不要将任何机密信息或你不希望 AI 使用的内容放入 AGENTS.md。
不要让 AGENTS.md 成为过时信息的集合，因为这将对其输出产生重大影响。你可能需要每隔几周更新该文件。
第四部分：处理你的研究文档
Codex 文件夹不必整理得井井有条。这并不意味着你可以开始将不相关的文件放入此文件夹。它的意思是，你不应该在开始之前花时间整理它。Codex 可以帮助你做到这一点。你可能唯一需要记住的是，不要给你的文件起一些令人困惑的名字，比如“论文（最终版）（最终版2）（用这个）”。
添加一些与你的项目相关的 PDF 文件、Word 文件、数据集、访谈记录等。
假设你有二十篇与研究主题相关的论文，你想找到贯穿所有论文的共同主题。或者，你有一个特定的主张或论点，正在寻找支持或反驳该主张的证据的论文。
在 Codex 中打开文件夹并编写一个提示，例如：
读取此文件夹中的每个 PDF，并告诉我哪些文章不同意以下论点：[在此处粘贴论点]
Codex 将读取文件夹中它可以访问的 PDF 文件，并从中提供相关信息。Codex 的答案可能以表格形式呈现。
4.1 文献综述的研究助手
如果你是一名生物医学研究人员或经常进行系统评价的社会科学家，请下载五十篇研究文章并将它们放入一个名为“使用 Codex 进行系统评价”的文件夹中。
在 Codex 中打开该文件夹，提供你的筛选（纳入/排除）标准，并要求它筛选文件夹中的所有论文。
Codex 将根据你的标准筛选论文，并以表格形式呈现结果。在依赖这些结果之前，你仍然应该自己验证它们。
4.2 处理记录
如果你是一名定性研究人员，可以将访谈记录添加到 Codex 文件夹中，并要求它提取与特定主题相关的信息。
例如，你可以要求它提取每位受访者如何回答特定问题。
4.3 给 Codex 分配一项繁琐的任务
将大约五十个 PDF 文件放入一个文件夹中，并在 Codex 中打开它。然后要求它全部浏览一遍，并使用它们的标题重命名。
你会看到 Codex 在几分钟内完成了必要的工作。开始时，要求它在实际重命名文件之前显示建议的新名称。
4.4 要求 Codex 创建文件
由于你的项目会不断发展，你可能希望 Codex 为你创建某些文件，以便在需要时可以回溯。随着项目的发展，这也有助于 Codex 轻松检索。
每当你要求 Codex 执行一项重要任务，如筛选论文或从记录中提取信息时，要求它将答案作为文件保存在文件夹中。
通常，Codex 会将这些文件保存为 Markdown（md），它们占用空间很小，并且 Codex 很容易从中检索信息。但你也可以要求它创建一个 Word 文件或 Excel 工作表。
第五部分：第五部分：Codex 技能
技能是一组指令，使 Codex 成为一项任务的专家。就像 AGENTS.md 文件一样，技能也是用通俗易懂的英语编写的，但在 Codex 中，它通常位于一个包含名为 SKILL.md 的文件的文件夹中。就像 AGENTS.md 一样，你可以手动和自动创建技能文件。
一旦你创建了一个技能，当任务与技能描述匹配时，Codex 就可以使用它。你也可以通过名称来调用技能，例如在你的提示词中输入类似“$skill-name”的内容。
创建技能最简单的方法是让 Codex 为你完成。假设你定期进行 Zoom 通话，并且有这些通话的记录。对于每次通话或记录，你都希望提取可操作的事项或待办事项。
要创建一个技能，请开始一个 Codex 会话，并直接要求它创建一个用于从 Zoom 记录中提取可操作事项的技能。
Codex 将开始工作。它可能会向你提出后续问题，并创建一个技能文件，你可以根据需要编辑它。也许你希望 Codex 在回复时遵循特定的结构。
技能创建完成后，重新启动 Codex 或重新加载项目，该技能即可使用。
5.1 AGENTS.md 与技能的区别
AGENTS.md 包含关于你和你的项目的全局或项目级指令。它向 Codex 提供了关于你和你的研究的大局。
而技能则针对特定任务。这些文件包含更具体、更细粒度的信息。AGENTS.md、技能和可见的项目笔记协同工作，为你提供最佳回复。
5.2 不要将什么委托给 Codex
Codex 擅长处理劳动密集型、耗时且重复的任务。将这些任务外包给 Codex。但 Codex 无法创造出真正算作学术成果的东西，因为它无法为你提供新颖原创的论点。
它可以综合信息，然后你可以将其用于支持你的论点，但提出原创论点的工作仍然是作为研究人员的你的职责。
