これは、学術研究者が Codex を使い始めるための全 5 部構成のチュートリアルです。
わかりやすい言葉で書かれているので、このチュートリアルや Codex を使うために技術的な知識は必要ありません。
パート 1: Codex とは？
Codex は、あなたのコンピュータ上で動作するツールです。「コード」という言葉に怖気づく必要はありません。Codex を使うのに、コーディングやプログラミングのスキルは一切必要ありません。Codex アプリをコンピュータにインストールするのは、Zoom や Zotero のようなアプリをインストールするのと同じです。
インストールです。
コンピュータにインストールしたら、プロジェクトフォルダ（論文、資料など）を開き、Codex をそのフォルダ内で動作させます。Codex はフォルダ内のファイルを読み取り、既存のファイルを編集し、新しいファイルを作成できます。また、作業に戻ったときに、保存されたセッションやプロジェクトの指示を引き継ぐこともできます。
「話す」だけの ChatGPT や Gemini のようなブラウザベースのアプリとは異なり、Codex は、実際にあなたのために「実行」することができます。
1.1 なぜ注目すべきなのか？
あなたは研究者で、コンピュータ上に複数の PDF、論文の草稿、スプレッドシート、データセット、そしていくつかのインタビューの文字起こしが入ったフォルダがあります。これらの文書はすべてあなたのプロジェクトに関連していますが、公開された文献、収集したデータ、そしてあなた自身のメモの間に関連性を見出す必要があります。
これは、Codex が役立つユースケースです。
ほとんどの学者や研究者は、研究者はブラウザで AI アプリ（ChatGPT、Claude、Gemini など）を使用したことがあるでしょう。タブを開いてプロンプトを入力すると、AI が返答します。あなたの論文や草稿について質問したい場合は、それらを ChatGPT や Claude に追加します。
Codex が異なるのは、あなたがファイルをブラウザの AI アプリに持っていくのではなく、AI をすべてのデータが含まれているフォルダに連れて行くという点です。
1.2 Codex が学術研究に重要な理由
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Codex が信頼できる強力なパワフルな研究アシスタントとして機能するための、基本的な方法が 2 つあります。
まず、Codex はあなた、あなたの研究、あなたの文体、そして進化する研究要件に関するプロジェクト指示に従うことができます。要件を表示可能な指示ファイルに記述しておけば、毎回説明する必要はありません。
第二に、Codex はコンピュータ上のフォルダ内で動作するため、複数のファイルを同時に処理できます。例えば、フォルダ内の読み取り可能な PDF をすべて調べ、そこから関連情報（目的、方法論など）を抽出できます。抽出された情報に基づいて新しいファイルを作成するように依頼することもできます。
Codex は、Word ファイル、Excel シート、PDF など、多くの種類のファイルを扱えます。ただし、スキャンされたファイルやフォーマットが不適切なファイルは、追加の確認が必要な場合があります。
1.3 実用的にはどういう意味か？
質的研究者であれば、インタビューの文字起こしが詰まったフォルダを読み込み、特定の発話のすべてのインスタンス（例えば、各参加者が特定の主題についてどのように話したか）を Codex に抽出させてみてください。次に、インタビュー全体にわたる包括的なテーマを探すように依頼します。
量的研究者であれば、整理されていない CSV や Excel シートをフォルダに追加し、Codex にクリーニングしてもらいます。記述統計を実行したり、レビュアーからの批判的なコメントを説明するように依頼したりすることもできます。
1.4 Codex ができないこと
Codex は非常に強力なツールですが、あなたの専門家としての判断力を代替するものではありません。草稿を作成したり、要約したり、コーディングしたりすることはできますが、何を主張や証拠や議論とみなすかはあなたの責任です。
Codex を使って成功する可能性が高い学者は、Codex を研究アシスタントとして扱い、自分の思考や判断のすべてを外部委託しない人たちです。
パート 2: Codex アプリのインストール、最初のセッション
Codex が初めての方は、インストールと設定に 15 ～ 20 分ほど確保してください。Codex を使うのにコーディングのスキルは必要ありません。
コンピュータで Codex を使用するには、ChatGPT Plus または Pro プランが必要です。
2.1 インストール
Codex アプリは Windows と Mac の両方で利用できます。openai.com/codex にアクセスし、お使いのコンピュータに対応するバージョンをダウンロードしてください。他のインストーラ（Zoom、Zotero など）と同じように実行します。
インストールしたらアプリを開きます。初めて開くとき、Codex はブラウザ経由でサインインするか、アカウントを接続するように求めます。サインインすると、セッションを開始できるワークスペースが表示されます。
デフォルトでは、Codex は「Documents」内に「Playground」というフォルダを作成します。別のフォルダに移動しない限り、すべての作業はこのフォルダ内で行われます。
2.2 最初のフォルダ（プロジェクト）を開く
Codex はフォルダを「プロジェクト」として扱います。名前以外に両者に違いはありません。
練習として、コンピュータ上に「Codex Research Assistant」というフォルダを作成してください。次に、チャットバーの下にある「Playground」をクリックします。ドロップダウンメニューから「新しいプロジェクトを追加」を選択し、先ほど作成したフォルダに移動します。
これで Codex はそのフォルダ内に配置されました。あなたが与えた権限に従って、メインフォルダ内のファイルやサブフォルダにアクセスできます。
2.3 セッションの様子
セッションとは、メインのチャットパネルで Codex と行う会話で、ChatGPT などのブラウザアプリで行うのと同じです。
やり取りはブラウザベースのアプリ（ChatGPT など）と似ています。唯一の違いは、Codex がコンピュータ上のファイルにアクセスできること、そしてコンピュータ上にファイルを作成する機能があることです。
フォルダ内に入ったら、Codex に次のようなシンプルなプロンプトを与えてみてください：
フォルダ内のすべての論文を読み、それらの主な主張を別のファイルとして出力してください。
これだけです。Codex とのやり取りのほとんどは、このような指示を書くことになります。
Codex は論文から関連情報を調べて関連情報を取得し、新しいファイルの作成を開始します。このファイルは、作業中のフォルダに表示されます。
処理が進むにつれて、Codex は実行の許可を求めることがあります。Codex の権限を設定することもできますが、最初は Codex に許可を求めるように設定するのが良いでしょう。重要なファイルを、あなたに確認せずに削除したり変更したりしてほしくないからです。
Codex で開始した各セッションは、アプリの会話履歴に保存されます。
パート 3: 研究アシスタントとしての Codex
Codex がフォルダ内で作業を開始するとき、最初に AGENTS.md というファイルを探し、そこに書かれた一連の指示がないか確認します。大文字のブロック体字であることに注意してください。これは重要です。
AGENTS.md ファイルを作成するには、自動と手動の 2 つの方法があります。
3.1 手動で作成する
手動で行う場合は、Windows のメモ帳または Mac の TextEdit を開き、Codex に従わせたい指示を書き留めてください。これらの指示は平易な言葉で書くだけで記述する必要があることに注意してください。コーディングやプログラミング言語を使う必要はありません。
AGENTS.md ファイルは、次のセクションに分けることができます：
#役割
ここのハッシュ記号は見出しであることを示します。
Codex に研究アシスタントとしてどのような役割を担ってほしいかを記述します。あなたの研究分野と現在のプロジェクトについていくつか詳細を加えてください。
#基準
あなたの研究分野に関連する学術基準を記述します。例えば、特定の引用スタイルや研究論文の特定の構造に従うように Codex に指示できます。
#文体
Codex に従ってほしい文体を記述します。学術的なスタイルで応答してほしいのか、カジュアルなスタイルで応答してほしいのかを指定します。
#批評スタイル
Codex にどのようにあなたの作品を批評してほしいかを記述します。議論、証拠、方法論のどれに焦点を当ててほしいかを指定します。
ファイルを AGENTS.md としてコンピュータのメインプロジェクトフォルダに保存すれば完了です。
完璧に作り込まれた AGENTS.md ファイルである必要はありません。プロジェクトが進化するにつれて、いつでも戻って編集できます。
3.2 自動で作成する
AGENTS.md ファイルを手動で作成したくない場合は、Codex でチャットセッションを開始し、その役割、基準、文体、批評スタイルについて詳細を伝えてください。次に、この情報を使って AGENTS.md ファイルを作成するように依頼します。
Codex がファイルを作成し、プロジェクトフォルダに保存します。
3.3 メモリとプロジェクトコンテキスト
プロジェクトを進めるにつれて、Codex はプロジェクトフォルダ内の指示やファイルをコンテキストとして使用できます。一部の Codex 設定にはメモリ機能がある場合もありますが、Codex がプロジェクトを記憶する主要な方法として隠れたメモリに依存すべきではありません。
セッションを開始するたびに、Codex は AGENTS.md と、あなたが調査するように依頼したプロジェクトファイルを読み取り、それらを使用して質問に回答します。
時間が経つにつれて、あなたの指示と表示可能なプロジェクトノートが Codex に十分なコンテキストを提供し、信頼できる研究アシスタントになります。
Codex に「このプロジェクトで従っている指示を教えてください」と入力して、その指示について尋ねることができます。特定の情報が古くなっている場合（例：引用スタイル）は、AGENTS.md を新しい情報で更新するだけです。
3.4 AGENTS.md に入れるべきでないもの
機密情報や、AI に使用させたくない情報を AGENTS.md に入れないでください。
AGENTS.md を古い情報の集積にしないでください。出力に大きな影響を与える可能性があります。数週間ごとにファイルを更新することをお勧めします。
パート 4: 研究文書の操作
Codex のフォルダは、非常にきちんと整理されている必要はありません。これは、無関係なファイルをこのフォルダに入れ始めていいという意味ではありません。始める前に整理に時間をかけるべきではないという意味です。Codex がそれを手伝ってくれます。唯一気をつけたいのは、「Dissertation (final) (final2) (use this one)」のような紛らわしい名前をファイルに付けないことです。
プロジェクトに関連する PDF、Word ファイル、データセット、インタビューの文字起こしなどをいくつか追加します。
研究テーマに関連する 20 本の研究論文があり、それらすべてに共通するテーマを見つけたいとします。あるいは、特定の主張や議論があり、その主張を支持または反証する証拠を提示している論文を探しているとします。
Codex でフォルダを開き、次のようなプロンプトを書きます：
このフォルダ内のすべての PDF を読み、次の議論に反対する記事を教えてください：[ここに議論を貼り付けてください]
Codex はフォルダ内のアクセス可能な PDF を読み、これらの記事から関連情報を提供します。Codex の回答は表形式になる場合があります。
4.1 文献レビューのための研究アシスタント
生物医学研究者や社会科学者で、頻繁にシステマティックレビューを実施する場合は、50 本の研究論文をダウンロードし、「Codex を使ったシステマティックレビュー」というタイトルのフォルダに入れてください。
Codex でフォルダを開き、スクリーニング（採択/除外）基準を伝え、フォルダ内のすべての論文をスクリーニングするように依頼します。
Codex はあなたの基準に従って論文をスクリーニングし、結果を表形式で表示します。ただし、結果に依存する前に、自分で確認する必要があります。
4.2 文字起こしの操作
質的研究者であれば、Codex フォルダにインタビューの文字起こしを追加し、特定のトピックに関連する情報を抽出するように依頼できます。
例えば、各回答者が特定の質問にどのように答えたかを抽出するように依頼できます。
4.3 Codex に面倒なタスクを依頼する
50 個以上の PDF をフォルダに入れ、Codex で開きます。次に、それらすべてを調べて、タイトルを使用してファイル名を変更するように依頼します。
Codex が数分で必要な処理を実行するのを確認できるでしょう。最初は、実際にファイル名を変更する前に、提案された新しい名前を表示するように依頼してください。
4.4 Codex にファイルを作成させる
プロジェクトは進化していくので、必要に応じて戻れるように、Codex に特定のファイルを作成してもらいたい場合もあります。また、プロジェクトが発展するにつれて、Codex が簡単に情報を取得できるようになります。
論文のスクリーニングや文字起こしからの情報抽出など、重要なタスクを Codex に依頼するときは、回答をフォルダ内にファイルとして保存するように依頼してください。
通常、Codex はこれらのファイルをマークダウン（md）形式で保存します。これは非常に容量が小さく、Codex が情報を取得するのにも非常に簡単です。ただし、Word ファイルや Excel シートを作成するように依頼することもできます。
パート 5: Codex スキル
スキルとは、Codex を 1 つのタスクのスペシャリストにする一連の指示です。AGENTS.md ファイルと同様に、スキルも平易な英語で記述されますが、Codex では通常、SKILL.md というファイルを含むフォルダに格納されます。また、AGENTS.md と同様に、スキルファイルは手動と自動の両方で作成できます。
スキルを作成すると、タスクがスキルの説明に一致した場合に Codex はそれを使用できます。また、例えば「$スキル名」のようなものをプロンプトに入力することで、スキルを名前で直接呼び出すこともできます。
スキルを作成する最も簡単な方法は、Codex に依頼することです。例えば、定期的に Zoom 通話があり、その文字起こしがあるとします。通話や文字起こしごとに、実行可能な項目ややるべきことを抽出したいとします。
スキルを作成するには、Codex セッションを開始し、Zoom の文字起こしから実行可能な項目を抽出するためのスキルを作成するように依頼します。
Codex は作業を開始します。フォローアップの質問をしたり、必要に応じて編集できるスキルファイルを作成したりするかもしれません。例えば、Codex に特定の構造に従って応答してほしい場合などです。
スキルが作成されたら、Codex を再起動するかプロジェクトをリロードすると、スキルが使用できるようになります。
5.1 AGENTS.md とスキルの違い
AGENTS.md には、あなたとあなたのプロジェクトに関するグローバルな、またはプロジェクトレベルの指示が含まれています。これにより、Codex はあなたとあなたの研究に関する全体像を把握します。
一方、スキルは特定のタスクを目的としています。これらのファイルには、より具体的で詳細な情報が含まれています。AGENTS.md、スキル、および表示可能なプロジェクトノートが連携して、最適な応答を提供します。
5.2 Codex に委任すべきでないこと
Codex は、労力がかかり、時間がかかり、反復的なタスクに優れています。これらのタスクは Codex に外部委託しましょう。しかし、Codex は真の学問とは何かを生み出すことはできません。新しい独自の新しい議論を提供することができないからです。
Codex は情報を合成することはでき、それをあなたの議論に活用できますが、独自の議論を考案する仕事は研究者であるあなたに残されています。
