जीव विज्ञान/चिकित्सा पर गहन और विश्वसनीय शोध
लागू होने वाले परिदृश्य: जैविक/जैवचिकित्सा संबंधी वैज्ञानिक साहित्य की खोज का एक चरण पूरा करें और उपयोगकर्ताओं को विस्तृत और विश्वसनीय परिणाम प्रदान करें। 1. उपयोगकर्ता द्वारा खोज शुरू करने के बाद, सिस्टम प्रश्न और कीवर्ड को विभाजित करता है। 2. सार्वजनिक और पुनरुत्पादित डेटा स्रोतों का उपयोग करके साहित्य की खोज करें। 3. खोज परिणामों को डुप्लिकेट रहित करें, स्तरीकृत करें, वर्गीकृत करें और क्रमबद्ध करें। 4. प्रतिक्रिया में क्लिक करने योग्य पाठ उद्धरणों का उपयोग करें। 5. दस्तावेज़ के अंत में संपूर्ण साहित्य जानकारी सूचीबद्ध करें और सार्वजनिक रूप से खोजे जा सकने वाले मार्गों के साथ IF को चिह्नित करें; यदि उच्च विश्वसनीयता सत्यापन संभव नहीं है, तो इसे "सत्यापित किया जाना है" या "पता नहीं चला" के रूप में चिह्नित किया जाना चाहिए।
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Why we love this skill
यह कौशल जैव चिकित्सा अनुसंधान के लिए एक विश्वसनीय मार्गदर्शक के रूप में कार्य करता है, जो संरचित खोजों, बहु-स्तरीय साहित्य स्क्रीनिंग और कठोर प्रभाव कारक (आईएफ) जांच के माध्यम से अत्यधिक सटीक और सत्यापन योग्य अनुसंधान जानकारी सुनिश्चित करता है।
निर्देश
इस प्रक्रिया का मूल तत्व यह है: सबसे पहले, PubMed/NCBI ई-उपयोगिताओं में पुनरुत्पादनीय प्रारंभिक स्क्रीनिंग करने के लिए कई प्रश्नों का उपयोग करें, फिर डुप्लिकेशन हटाने और सार साक्ष्य ग्रेडिंग के लिए PMID का उपयोग करें; केवल कुछ ही महत्वपूर्ण दस्तावेज़ PMC/BioC पूर्ण-पाठ समीक्षा में शामिल किए जाते हैं; पाठ में उद्धरण क्लिक करने योग्य होने चाहिए; लेख के अंत में संपूर्ण ग्रंथसूची संबंधी जानकारी सूचीबद्ध होनी चाहिए; IF की जाँच केवल सार्वजनिक रूप से उपलब्ध स्रोतों के माध्यम से सावधानीपूर्वक की जा सकती है, और यह मान लेना उचित नहीं है कि इसमें JCR या स्थानीय डेटाबेस शामिल हैं, इसका अनुमान नहीं लगाया जा सकता है, और कम-विश्वास वाले मिलानों को निश्चित परिणाम नहीं माना जा सकता है।
1. उपयोगकर्ता द्वारा खोज शुरू करने के बाद पूर्व-प्रसंस्करण
1.1 सबसे पहले, उपयोगकर्ता के प्रश्न का विश्लेषण करें।
उपयोगकर्ता का प्रश्न प्राप्त होने के बाद, प्राकृतिक भाषा में पूछे गए प्रश्न को पहले संरचित तत्वों में तोड़ा जाता है।
पहचान अवश्य की जानी चाहिए:
• अनुसंधान विषय: जीन, प्रोटीन, दवाएं, चैनल, कोशिका प्रकार, ऊतक, रोग और मॉडल।
• जैविक प्रणालियाँ: मनुष्य, चूहे, गिलहरी, ज़ेब्राफ़िश, ऑर्गेनॉइड, रेटिना, मस्तिष्क के क्षेत्र, कोशिका रेखाएँ, आदि।
• संबंधों के प्रकार: अभिव्यक्ति, विनियमन, कार्य, तंत्र, फेनोटाइप, मृत्यु, उत्तरजीविता, उपचार, विषाक्तता, विकास, अपघटन, आदि।
• साक्ष्य संबंधी आवश्यकताएँ: क्या प्रत्यक्ष साक्ष्य, क्रियाविधि संबंधी साक्ष्य, पूर्ण-पाठ साक्ष्य, चार्ट, खुराक संबंधी मापदंड और प्रायोगिक विधियों की आवश्यकता है।
• समय सीमा: असीमित समय, पिछले 5 वर्ष, पिछला 1 वर्ष, नवीनतम घटनाक्रम और क्लासिक साहित्य।
• आउटपुट प्रकार: संक्षिप्त उत्तर, प्रतिनिधि साहित्य, समीक्षा सारांश, प्रायोगिक डिजाइन सुझाव, साक्ष्य तालिका, तंत्र आरेख।
उदाहरण:
उपयोगकर्ता समस्या:
"कृपया मुझे रेटिनल ऑर्गेनॉइड की मृत्यु से संबंधित साहित्य खोजने में मदद करें।"
संरचित विघटन (उदाहरण):
• मुख्य मॉडल: रेटिनल ऑर्गेनॉइड, रेटिना ऑर्गेनॉइड, hPSC-व्युत्पन्न रेटिनल ऑर्गेनॉइड, ऑप्टिक कप ऑर्गेनॉइड।
• फेनोटाइप: कोशिका मृत्यु, एपोप्टोसिस, अपक्षय, जीवन शक्ति में कमी, तनाव, परिगलन।
• संबंधित कोशिकाएं: फोटोरिसेप्टर, कोन, रॉड, रेटिनल गैंग्लियन सेल, म्यूलर ग्लिया।
• संभावित क्रियाविधियाँ: ऑक्सीडेटिव तनाव, ईआर तनाव, माइटोकॉन्ड्रियल शिथिलता, हाइपोक्सिया, सूजन, फेरोप्टोसिस, नेक्रोपोटोसिस।
• साक्ष्य के उद्देश्य: उन मौलिक अध्ययनों को प्राथमिकता दें जो मानव या पशु रेटिनल ऑर्गेनोइड्स में कोशिका मृत्यु/एपॉप्टोसिस/अपघटन का प्रत्यक्ष अवलोकन करते हैं; फिर अप्रत्यक्ष तंत्रों पर साहित्य की तलाश करें।
1.2 कीवर्ड विभाजन सिद्धांत (उदाहरण)
सिर्फ एक सर्च क्वेरी न लिखें। प्रत्येक अवधारणा के लिए कम से कम तीन श्रेणियों के शब्द तैयार करें।
श्रेणी 1: सटीक शब्द।
• रेटिनल ऑर्गेनॉइड
• रेटिना ऑर्गेनॉइड
• मानव रेटिनल ऑर्गेनॉइड
• एचपीएससी-व्युत्पन्न रेटिनल ऑर्गेनॉइड
• iPSC-व्युत्पन्न रेटिनल ऑर्गेनॉइड
दूसरी श्रेणी: समानार्थी शब्द और अतिनाम।
• ऑप्टिक कप ऑर्गेनॉइड
• 3डी रेटिनल कल्चर
• स्टेम सेल से व्युत्पन्न रेटिना
• रेटिना का विभेदन
• रेटिना ऊतक मॉडल
तीसरी श्रेणी: क्रियाविधि और लक्षणात्मक शब्द।
• एपोप्टोसिस
• कोशिकीय मृत्यु
• अध: पतन
• उत्तरजीविता
• तनाव
• ऑक्सीडेटिव तनाव
• ईआर तनाव
• माइटोकॉन्ड्रियल शिथिलता
• हाइपोक्सिया
• नेक्रॉप्टोसिस
• फेरोप्टोसिस
यदि उपयोगकर्ता सेल का प्रकार निर्दिष्ट करता है, तो निम्न जोड़ें:
• फोटोरिसेप्टर
• शंकु
• छड़
• रेटिनल गैंग्लियन कोशिका
• मुलर ग्लिया
• द्विध्रुवी कोशिका
• अमाक्राइन कोशिका
यदि उपयोगकर्ता प्रजाति या मूल स्थान निर्दिष्ट करता है, तो निम्नलिखित जोड़ें:
• इंसान
• चूहा
• चूहा
• ज़ेब्राफ़िश
• एचएससी
• आईपीएससी
• बहुसंभाव्य स्टेम कोशिका
1.3 पदानुक्रमित खोज प्रश्नों को उत्पन्न करना
कम से कम 3-6 क्वेरी जनरेट करें। प्रत्येक क्वेरी एक खोज उद्देश्य से संबंधित होती है।
पहली परत: प्रत्यक्ष साक्ष्य प्राप्ति।
इसका उपयोग ऐसे साहित्य को खोजने के लिए किया जाता है जो सीधे लक्षित मॉडल और लक्षित फेनोटाइप से मेल खाता हो।
```पाठ
("रेटिनल ऑर्गेनॉइड" या "रेटिना ऑर्गेनॉइड" या "मानव रेटिनल ऑर्गेनॉइड") और (एपॉप्टोसिस या "कोशिका मृत्यु" या अपघटन)
```
दूसरी परत: विस्तारित मॉडल पुनर्प्राप्ति।
इसका उपयोग ऐसे साहित्य को संकलित करने के लिए किया जाता है जहां लेखक ने "रेटिनल ऑर्गेनॉइड" शब्द का सटीक रूप से उपयोग नहीं किया है, लेकिन यह वास्तव में प्रासंगिक है।
```पाठ
("ऑप्टिक कप ऑर्गेनॉइड" या "3डी रेटिनल कल्चर" या "स्टेम सेल-व्युत्पन्न रेटिना") और (उत्तरजीविता या एपोप्टोसिस या तनाव)
```
तीसरी परत: तंत्र-विशिष्ट खोज।
विशिष्ट मार्गों या तंत्रों को सत्यापित करने के लिए उपयोग किया जाता है।
```पाठ
("रेटिनल ऑर्गेनॉइड" या "रेटिना ऑर्गेनॉइड") और ("ऑक्सीडेटिव स्ट्रेस" या "ईआर स्ट्रेस" या हाइपोक्सिया या माइटोकॉन्ड्रिया)
```
चौथी परत: कोशिका प्रकार विशिष्ट खोज।
```पाठ
("रेटिनल ऑर्गेनॉइड" या "रेटिना ऑर्गेनॉइड") और (फोटोरिसेप्टर या कोन या रॉड या "रेटिनल गैंग्लियन सेल") और (मृत्यु या एपोप्टोसिस या अपजनन)
```
पांचवीं परत: रोग मॉडल पुनर्प्राप्ति।
```पाठ
("रेटिनल ऑर्गेनॉइड" या "रेटिना ऑर्गेनॉइड") और (रोग या अपक्षय या डिस्ट्रोफी या रेटिनाइटिस या ग्लूकोमा)
```
छठी परत: समीक्षा/पृष्ठभूमि खोज।
```पाठ
("रेटिनल ऑर्गेनॉइड" या "रेटिना ऑर्गेनॉइड") और (समीक्षा या प्रोटोकॉल या मॉडल)
```
วิจัย
2. खोज के लिए किन विधियों और वेबसाइटों का उपयोग किया गया?
2.1 पसंदीदा: पबमेड / एनसीबीआई ई-उपयोगिताएँ
जैवचिकित्सा साहित्य की खोज के लिए PubMed सबसे उपयुक्त उपकरण है। PubMed पृष्ठों से सीधे डेटा प्राप्त करने का प्रयास न करें। इसके बजाय NCBI E-utilities API का उपयोग करें।
2.1.1 ई-सर्च: क्वेरी का उपयोग करके PMID प्राप्त करना
इंटरफ़ेस:
```पाठ
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi
```
पैरामीटर:
```पाठ
db=pubmed
शब्द=<खोज शब्द>
रेटमोड=जेसन
retmax=20
सॉर्ट = प्रासंगिकता
```
आप समय के अनुसार भी क्रमबद्ध कर सकते हैं:
```पाठ
सॉर्ट=पब+डेट
```
उदाहरण:
```पाठ
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=(%22retinal%20organoid%22%20OR%20%22retina%20organoid%22)%20AND%20(apoptosis%20OR%20%22cell%20death%22)&retmode=json&retmax=20&sort=relevance
```
वापसी से पढ़ें:
```पाठ
esearchresult.idlist
```
यह PMID सूची है।
2.1.2 सारांश: साहित्य मेटाडेटा प्राप्त करना
इंटरफ़ेस:
```पाठ
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi
```
पैरामीटर:
```पाठ
db=pubmed
आईडी=पीएमआईडी1,पीएमआईडी2,पीएमआईडी3
रेटमोड=जेसन
```
निकाले गए फ़ील्ड:
• PMID
• शीर्षक
• पूरा जर्नल नाम
• स्रोत/पत्रिका का संक्षिप्त नाम
• प्रकाशन तिथि
• लेखकों
• लेख आईडी में DOI और PMCID शामिल हैं
• मात्रा, अंक, पृष्ठ
2.1.3 ई-फ़ेच: सारांश और XML विवरण प्राप्त करना
इंटरफ़ेस:
```पाठ
https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi
```
पैरामीटर:
```पाठ
db=pubmed
आईडी=पीएमआईडी1,पीएमआईडी2
रेटमोड=एक्सएमएल
rettype=abstract
```
निकाले गए फ़ील्ड:
• लेख का शीर्षक
• सार पाठ
• पत्रिका का शीर्षक
• आईएसओ संक्षिप्त नाम
• ISSN / eISSN
• प्रकाशन तिथि
• डीओआई
• पीएमसीआईडी
• MeSH शब्द
2.1.4 बैच पुनर्प्राप्ति रणनीति
अनुशंसित प्रक्रिया:
1. प्रत्येक क्वेरी के लिए ई-सर्च को कॉल करें।
2. प्रत्येक क्वेरी के लिए, पहले 5-20 परिणाम चुनें।
3. सभी PMID को मर्ज करें।
4. डुप्लिकेट हटाने के लिए PMID का उपयोग करें।
5. मेटाडेटा और सार डेटा को बैचों में प्राप्त करने के लिए ESummary / EFetch का उपयोग करें।
6. प्रारंभिक स्क्रीनिंग चरण में, केवल मेटाडेटा और सारांश पढ़ें; पूरा पाठ पढ़कर शुरुआत न करें।
────────────────
2.2 दूसरा चरण: पीएमसी/बायोसी दस्तावेजों की पूर्ण समीक्षा
निम्नलिखित मामलों में ही पूर्ण पाठ शामिल किया जाएगा:
• उपयोगकर्ताओं से अनुरोध है कि वे पूरा पाठ ध्यानपूर्वक पढ़ें।
• सारांश क्रियाविधि निर्धारित करने के लिए अपर्याप्त है।
• इसमें चार्ट, प्रायोगिक विधियाँ, सांद्रता, खुराक, IC50, EC50, Kd और Ki की आवश्यकता होती है।
• कुछ महत्वपूर्ण PMID की पहचान की गई है और इनकी समीक्षा अलग-अलग मामलों के आधार पर करने की आवश्यकता है।
2.2.1 PMID से PMCID
इंटरफ़ेस:
```पाठ
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=
```
यदि PMCID वापस आता है, तो इसका मतलब है कि PMC के पास ओपन फुल टेक्स्ट हो सकता है।
2.2.2 बायोसी JSON को प्राथमिकता दें
इंटरफ़ेस:
```पाठ
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/bionlp/RESTful/pmcoa.cgi/BioC_json/
```
लाभ: अत्यधिक संरचित, मुख्य पाठ अनुच्छेदों को निकालने के लिए उपयुक्त।
2.2.3 BioC अनुपलब्ध होने पर PMC XML का उपयोग करके देखें
इंटरफ़ेस:
```पाठ
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/
```
मुख्य पाठ निकालते समय इसे छोड़ दें:
• संदर्भ
• संदर्भ सूची
• आभार
• लेखकों का योगदान
• परस्पर विरोधी हित
पूर्ण पाठ समीक्षा में एक रोक मानदंड शामिल होना चाहिए:
• प्रत्येक दस्तावेज़ को केवल एक बार स्कैन किया जाता है।
• डिफ़ॉल्ट रूप से, केवल प्रश्न से संबंधित पैराग्राफ ही निकाले जाते हैं।
• यदि लक्षित क्षेत्र का मिलान नहीं होता है, तो उसे "कोई प्रत्यक्ष प्रमाण नहीं मिला" के रूप में चिह्नित करें।
• कीवर्ड को बार-बार स्क्रैप करने से बचें।
────────────────
2.3 बायोआरएक्सिव / मेडआरएक्सिव
नवीनतम प्रीप्रिंट्स के पूरक के रूप में उपयोग किया जाता है।
आप आधिकारिक एपीआई का उपयोग कर सकते हैं:
```पाठ
https://api.biorxiv.org/details/biorxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
https://api.biorxiv.org/details/medrxiv/YYYY-MM-DD/YYYY-MM-DD
```
आप पूरक के रूप में नियमित खोज का भी उपयोग कर सकते हैं:
```पाठ
site:biorxiv.org रेटिनल ऑर्गेनॉइड एपोप्टोसिस
site:medrxiv.org रेटिना ऑर्गेनॉइड डीजेनरेशन
```
प्रीप्रिंट पर लेबल लगाना अनिवार्य है:
```पाठ
यह एक प्रीप्रिंट है और इसकी पीयर-रिव्यू नहीं की गई है।
```
────────────────
2.4 क्रॉसरेफ़/ओपनएलेक्स/अनपेवॉल
इसका उपयोग डीओआई, ओपन फुल-टेक्स्ट एड्रेस और प्रकाशन संबंधी जानकारी को पूरा करने के लिए किया जाता है।
क्रॉसरेफ़:
```पाठ
https://api.crossref.org/works?query.title=